Bon, comme la discussion vire sur la nomenclature et que je suis pas mal dedans avec l'utilisation de GBIF, je vous expose mon avis et ce que je comprends de Yves dans ses critiques.
Actuellement, le nom d'une espèce est identifié par son genre, son espèce et son auteur. Comme le nom de l'espèce est lié au genre et qu'une espèce peut changer de genre en fonction des nouvelles connaissances (en particulier de la biologie moléculaire), le nom entier de l'espèce peut changer. C'est la situation actuelle.
D'un point de vue modélisation de données, l'espèce a une relation dépendante à genre et son propre identifiant est dépendant du nom du genre.
(http://infocenter-archive.sybase.com/help/index.jsp?topic=/com.sybase.stf.poweramc.docs_12.0.0/html/mcgu/mcgup86.htm)
D'un point de vue modélisation de données, c'est totalement correct et c'est un choix. Je trouve qu'il est bien d'avoir dans le nom d'une espèce un début de classification.
Maintenant, si j'ai bien compris, la grande critique de Yves, c'est cette dépendance de l'identifiant d'espèce à genre. Il voudrait l'éliminer. Comme ça, si l'espèce change de genre, pas de soucis, l'identifiant de l'espèce (son nom), ne changera plus. Donc même si l'espèce change de genre (modification de la relation), pas de soucis.
La solution proposée par Yves est de garder les noms actuels et de les fixer. J'y vois quelque chose de totalement inélégant, c'est de garder l'ancien genre. Comme ce genre renvoie à la classification et que dans le futur, cette classification risque d'être fausse, le nom sera bien fixe (un avantage) par contre il renvoie à une classification potentiellement fausse.
Si je suivais l'idée d'Yves jusqu'au bout, il faudrait alors totalement se détacher du genre pour identifier une espèce. Si on supprime le genre (par exemple Amanita muscaria deviendrait muscaria), l'identifiant serait insuffisant pour beaucoup d'espèces. Un unique mot pour identifier de manière unique plus d'un million d'espèces serait un casse-tête.
La solution la plus élégante à mon avis serait d'avoir 2 mots (ou plus) qui décriraient l'espèce. Pour Amanita muscaria, on pourrait remplacer par "Chapeau tue-mouche" (en latin) ou n'importe quoi de purement descriptif. Evidemment, si "Chapeau tue-mouche" n'est plus dans le genre Amanita mais appartient au genre "Paramanita", plus de soucis, son nom restera "Chapeau tue-mouche".
Le grand défaut que j'y vois, c'est qu'on n'a plus du tout le moindre pré-tri des espèces. Chaque cortinaire aurait alors un nom sans le moindre lien avec le nom d'un autre cortinaire.
Je trouve donc que le système actuel est plutôt bon. J'y vois un défaut, c'est les "déclinaisons" (je crois que ça s'appelle comme ça) qui en cas de changement de genre, imposent que le nom d'espèce change. muscaria peut devenir muscarius ou muscarium (j'y connais rien en détail). Ça apporte de la complexité sans apporter d'information. S'il y avait la possibilité de rendre ces adjectifs invariables, ce serait top (mais ça reste un détail à mon avis).