[jfloviou]

Bonjour à tous,

Visitant une vieille maison restée inhabitée longtemps, je suis tombé sur un champignon qui a résisté à l'identification (malgré envoi d'un échantillon en labo), sans doute parce que le champignon est encore jeune. Après m'être replongé dans les clefs d'identification (passionnantes) que j'ai pu trouver (Identification key for European strand-forming house-rot fungi - HUCKFELDT (T.) & SCHMIDT (O.) par exemple), force est de reconnaître que je reste sans identification claire. Vos analyses m'intéresseraient beaucoup.

Contexte:
La maison est restée inhabitée pendant 10ans, et le champignon se situe dans 2 pièces (haut du RDC et bas du 1er) l'une au dessus de l'autre, très peu ventilées (conduit cheminée bouchée + double vitrage sans entrée d'air), et très humides, parce que c'est un pignon exposé au vent dominant, et fissuré. Les bois atteignaient 80% d'humidité quasiment partout. Les murs et boiseries atteints étaient couverts de plaques de polystyrène de 10mm environ, enchâssées entre des tasseaux bois, le tout recouvert de plaque d'aggloméré. En dessous de cet habillage", le champignon courait en mycélium blanc plutôt fin, sur environ 1m50 en dessous du foyer principal, et environ 2m au-dessus, principalement le long des tasseaux ou sur la pierre ou l'enduit (dans l'obscurité totale donc, aucune manifestation "extérieure"). Au total je pense qu'il s'étendait sur environ 5 ou 6m2 (si je compte large), partout dans une humidité très forte.

Observations
Dans une très grande partie, le "mycélium" est très fin, et semble sécher très vite lorsqu'il est mis à nu et partir en poussière ensuite au toucher. Dans une petite partie, il est plus développé (voir photo où l'on voit les 2 poutres par exemple, et le champignon sur la pierre), et en "séchant" il reste souple, un peu comme des filaments de "gomme".
Je n'ai pas l'oeil d'un expert, mais je n'ai trouvé nulle part ce qui pourrait ressembler à une fructification: uniquement du mycelium blanc, courant sur les bois ou sur le mur, notamment entre l'enduit (vieil enduit chaux?) et la pierre, et des bois plus ou moins dégradés (parquet, plinthe, muralière notamment), mais rien de catastrophique en termes de dommages (pas comme une mérule qui aurait tout détruit). Je n'ai pas non plus identifié ce qui ressemblerait à de la "pourriture cubique": les pièces de bois sont dégradées, tombent en poussières sur certaines parties, mais sans l'apparence d'une pourriture cubique pour un non expert que je suis. C'est essentiellement du feuillu: parquet en châtaigner je pense, et poutres en feuillu non identifié. Il y a par contre de la pourriture fibreuse je pense. Pour être complet, j'ajouterais qu'il y avait une très forte présence de petites vrillettes, et plusieurs fourmilières dans le bois attaqué.
Je précise qu'un expert est passé, et il m'a dit considérer que cela n'etait pas de la mérule, notamment parce que le niveau d'humidité mesuré dans le bois était trop important et que le mycelium était trop "clairsemé", qu'il n'y avait pas de pouriture cubique, mais par contre il n'était pas en mesure d'identifier le champignon.
3 échantillons envoyés en laboratoire n'ont rien donné: il n'y avait pas assez de signe caractéristique pour évoquer un diagnostique, mais le labo évacuait lui-aussi la mérule qui aurait été plus caractéristique.

Ouverture
Je me rends bien compte que si le labo et un "expert" (ce n'était pas un mycologue plutôt un expert en traitement) n'ont pas réussi une identification malgré un accès sur place et des prélèvements, je vous lance un défi bien compliqué... Néanmoins vos analyses et commentaires m'intéressent, notamment la méthode qui permettrait d'aller plus loin. J'ai encore accès à la maison, et je suis un peu frustré de rester sans identification.
A ce stade je pensais à un Donkioporia Expensa, mais bon sans carpophore c'est plus par élimination/probabilité qu'une identification véritable...

