[Fifi]

J'ai posé une question dans le sujet fleuve Qui suis-je ? Tricholoma viridilutescens en rapport avec l'évolution des espèces.
Restée sans réponse, j'ouvre un nouveau sujet sur ce thème : mycologie et évolution des espèces.

Je sais que dans l'étude du vivant, la définition d'espèce regroupe plusieurs concepts (voir Espèces et spéciation sur le site de l'université de Genève)... Je me pose donc cette première question : Comment définit-on une espèce en mycologie ?

Formuler autrement : Qu'est-ce qui permet de différencier deux espèces ?

Le débat qui a eu lieu à propos du tricholome de Cojac m'a amené à faire un parallèle avec un processus de spéciation observé chez les oiseaux : le cercle d'espèce.
Je prends par exemple le cas des goéland brun (Larus fuscus) et goéland argenté (Larus argentatus) extrait d'un site du CNRS

Des populations de goélands existent tout autour du pôle Nord, le long des côtes arctiques de la Sibérie et du Canada. Au cours des glaciations quaternaires cette distribution s'est fractionnée à plusieurs reprises. Les glaciers repoussaient les populations plus au sud, dans des "refuges glaciaires" séparés les uns des autres, leur permettant de différer génétiquement. La période actuelle est interglaciaire. Les populations sont remontées au nord et forment une chaîne continue pouvant échanger des gènes de loin en loin. Pourtant, les deux extrémités de cet anneau ouvert sont le goéland brun (Larus fuscus) et le goéland argenté (Larus argentatus), deux goélands morphologiquement différents. Communs sur nos côtes, ils cohabitent mais ne s'hybrident pas. Et néanmoins, ils sont reliés entre eux par une chaîne de sous-populations circumpolaires qui, de proche en proche, sont de la même espèce. C'est un "cercle d'espèces".

Connait-on des cas similaires de cercle d'espèce dans le monde des champignons ?

Enfin, sujet plus vaste, peut-être, et dans lequel résident certainement de très nombreuses énigmes : sur la place du règne fongique dans l'évolution des espèces... De quelle époque datent les plus anciennes traces fossile de champignons ? Y a-t-il des paléo-mycologues dans la salle ?!!
J'avais posé une question similaire à Régis Courtecuisse... Il m'avait répondu en terme d'hypothèses. Notamment, il a évoqué la possibilité que les champignons (aquatiques) aient favorisé l'apparition des premiers végétaux hors de l'eau... Comme quoi, sans eux, nous ne serions pas là !

[verarl]

Toi qui es du Nord, tu dois te rappeler que ce faut, il y a quelque temps, le dada de Marcel Bon qui présentait dans les DM des "arbres généalogiques " des champignons.
Plus sérieusement, ta question tient encore aujourd'hui (et en attendant que les études moléculaires apportent de nouvelles lumières), plus de la phylosophie que de la mycologie. En fait, la notion d'espèce tient beaucoup plus du mycologue que du champignon. Etant un ami de Patrick Reumaux, je me souviens des divergeances féroces entre lui et Melot. Une espèce se définit pas un certains nombres de critères jugés suffisemment caractéristique pour différencier le spécimen des ses voisins.
maintenant je ne suis pa sun spécialiste. je me contente d'essayer de déterminer une trouvaille, la plus précisémment possible. Parfois j'ai plusieurs noms du fait que selon les auteurs, le champignon en question n'est pas perçu de la même façon.

[jlouis]

IL me semble que la définition d'une espèce, et pour qu'une espèce soit considéré espèce, elle doit avoir une Diagnose latine...?
mais bon ceci relève de nos "ponte" et je ne serait trop repondre à toutes tes questions.
La phyllogènie est une vérité, comme je te l'avais dit sur l'autre post. Après pour les détail je passe la main.

jlouis

[verarl]

Pour qu'une espèce puissse être valide. Oui tout comme un holotype conservé en herbier. mais la véritable question n'est pas là car une espèce valide n'est pas forcément une espèce pertinante. C'est ce qui conduit au fameux fantômes mycologiques...

