Yves écrivait :
Mon "bon sens" n'a rien à voir avec l'aveuglement des gens qui croient encore que la terre puisse être plate ou que la théorie de l'évolution serait à remettre en cause pour d'obscures raisons religioso-je ne sais quoi, merci de l'admettre une bonne fois...
Si tu veux...
Ce bon sens prend simplement en compte que la science est faite par des hommes et non pas par des robots. Ces hommes sont susceptibles, par exemple, ont de l'amour propre, de la fierté bien humaine lorsqu'ils font de belles découvertes, etc, etc...
La démarche scientifique est un idéal. Un idéal fort bien décrit par de multiples écrits, un idéal auquel j'adhère sans réserve. Mais la démarche scientifique reste pratiquée par des hommes. Tu ne peux pas le nier.
Je ne cherche rien à démontrer par rapport à cette démarche scientifique, à cet idéal. Je souligne simplement ce qui est à mes yeux une évidence, à savoir que les hommes qui la pratiquent, les scientifiques donc, ne sont jamais parfaits par rapport à cette démarche idéale.
C'est là que tu te trompes, simplement (encore une fois, et j'en suis désolé !), parce que tu n'as qu'une vision très partielle de la façon ont cela fonctionne, fondée sur une analyse des résultats et non des méthodes. Je ne te renverrai pas aux lectures précédemment citées, alors je vais faire un effort et dépenser un peu de temps pour essayer de te l'expliquer, sans doute trop rapidement.
Depuis Darwin et la reconnaissance du fait que les espèces évoluent, la systématique a changé de cahier des charges : il fallait dorénavant que la classification rende compte de la phylogénie. Jusque là, je pense que nous sommes d'accord. Durant des décennies, la classification (je devrais dire les classifications) a alors été fondée sur les outils que les biologistes avaient à leur disposition, c'est-à-dire la paléontologie (les fossiles), l'ontogénie (selon la loi de Haeckel ou loi de récapitulation "l'ontogénie récapitule la phylogénie") et l'anatomie comparée ; les systématiciens essayaient, bon an mal an, de déduire le sens de l'évolution de leurs observations, avec une part de subjectivité qui laissait livre court à la discussion. Puis, avec le progrès des connaissances et au milieu des années 1950, l'entomologiste Willy Hennig pointa le fait que seuls le partage de caractères dérivés était un signe de parenté étroite (ce que l'on appelle les synapomorphies). Ceci peut paraître anecdotique mais, ces caractères dérivés étant identifiés (ce n'était alors pas toujours possible), une grande partie de l'aspect subjectif des classifications était en train de disparaître : pour prendre un exemple simpliste, il viendrait à l'idée de peu de gens que la morphologie des Rhynia, plantes primitives qui vivaient sur Terre il y a 500 millions d'années, propose une palette de caractères dérivés par rapport à nos orchidées actuelles ; l'interprétation humaine n'intervient pas. En outre, tous les groupes reconnus doivent descendre d'un seul ancêtre (monophylie) : encore une fois, il ne peut en exister qu'un, et il n'est pas laissé à l'interprétation du systématicien. Il s'agissait pour Hennig de construire des phylogénies réfutables (la réfutabilité étant la base de toute méthode scientifique), construites sur le principe de parcimonie (aussi nommé d'économie d'hypothèses) : la phylogénie la meilleure est celle qui présente le moins d'hypothèses ad hoc. Cet outil conceptuel puissant est ce que l'on nomme cladistique.
Aujourd'hui et avec l'avènement de la biologie moléculaire et les milliers de caractères à étudier, des logiciels puissants ont été construits qui servent à aligner les séquences, puis à évaluer les distances génétiques entre ces séquences prises deux à deux, et enfin à construire des arbres regroupant les séquences par critère de ressemblance dénué de toute part de subjectivité : les séquences sont identiques, ou pas, l'interprétation humaine n'intervient pas dans ces comparaisons. Tu me diras sans doute que ces logiciels ont été construits par des hommes... évidemment. Mais les séquences ADN, elles, sont parfaitement objectives, et si deux séquences sont plus proches entre elles qu'elles ne le sont d'une troisième, on ne peut que conclure que cette troisième séquence est plus différente des deux autres séquences qu'elles ne le sont entre elles... et même si l'amour-propre du systématicien en prend un coup, l'arbre qui sortira de cette comparaison sera reproductible à l'identique par n'importe quel observateur, et réfutable.
Si je souscris donc à tes observations sur les faiblesses humaines dans le cadre général (et il est évident que les systématiciens n'y échappent pas), il se trouve que, dans le cadre de la systématique cladistique, elle est réduite à néant... Cela ne veut surtout pas dire, les techniques étant singulièrement complexes en particulier lorsque le nombre de séquences étudiées augmente, que tous les arbres sont justes et définitifs : parfois ils pêchent parce que l’échantillonnage n'est pas suffisant, que les séquences ne sont pas suffisamment informatives, et autres biais qui ont à faire avec le progrès des connaissances.
Tu dis aussi :
Je pense aussi qu'il ne faut pas oublier que l'interprétation des résultats objectifs qui sont fournis par ces instruments reste faite par des hommes et reste donc subjective.
Là, cela demande des compléments... de quoi parles-tu ? As-tu des exemples concrets en tête ? Sans doute pas de l'article envoyé par Jean-Pierre, qui définit des règles pour la description de nouveaux genres, étant sous-entendu que, pour reprendre l'exemple de bolets, beaucoup d'entre eux restent encore à décrire !
Amitiés, Guillaume.