Champis.net

c'est quoi le problème avec Mycoseq?
Hervé

Fifi a écrit :

Jean Pierre a écrit :
Ils sont d'ailleurs publiés dans les cahiers Nantais.
Absolument pas, Jean-Pierre... mon article des cahiers Nantais a été rédigé et publié avant que je ne reçoive les résultats du séquençage... Je l'évoque d'ailleurs à la fin de l'article.

Comme je n'ai pas vu l'article, la façon dont cela était présenté laissait penser qu'il s'agissait des résultats.

Fifi a écrit :

Voici ce qui est mentionné à la fin du rapport qui m'a été transmis :
L’analyse présentée ici est réalisée au nom de la Commission des partenariats scientifiques de la SMF sur la base des données disponibles publiquement à la date de diffusion. Elle est rédigée à titre indicatif, et sa publication, en totalité ou en partie, sans l’autorisation de la SMF, contreviendrait au règlement du projet (http://www.mycofrance.fr/projets/mycoseq/).

Je pense qu'ils veulent seulement s'assurer que les publications mentionnent bien tous les intervenants.

oui c'est ça que j'ai compris aussi. Quand on publie on mentionne Mycoseq (cf mes 2 publis partagées avec vous ici récemment). Mais là on discute entre nous, on ne publie pas !
Hervé

Fifi a écrit :

NSchwab, compte tenu du règlement de mycoseq, je ne peux pousser plus loin la discussion. Cela dit, l'article sur Tricholomopsis badinensis pourrait bien m'intéresser.
Par contre, je lis pour la récolte Tricholomopsis aff. rutilans 1. ARAN-Fungi00323 : Pileus color : deep purple...

Pour ce qui est du règlement de MycoSeq, on peut lire :

Règlement à l’usage des demandeurs de MycoSeq a écrit :

3) à partir du dépôt de la séquence dans une base de données publique (GenBank, UNITe...) ou dans une publication, les obligations liées à la propriété de la séquence deviennent caduques et le libre usage en est acquis par tous les partenaires. Cette publication peut être réalisée par chacun des partenaires, avec l’autorisation des autres. Elle est vivement encouragée, dès lors qu’elle ne porte pas préjudice à la confidentialité d’un projet associé ;
5) toute publication doit comporter dans les Remerciements la mention: «Les analyses moléculaires [préciser éventuellement: séquençage, phylogénie, interprétation] ont été réalisées [en partie/en totalité] dans le cadre du projet MycoSeq, Société Mycologique de France/CEFE UMR 5175, CNRS -Université de Montpellier -Université Paul-Valéry Montpellier –EPHE-INSERM».

Si je comprend bien, tu peux techniquement publier l'arbre phylogénétique sans rompre le contrat, puisque tu ne rends pas la séquence publique ? Et bien sûr, les remerciements doivent être intégrés.

Je me suis bien évidemment trompé pour le champignon cité... La bonne dénomination est Tricholomopsis rutilans BIO-Fungi 11313.

Je t'envoie l'article de Tricholomopsis badinensis en privé.

Bonne soirée.

Bonjour à tous

Il est normal que Fifi ne souhaite pas publier ici ( un forum n'est pas à proprement parlé un lieu privé) en avant première les résultats de son étude, s'il prépare un article avec par exemple description d'une nouvelle espèce, ou si les autres copropriétaires de la séquence et de l"analyse phylogénétique en préparent de leur côté. Règlement Mycoseq ou pas, c'est une précaution élémentaire que tous les auteurs prennent.
Dans la sphère privée , par contre, tout est bien sûr permis à condition que les informations n'en sortent pas ;o).
Attendons donc la sortie du ou des articles en gestation pour avoir le fin mot de l'histoire, il nous a mis l'eau à la bouche...

Patrice

Merci Patrice, il y a un peu de ça. Il y a aussi et surtout le fait que je ne veux pas précipiter les choses au risques de dire ou faire des bêtises dans l'optique d'une probable publication.
À ce stade, je vais avoir besoin de l'aide de mycologues plus expérimentés... Normalement, Mycoseq est là aussi pour aider à la publication et je vais évidemment les solliciter.

