[Ghislaine]

Bonjour Castor et à tous et toutes.
Dans le sujet présent, c'est quand même la grandeur des spores qui fait la différence,non

[Castor74]

Bonjour Ghislaine, c'est très possible, mais alors c'est pas juste sur une photo...

[Richmond63]

Bonjour à tous.
Sans commentaires :

[Ghislaine]

Bonjour Ghislaine, c'est très possible, mais alors c'est pas juste sur une photo...

Certes...

[Castor74]

Je ne veux pas polémiquer, mais si certains se permettent de mettre en cause la biomol, je ne vois pas pourquoi je ne le ferais pas moi aussi.

[Ghislaine]

Je ne veux pas polémiquer, mais si certains se permettent de mettre en cause la biomol, je ne vois pas pourquoi je ne le ferais pas moi aussi.

oui

[Fouad]

Laurent, la biomol ne donne pas des réponses type "oui" ou "non", il faut travailler les séquences obtenues et comparer avec d'autres séquences de récoltes fiables. L'analyse des résultats est au moins aussi importante que le résultat brut le plus souvent.
Donc, oui tu peux remettre en cause le travail d'analyse, qui peut être mal fait, comme tout travail ;)

[Terradoc]

Il y a des sujets qui ne peuvent pas se débattre sur un forum sans entraîner de polémique. Nous faisons à notre niveau de la reconnaissance visuelle de champignons voire de la micro alors que la mycologie de demain fonde de nouvelles bases sur les biotechnologies. Comment ne pas être en décalage avec la réalité ?

[Castor74]

Laurent, la biomol ne donne pas des réponses type "oui" ou "non", il faut travailler les séquences obtenues et comparer avec d'autres séquences de récoltes fiables. L'analyse des résultats est au moins aussi importante que le résultat brut le plus souvent.
Donc, oui tu peux remettre en cause le travail d'analyse, qui peut être mal fait, comme tout travail ;)

Salut Fouad, qui décide qu'une récolte est fiable ? Et comment vérifier qu'elle est fiable…? J'ai envoyé il y a un an une russule à séquencer, c'est revenu en disant que "c'était une espèce qu'il n'est pas possible de séquencer avec un résultat fiable "puisqu'on a pas d’échantillon comparatif"… Je suis resté sur le cul. S'il faut avoir déjà trouvé une espèce pour la comparer, à quoi sert de faire séquencer une espèce inconnue ? Tout ça me dépasse.

[Fouad]

Bonjour Laurent,
Dans le cas de ta russule, j'imagine qu'il y avait une hypothèse d'espèce ? Après, si on ne trouve pas de séquence déposée de l'espèce soupçonnée pour comparer, on tentera au moins de cerner le clade.
J'entends par séquence de récoltes fiables, des séquences de mycologues connus et de confiance : n'importe qui ou presque peut déposer une séquence sur Genbank ou Unit et dire que c'est la séquence de telle ou telle espèce !

[Y.Courtieu]

On appelle immédiatement polémique ce qui n'est simplement que l'expression de ses doutes.
Exprimer ses doutes ne saurait en sciences être traduit par polémiquer. C'est exprimer ses doutes, point.
En l'occurrence, le document proposé par Richmond montre des spores et des cystides très semblables pour les deux "espèces " que seraient
C. olivieri et C. rhacodes, la seule différence significative sur ce document étant apparemment la taille des unes et des autres.
En ce qui me concerne, je ne trouve pas que respecter ce qu'ont fait des gens plus compétents que moi consiste simplement à prendre "comme du pain bénit" en quelque sorte les conclusions de ces personnes tout à fait respectables.
Créer des espèces à partir de simples différences de taille est-il pertinent ? Telle est la question que je me pose. Je ne trouve pas que la réponse à cette question soit aussi évidente que cela.
Des spores par exemple, peuvent se présenter sous différents angles et forcément ont une taille apparente variable.
Qui nous dit en outre que la taille des cystides ne varie pas avec l'âge du champignon ? C'est le cas de la plupart des organes de la plupart des êtres vivants. Leur taille dépend dans la plupart des cas de l'âge qu'ont ces êtres vivants.

Les tailles de plusieurs des spores montrées et mesurées par Richard correspondent à celles de C. rhacodes.
Dès lors, que croire ou que prendre en compte ? Est-ce ce fait incontestable ou bien des statistiques qui peuvent être faussées par les éléments évoqués ?
Quand on sait à quel point on peut faire dire aux statistiques à peu près ce que l'on veut, il est permis de douter...

Il ne s'agit ici, je le répète, absolument pas de polémiques, mais d'exercice à mon avis sain d'une faculté de l'intelligence humaine, à savoir le recul donné par l'esprit critique.

[Castor74]

Bonjour Fouad, oui, section integrineae. Le séquençage a donné... une olivaceineae. L'auteur du séquençage s'est montré extrêmement étonné… Et moi aussi… Ça n'a strictement rien à voir… D'où mes réflexions précédentes, comme quoi je doute très fortement de cette méthode.

[Castor74]

Je souscris pleinement à la réponse d'Yves. On ne doute pas pour emmerder les autres, on doute parce qu'on a une conviction ou une raison que dans un cas ou dans un autre, il faut douter pour avancer… Peu importe ce que peuvent affirmer les pontes, c'est tout…

[Fouad]

Bonjour Yves,
Une parenthèse. Il y a quelques temps j'avais entamé un petit travail non achevé en raison des sécheresses successives qui m'ont empêché d'échantillonner correctement mes espèces de Chlorophyllum. Pour comparer rhacodes et olivieri, j'avais noté que les cellules marginales (ou cheilocystides) ne sont pas assez caractéristiques et variables avec l'âge du champignon. Pour les spores, j'avais noté des différences intraspécifiques (mais par manque d'échantillon, cela reste une observation faible). Par contre, l'habitat était pour moi un élément capital, même si parfois cela pouvait être limite dans les zones en lisières de forêt : présence d'olivieri et rhacodes. Aucun olivieri en zone urbaine d'observé par exemple. La couleur du chapeau est aussi un élément très important, mais il existe des récoltes trompeuses d'olivieri qui peuvent être assez claires au début.
Bref, rien ne vaut l'observation de terrain pour se faire une idée ;)