[gabaye]

Un sujet fort intéressant !...il y a eu d'ailleurs des approches très affinées sur ME à une époque.
C'est une notion qui oublie souvent ses racines et regarde peu sur les côtés...de là l'idée de cercle d'espèce, et même plus que l'idée !...on connait bien maintenant la spéciation grâce à l'écologie entre autre (et la biologie moléculaire, cela va de soi !), mais on manque de recul sur le potentiel évolutif des différentes espèces en fonction des bouleversements, qu'ils soient d'ordres naturels ou anthropiques (ce qui ne veut rien dire, mais bon...l'Homme faisant parti de la Nature !).
Pour être plus clair, il se peut qu'en quelques années, et avec les changements climatiques initiés par l'humain, les données évolutives, et particulièrement celles afférentes à "l'idée" d'espèce, ne trouvent plus acquéreurs...pour survivre le Vivant est capable de sauter bien des barrières, et les espèces d'aujourd'hui se signaleront peut être bien plus élargies demain dans ce concept également très intéressant qu'est le cercle d'espèce...il faudra alors ajouter aux notions "traditionnelles" qui définissent actuellement l'espèce quelques paramètres nouveaux...

Gabaye

[Fifi]

Toi qui es du Nord, tu dois te rappeler que ce faut, il y a quelque temps, le dada de Marcel Bon qui présentait dans les DM des "arbres généalogiques " des champignons.(...)

Pas tant au nord que ça... Juste à la frontière entre le nord et le sud ! Sur les bords de la Loire.

Ma culture et mon expérience en mycologie sont de très loin insuffisantes pour connaitre l'histoire et les travaux effectués à ce sujet...
Mon interrogation va au-delà de la mycologie... La mycologie n'est pas une science à part, parmi toutes les sciences biologiques, et je suppose que le concept d'espèce doit être le même dans toutes ces sciences.

Verarl parle de validation d'une espèce... oui, mais sur quels critères se base une telle validation ? La démarche de validation doit être nécessairement collective pour assurer le caractère universel du savoir scientifique... Je m'interroge donc sur ces "polémiques" entre mycologues de haut vol concernant ces validations d'espèces, et j'imagine que, parfois et malheureusement, l'ego du mycologue fausse quelque peu les jugements...

IL me semble que la définition d'une espèce, et pour qu'une espèce soit considéré espèce, elle doit avoir une Diagnose latine...?

Une diagnose = une espèce... (doit-elle vraiment être en latin ? C'est vrai ça ?!!) Je veux bien, mais cela ne me dit pas sur quels critères s'établit cette spécification (au sens biologique du terme)...
De plus, l'histoire montre bien que de nombreuses diagnoses ont dues être revues pour être soit regroupées en une seule, soit éparpillées en plusieurs...
On est effectivement à la frontière du questionnement philosophique et épistémologique... J'aimerai avoir un avis de nos grosses pointures du forum sur tous ces questionnements, tout autre avis étant aussi le bienvenu, évidemment !

[jlouis]

Fifi à écrit : Une diagnose = une espèce... (doit-elle vraiment être en latin ? C'est vrai ça ?!!) Je veux bien, mais cela ne me dit pas sur quels critères s'établit cette spécification (au sens biologique du terme)...
De plus, l'histoire montre bien que de nombreuses diagnoses ont dues être revues pour être soit regroupées en une seule, soit éparpillées en plusieurs...
On est effectivement à la frontière du questionnement philosophique et épistémologique... J'aimerai avoir un avis de nos grosses pointures du forum sur tous ces questionnements, tout autre avis étant aussi le bienvenu, évidemment !

Non Fifi une Diagnose est une description scientifique concise d'une espèce.
Tes question relèves sans doute doute de ME..

jlouis

[Fifi]

Non Fifi une Diagnose est une description scientifique concise d'une espèce.
Tes question relèves sans doute doute de ME..

He ben ??! C'est ce que j'ai voulu dire... À chaque diagnose correspond une espèce, d'où le symbole = qu'il fallait interpréter ainsi...
J'ai écrit diagnose en suite en pensant espèce...
Il fallait bien sûr lire : "l'histoire montre bien que de nombreuses espèces ont dues être revues..."

[jlouis]

Non Fifi une Diagnose est une description scientifique concise d'une espèce.
Tes question relèves sans doute doute de ME..

He ben ??! C'est ce que j'ai voulu dire... À chaque diagnose correspond une espèce, d'où le symbole = qu'il fallait interpréter ainsi...
J'ai écrit diagnose en suite en pensant espèce...
Il fallait bien sûr lire : "l'histoire montre bien que de nombreuses espèces ont dues être revues..."

Ha je pensais que tu voyait Taxon, dsl.
Oui mais l'avantage de rediger et de conserver les Diagnoses en langue latine (tout en conservant une espèce : excicata de celle ci) c'est que personne y touche ensuite.
Mais cela relève de la haute mycologique et comme tu le dit si bien cela est une question pour une grosse pointure, tel que Bart Buyck ou sans doute aussi Guillaume, Pam, regis...

jlouis

[Guillaume Eyssartier]

Je remonte un peu cette ligne de messages, qui m'était passée inaperçue cet été. Je vais essayer de répondre et, surtout, d'éclaircir certains confusions qui apparaissent dans certaines des réponses.