Merci d'avance de vos lumières, questions, réflexions...

[jfloviou]

Photos complémentaires, y compris éléments d'analyse en labo

[Fouad]

Bonjour,
La seule possibilité, et encore, c'est de faire séquencer un échantillon.

[Jplm]

Bonjour,

Présentation très complète mais, comme tu l'as pressenti toi-même : sans carpophore, avec juste des filaments de mycélium et une micro qui ne parle à personne, même pas à un expert, il y a peu de chances que nous soyons utiles et, j'allais le dire, seul un séquençage permettrait peut-être de connaître l'espèce ou le groupe d'espèces ; le jeu n'en vaut certainement pas la chandelle.

Donkioporia expansa, pourquoi pas mais attendons de voir les pores !

Jplm!

[jfloviou]

Merci pour vos réponses.
Concernant le séquençage, on m'a dit (labo) que c'était pas très mature, notamment parce que la qualité du prélèvement est déterminante, et que beaucoup d'analyses sont polluées parce qu'on a rarement le champignon seul et isolé. Et c'est cher par ailleurs!
La culture pour avoir un carpophore ou des spores, c'est accessible à un particulier ?

[Jplm]

Jfloviou, en attendant que quelqu'un te réponde (si quelqu'un a une réponse), n'hésite pas, toi, à répondre à d'autres sujets, mycologiques ou beaucoup botaniques en cette saison, on y apprend pas mal.

Jplm

[jfloviou]

Merci JPLM. Je vais tenter, mais j'avoue que je me sens très en dessous de la plupart des réponses que je lis !

[jfloviou]

Un spécialiste bois passé ce jour diagnostique un Coniophora,probablement putanea.

[Fouad]

Quid de la couleur des filaments - brun pour Coniophora , blanc ici - et de la pourriture cubique ? Mais si c'est un spécialiste qui l'a dit...

[Pascal35]

Bonjour

Concernant le séquençage, on m'a dit (labo) que c'était pas très mature, notamment parce que la qualité du prélèvement est déterminante, et que beaucoup d'analyses sont polluées parce qu'on a rarement le champignon seul et isolé. Et c'est cher par ailleurs!

C'est pas si cher que ça. C'est 17,50 euros pour avoir la séquence. Ca dépend de à combien tu évalues ta curiosité... Restera à la comparer avec des séquences de Genbank....
Quand à la pollution, je doute un peu. Le labo spécialisé qui séquencera utilisera des primers adaptés aux basidios, peut-être même au groupe des décomposeurs de lignine. Ça serait pas de bol de prélever deux basidios.
Pour info https://drive.google.com/file/d/1U41iXu ... sp=sharing
Je peux donner un coup de main car j'ai un peu joué avec la quincaillerie d'exploitation des séquences.
Pascal

[jfloviou]

Bonjour
C'est pas si cher que ça. C'est 17,50 euros pour avoir la séquence. Ca dépend de à combien tu évalues ta curiosité... Restera à la comparer avec des séquences de Genbank....
Quand à la pollution, je doute un peu. Le labo spécialisé qui séquencera utilisera des primers adaptés aux basidios, peut-être même au groupe des décomposeurs de lignine. Ça serait pas de bol de prélever deux basidios.
Pour info https://drive.google.com/file/d/1U41iXu ... sp=sharing
Je peux donner un coup de main car j'ai un peu joué avec la quincaillerie d'exploitation des séquences.
Pascal

Merci Pascal35 !! super intéressant! ça m'interesse beaucoup. Du coup je prélève un fragment de mycelium, et j'envoie avec un cheque? ou il est préférable de contacter d'abord l'interlocuteur par email ?
Comment choisir la région à séquencer? (je suppose que c'est là que tu peux m'aider!)
Jeff

[Jplm]

Bonjour,

Pas trop d'enthousiasme tout de même. Comme Pascal l'a dit, un séquençage (s'il est accepté) ne réussit pas à tout coup et on n'est pas ici dans les conditions idéales.