NSchwab a écrit :

Je t'envoie l'article de Tricholomopsis badinensis en privé.

Bien reçu. Merci Nicolas.

Tricholoma apium est exclu ? Je n'ai pas vérifié les données micro.

Fouad a écrit :

Tricholoma apium est exclu ? Je n'ai pas vérifié les données micro.

Je ne comprends pas pourquoi tu insistes à chercher ailleurs que dans le genre Tricholomopsis...
Je me répète (copier-coller...)
Le genre Tricholomopsis était pressenti lors de la première récolte.
L'impasse dans laquelle on s'est retrouvé pour identifier l'espèce nous a égaré vers d'autres genres.
Alors que l'observation micro sur la seconde récolte permet de conforter cette hypothèse tout en éliminant les autres genres proposés et que le séquençage confirme le genre Tricholomopsis... pourquoi aller chercher un autre genre improbable ?

Bonjour,
J'ai parlé de cette espèce car elle est peut être la plus ressemblante à ta récolte, et de mémoire, on ne l'avait pas citée, c'est tout.

Et pour cause T. apium possède une odeur remarquable que l’on perçoit avec céleri, té !

Fouad a écrit :

J'ai parlé de cette espèce car elle est peut être la plus ressemblante à ta récolte, et de mémoire, on ne l'avait pas citée, c'est tout.

La ressemblance ne me parait pas flagrante... mais je ne comprends toujours pas pourquoi tu persistes à vouloir chercher dans un autre genre alors que la micro et le séquençage confirment que ce sont bien des Tricholomopsis.

Je vais pouvoir vous en dire (un peu) plus après discussion avec François Valade de Mycoseq.
Voici de quoi nous sommes sûr : ce sont des Tricholomopsis dans le clade de T. rutilans. C'est tout !

Au sujet des pistes proposées par NSchwab :
Tricholomopsis badinensis présente des tons olivâtres.
Pour les Tricholomopsis aff. rutilans 1 et 2 je lis que leur chapeau est soit "deep purple", soit "moderate purple red".

Sur mes deux récoltes, aucune tonalité olivâtre ni pourpre ni rouge...

Cela dit, le séquençage montre que l'on est proche de ces deux Tricholomopsis non identifiés.

Quoiqu'il en soit, à l'heure actuelle il est prématuré de penser à publier. Comme me le souligne F. Valade, Olariaga et Holec, deux spécialistes du genre, ne sont pas allé plus loin que Tricholomopsis aff. rutilans 1 et 2 alors qu'ils ont créé T. pteridicola dans la même publication.

Je vais envoyer des exsiccata pour herbier à Paris et à Lille et bien évidemment surveiller (ou faire surveiller) la station pour la prochaine poussée.

Bonsoir, on est manifestement en présence d’une nouvelle espèce. Je pense en effet qu’il est prudent de ne pas publier tout de suite. On constate d’ailleurs, depuis plusieurs années, une propension à publier très - ou trop - rapidement.

Ok Fifi, merci du retour. La station doit être surveillée et voir si des T. rutilans typiques ne viennent pas au même endroit.

Fouad a écrit :

voir si des T. rutilans typiques ne viennent pas au même endroit.

En quoi cela nous ferait-il avancer dans l'identification de mes deux récoltes ?
Pour l'instant, jamais vu de T. rutilans dans ce secteur dunaire.

13 juin 2019, 11:48castor74 a écrit :

Je prends en photo la première page de l'article:

IMG_0563.jpg

Retour sur ce sujet, pour les personnes intéressées, les Cahiers mycologiques nantais 2019 où est paru cet article sont disponibles ici :
Cahiers mycologiques 2010-2019

Vous trouverez aussi, dans la rubrique Documentation tous les Cahiers mycologiques publiés entre 1989 et 2000.