Tout d'abord, ne pas confondre systématique et nomenclature. Ainsi, le terme de "diagnose" (qui s'emploie dans le domaine de la nomenclature) n'aurait normalement pas dû apparaître dans cette discussion, étant donné les questions posées (d'ordre systématique). De même, le terme de "validation" est source de confusion.

Nomenclature : ensemble de règles qui s'applique à la façon dont on doit établir les noms des taxons. Ces règles n'ont rien à voir avec le fait d'une espèce "existe" réellement ou pas. Ainsi et comme vous le savez, un taxon peut avoir plusieurs noms valides. Pour un nomenclaturiste, les noms invalides n'existent pas : ainsi, un taxon pour lequel un nom invalide a été proposé par un mycologue "X" peut être nommé par un mycologue "Y" avec un tout autre nom, et sans même faire référence au mycologue "X", pourtant inventaire du taxon. En général, par respect, les mycologues préfèrent valider les noms proposés par leurs prédécesseurs.

Systématique ou taxinomie : cadre cohérent, en rapport avec l'évolution des lignées, qui permet de classer les taxons. C'est dans ce domaine, et dans ce domaine uniquement, que la notion d'espèce se pose.

À ma connaissance, l'expression "cercles d'espèces" ne s'utilise qu'en ornithologie... et je ne vois vraiment pas ce qu'amène cette notion. Elle recouvre ce qui est connu depuis fort longtemps sous le nom de sympatrie. On parle alors de taxons sympatriques, c'est-à-dire qui partagent le même territoire. C'est très bien connu en biologie de l'évolution, bien que les spéciations sympatriques soient souvent difficiles à mettre en évidence, notamment pour des raisons d'intergradation (les différentes populations continuent à échanger des gènes : leurs différences morphologiques s'en trouvent donc diminuer). Les spéciations les plus faciles à mettre en évidence sont les spéciations allopatriques : les taxons ne partagent pas le même territoire. Cette spéciation apparaît dès que le flux de gènes est rompu entre deux (ou plus) populations, que la barrière qui empêche ce flux soit d'ordre géographique, génétique, écologique, comportementale, etc. Là aussi, les exemples sont nombreux, notamment chez les champignons. En toute rigueur, la systématique doit mettre en évidence les événements évolutifs.

Le raccourci "une diagnose = une espèce" est donc très trompeur, et ne veut même globalement pas dire grand-chose. De la même façon, l'expression "espèce valide" n'est pas correcte : le nom d'une espèce peut être valide ou non (nomenclature), pas l'espèce elle-même.

Je ne m'étends pas plus sur cette partie (pour l'instant).

La question principale de Fifi était "Qu'est-ce qui permet de différencier deux espèces ?" Eh bien la réponse va sans doute vous surprendre, mais on ne commence à comprendre quelque chose à l'évolution des espèces QUE lorsque l'on comprend que cette question n'a pas de sens et, mieux, que l'on ne doit même pas se la poser. Ou alors, la seule réponse que l'on puisse faire est "Ce qui permet de différencier deux espèces est TOUT ou RIEN..." suivant le mode de spéciation qui est en jeu, et en fonction du temps écoulé depuis que cette spéciation a eu lieu.

Autre chose que j'ai lu dans le fil des messages : les "arbres" de Marcel Bon. Marcel est un immense mycologue, et je n'aurai sans doute pas assez du reste de l'année pour faire la liste de toutes ses qualités. Mais, vraiment, il n'a jamais rien compris à la systématique, comme en témoignent ses "essais évolutifs" : placer comme ancêtres de taxons actuels d'autres taxons eux-mêmes actuels n'a tout simplement aucun sens. Par définition, et à moins d'avoir des fossiles*, les ancêtres sont inconnus, et ne peuvent être reconstruits que de façon hypothétique (en biologie de l'évolution, on parle de "morphotype ancestral hypothétique").

J'espère avoir été clair, mais je ne suis pas certain d'avoir répondu à toutes les questions.

Amitiés, Guillaume.


* Très peu de fossiles chez les champignons. Selon certains biologistes, les premiers lichens primitifs sont apparus il y a entre 700 millions et 1 milliard d'années. Les fossiles de champignons à lames sont peu nombreux (4 si je suis à jour) :

- Aureofungus yaniguaensis, Coprinites dominicana et Protomycena electra : 15-20 millions d'années
- Archaeomarasmius leggeti : 90-95 millions d'années

[jlouis]

Salut Guillaume

Oui j'ai parlé de Diagnose latine pour reponse à la question de fifi : "Comment définit-on une espèce en mycologie ?"
ou si je comprend bien la question c'est aussi "comment une espèce existe ?"

jlouis

[gabaye]

Voilà qui est intéressant !...temps et espace sont toujours là pour nous enquiquiner un peu...:) et mettre un peu de relatif à nos perceptions !...