Un autre fournisseur serait Mycoseq mais je crois qu'ils croulent un peu sous la demande. Toutefois, juste pour info, voici ce qu'ils demandent : http://www.mycofrance.fr/wp-content/upl ... ndeurs.pdf. Plus sur le site de la SMF.

Bref, je répète un peu ce qu'a dit Pascal : le séquençage et son interprétation, c'est pas (que) du gâteau. En tous cas, s'il y a des résultats, ils nous intéresseront.

Jplm

[Pascal35]

Merci Pascal35 !! super intéressant! ça m'interesse beaucoup. Du coup je prélève un fragment de mycelium, et j'envoie avec un cheque? ou il est préférable de contacter d'abord l'interlocuteur par email ?

Tu fais sécher le prélèvement.
Tu l'envoies par la poste dans un sachet avec une référence dessus. Tu lui indiques ton hypothèse d'espèce, de genre, de famille, de groupe..... Ça lui permet de choisir des amorces spécifiques.
Tu lui fais un mail en parallèle.
Il te dira le montant ensuite. Si ça rate à la PCR, tu ne paies pas...
Tu paies ensuite, (par virement bancaire, c'est le plus simple).
De ma minuscule expérience, le délai est très variable. J'imagine qu'il doit attendre d'avoir assez de champis avant de mettre en route son thermocycleur.

Comment choisir la région à séquencer? (je suppose que c'est là que tu peux m'aider!)

En première intention, on demande la région ITS.
Après, dans certains groupes, c'est pas la plus pertinente. Si tu as une idée du groupe, il faut fouiller dans la littérature scientifique récente avec le mot clef Phylogeny (ou une monographie récente) pour voir ce que les spécialistes utilisent.
On est bien d'accord que c'est pour s'amuser ? Que la survie de ton bâtiment n'en dépend pas ?
Parce que comme pour le reste en mycologie, c'est pas tout le temps simple.
Çà me fait penser à ceux qui n'ont jamais fait de microscopie. Ils entendent toujours les autres dire : "c'est peut être telle espèce, il faudrait faire la micro pour vérifier". Et ils croient que le nom du champignon s'affiche dans les oculaires. Le passage au micro résulte parfois (souvent?) en questions qu'on n'avait pas avant plutôt qu'en réponses simples.

[Pascal35]

Un autre fournisseur serait Mycoseq mais je crois qu'ils croulent un peu sous la demande. Toutefois, juste pour info, voici ce qu'ils demandent : http://www.mycofrance.fr/wp-content/upl ... ndeurs.pdf. Plus sur le site de la SMF.
Jplm

L'avantage, a priori, serait de bénéficier du l'assistance technique de la SMF. Mais, je n'ai pas encore essayé cette filière.

Bref, je répète un peu ce qu'a dit Pascal : le séquençage et son interprétation, c'est pas (que) du gâteau.

C'est clair. Disons que c'est un gâteau avec beaucoup de couches.
Je trouve que c'est comme tout nouvel apprentissage. On rame au début car tout est nouveau (et dans le cas de la biomol on est un peu tout seul ). On finit quand même par comprendre quelque chose. On est alors, je trouve, payé de ses efforts. Mais savoir conduire une voiture ne fait pas de nous des pilotes de F1. Et plus on creuse, plus on trouve des cailloux.

Il y a un cours introductif de PAM sur le site d'Adonif
https://fongi.adonif.fr/
SI je me souviens bien, les 50 euros demandés vont en soutien à l'association Adonif.
Pascal

[Fifi]

Un autre fournisseur serait Mycoseq mais je crois qu'ils croulent un peu sous la demande. Toutefois, juste pour info, voici ce qu'ils demandent : http://www.mycofrance.fr/wp-content/upl ... ndeurs.pdf. Plus sur le site de la SMF.

Bonjour,
Attention, Mycoseq n'a pasvocation à faire du sequençage pour de la détermination d'espèce.
Ils refusent notamment les demandes de particulier non adhérent à la SMF. Il faut donc être adhérent ou faire partie d'une société mycologique elle même adhérente à la SMF.