[verarl]

L'exposé de Guillaume est très intéressant et j'y ai appris bien des choses. Merci Guillaume.
Je pense qu'il serait fécond d'ouvrir un nouveau fil pour chaque question que celui-ci pose.
Mais pour en revenir à l'idée première qui est celle que se pose finalement tout mycologue amateur, j'y vois surtout un certain désarois face aux batailles de Maîtres.
La question peut se résumer ainsi. A quel moment un mycologue, tenant dens ses mains, un chapignon peut-il se dire. c'est une espèce nouvelle. Et encore, c'est une mauvaise formulation, puis qu'elle existe, l'espèce n'est pas nouvelle. Il faudrait plutôt dire. Comment ce mycologue peut-il penser que ce champignon n'a pas encore été décrit ni nommer ?
I y a dès lors, deux hypothèques à lever.
1) on ne peut jamais être certains qu'il n'existe pas quelque part, au fin fond d'un grimmoire, une description déjà faite et un nom déjà donné.
2) Quels détails déterminants peuvent permettre de différencier ce champignon de ceux qui en sont proches ?

Pour la première hypothèque, on peut toujours se dire, je décris et je nomme. il se trouvera bien un mycologue pour dire : " mais ce champignon a déjà décrit et nommé par untel dans tel bouquin.
La seconde hypothèque et plus intéressante et plus amusante car, elle premet d'entrer dans l'univers impitoyable de ce qu'on appelle communément les " querelles d'experts ". L'histoire de la mycologie regorge d'anectodes à ce sujet. je me rappelle du "J'accuse " de Niolle (désopilant !) ou de la guerre haineuse entre certains cortinariologues qui se considéraient mutuellement comme de vrais imbéciles...

C'est, je pense, ce sujet qui pose tracas à Fifi. C'est pourquoi, j'ai répondu que la notion d'espèce ne dépendait pas du champignon mais du mycologue...

[Guillaume Eyssartier]

Salut Jean-Louis,

tu dis

Oui j'ai parlé de Diagnose latine pour reponse à la question de fifi : "Comment définit-on une espèce en mycologie ?"

mais la question de Fifi ne portait pas sur la façon dont on valide le nom d'une espèce en mycologie, mais bien sur la façon dont on définit ce taxon. La diagnose ne définit pas une espèce en mycologie, à tel point qu'une diagnose, dans les cas ultimes (et il en existe quelques-uns) peut ne faire apparaître AUCUN des caractères de l'espèce dont elle valide le nom... tout simplement parce que ce qui "définit" une espèce en mycologie n'est pas la diagnose, mais le type.

[Guillaume Eyssartier]

I y a dès lors, deux hypothèques à lever.
1) on ne peut jamais être certains qu'il n'existe pas quelque part, au fin fond d'un grimmoire, une description déjà faite et un nom déjà donné.
2) Quels détails déterminants peuvent permettre de différencier ce champignon de ceux qui en sont proches ?

1) C'est certain, mais cela n'a globalement pas beaucoup d'importance pratique ;
2) J'ai répondu à cette question :

"Ce qui permet de différencier deux espèces est TOUT ou RIEN..." suivant le mode de spéciation qui est en jeu, et en fonction du temps écoulé depuis que cette spéciation a eu lieu.

Comment faire, alors, dans la pratique ? Deux possibilités suivant les groupes :

- chez les saprophytes, on a dans un nombre conséquent de cas accès aux cultures, et aux confrontations de mycéliums. Si les mycéliums sont compatibles, on ne peut rien dire. Par contre, s'ils ne le sont pas, la spéciation est très probable ;
- dans les autres groupes, on ne peut qu'émettre des hypothèses, et ceux qui continuent à discuter dans le vide pour savoir si, oui ou non, deux taxons appartiennent à la même espèce ou non ont vraiment du temps à perdre. Cela dit, les hypothèses peuvent être testées, notamment avec les techniques de biologie moléculaire : là encore (et malgré ce que l'on voit écrit très souvent), s'il y a des différences, il y a de bonnes chances pour que la spéciation soit au moins amorcée ; s'il n'y a pas de différences... on ne peut pas savoir (donc les synonymies établies avec la biologie moléculaire, même si elles sont des arguments supplémentaires très puissants, ne sont pas forcément justes).

Guillaume.