Champis.net

Bonjour Castor.
C'est une vieille histoire:
Vanité des vanités, dit l'Ecclésiaste, vanité des vanités, tout est vanité.

Oh la la quel plaisir de lire des exposés à la fois documentés et aussi clairs...

Merci Nicolas, j'ai lu ta prose hier soir alors que j'étais sur un brancard aux urgences (fauché par un scooter sur un passage piéton). Cela m'a bien fait passer le temps jusqu'à ce que la batterie de mon téléphone ne me lâche

Juste une petite remarque: le code barre des champignons est basé sur l'ARN ribosomique, pas sur l'ADN. Pour ceux qui n'ont pas tes connaissances en génétique, less ribosomes sont les "usines à protéine" de la cellule, et l'ARN ribosomique correspond aux gènes exprimés, donc à des portions de l'ADN qui sont lues et transcodées. Le code barre s'appuie sur les ITS de cet ARN ribosomique (portions non codantes) pour lesquels la variabilité interspécifique est la plus grande. Mais la fiabilité de ce "code barre" est sujette à caution, au moins pour le genre Mycena de la section Calodontes (toutes "descendantes" de Mycena pura) et qui donnent des résultats troublants.

Diversité intraspécifique : 0 à 3,5%
Diversité interspécifique : 0,4 à 8,8%

En gros, la variabilité interspécifique peut-être inférieure à la variabilité intraspécifique, et il faudrait soit revoir complètement la classification du groupe....soit trouver d'autres marqueurs (ADN mitochondrial ou autre ?)

De plus en se basant uniquement sur l'ARN ribosomique, donc sur les gènes exprimés, on ne tient pas vraiment compte de l'épigénétique et des gènes qui peuvent être exprimés ou réprimés en fonction de facteurs environnementaux.

Bonjour,

Un grand merci à Nschwab, dont l'intervention, je me permets de le faire remarquer, tâche de se mettre à la portée des ignorants en biologie dont je fais partie sans leur donner de "leçon" et sans souligner cette ignorance. En outre il reconnaît qu'une partie des problèmes que pose la prolifération des nouveaux noms de genre vient tout autant d'une tendance plus ou moins humaine à rechercher la postérité que de véritables exigences scientifiques.

Le ton employé dans cette intervention est à mon sens suffisamment rare pour que je dise à Nicolas : Merci !

Cela dit, toute cette "technicité" me laisse un peu rêveur.
Tout d'abord, ce sont des statistiques qui jouent, comme je le savais, le plus grand rôle.
J'ai déjà eu l'occasion de dire que pour un mathématicien, les statistiques n'ont jamais valeur de preuve scientifique. Je suis très dubitatif quand on me dit : "une étude scientifique a démontré que..." et que j'apprends qu'il s'agit en réalité d'une étude statistique et non de ce que j'appelle pour ma part une étude scientifique.
La très célèbre Hypothèse de Riemann (en rapport avec les nombres premiers, très utilisés actuellement dans les questions de cryptage, en informatique) est "vérifiée" statistiquement plusieurs milliards de milliards de fois, voire plus.
Elle n'est donc pas prouvée... désolé...

En second lieu, vous me ferez très difficilement croire que l'homme maîtrise parfaitement bien la différence entre avoir un ancêtre commun d'un côté et de l'autre le fait d'avoir suivi des évolutions similaires, dues à l'adaptation à leur milieu, comme les animaux ailés, ou encore comme les poissons et les mammifères marins.
Sur ces domaines, je pense que l'étude morphologique doit conserver toute son importance. Tant mieux si celle-ci est confirmée par l'étude de l'ADN. Mais, il me semble, intuitivement, que gommer l'étude morphologique au seul profit de l'étude de l'ADN serait une erreur. Cette étude morphologique n'a pas attendu l'arrivée de l'ADN pour distinguer un oiseau d'une chauve-souris ou un requin d'un cétacé.

Pour en revenir à l'ADN, si je tente de comprendre ce qui est dit, on nous parle de "marqueurs", de "gênes exprimés", etc... Mais qui choisit ces marqueurs et pourquoi, que signifie qu'un gêne soit dit "exprimé" plutôt que "non exprimé" ?
Qu'est-ce qui prouve qu'on n'oublie pas des éléments importants dans l'ADN ?
Toutes ces questions font certainement l'objet de recherches, je l'imagine, mais peu de vulgarisation simple à comprendre. Trop complexe ? "Ce qui se conçoit bien s'énonce clairement" disait Boileau...

Bref je n'ai pas vraiment compris comment on décide sur la seule base de l'ADN, que des espèces auraient ou non un "ancêtre commun".
Tant que je ne l'aurai pas compris, un doute restera dans ma tête sur le degré véritable de validité de ces méthodes.

Kairos a écrit :

Merci Nicolas, j'ai lu ta prose hier soir alors que j'étais sur un brancard aux urgences (fauché par un scooter sur un passage piéton). Cela m'a bien fait passer le temps jusqu'à ce que la batterie de mon téléphone ne me lâche

Juste une petite remarque: le code barre des champignons est basé sur l'ARN ribosomique, pas sur l'ADN. Pour ceux qui n'ont pas tes connaissances en génétique, less ribosomes sont les "usines à protéine" de la cellule, et l'ARN ribosomique correspond aux gènes exprimés, donc à des portions de l'ADN qui sont lues et transcodées. Le code barre s'appuie sur les ITS de cet ARN ribosomique (portions non codantes) pour lauelle la variabilité interspécifique est la plus grande. Mais la fiabilité de ce "code barre" est sujetté à caution, au moins pour le genre Mycena de la section Calodontes (toutes "descendantes" de Mycena pura) et qui donnent des résultats troublants.

Diversité intraspécifique : 0 à 3,5%
Diversité interspécifique : 0,4 à 8,8%

En gros, la variabilité interspécifique peut-être inférieure à la variabilité intraspécifique, et il faudrait soit revoir complètement la classification du groupe....soit trouver d'autres marqueurs (ADN mitochondrial ou autre ?)

De plus en se basant uniquement sur l'ARN ribosomique, donc sur les gènes exprimés, on ne tient pas vraiment compte de l'épigénétique et des gènes qui peuvent être exprimés ou réprimés en fonction de facteurs environnementaux.

Oui, tu as raison. A vouloir trop simplifier, parfois on passe à côté de détails qui ont leur importance !

Pour ce qui est des marqueurs différent, il y a pas mal d'essais en ce moment. Normal, après la désillusion de voir que ça ne marche pas à chaque fois.

Y.Courtieu a écrit :

Bonjour,

Un grand merci à Nschwab, dont l'intervention, je me permets de le faire remarquer, tâche de se mettre à la portée des ignorants en biologie dont je fais partie sans leur donner de "leçon" et sans souligner cette ignorance. En outre il reconnaît qu'une partie des problèmes que pose la prolifération des nouveaux noms de genre vient tout autant d'une tendance plus ou moins humaine à rechercher la postérité que de véritables exigences scientifiques.

Le ton employé dans cette intervention est à mon sens suffisamment rare pour que je dise à Nicolas : Merci !

Cela dit, toute cette "technicité" me laisse un peu rêveur.
Tout d'abord, ce sont des statistiques qui jouent, comme je le savais, le plus grand rôle.
J'ai déjà eu l'occasion de dire que pour un mathématicien, les statistiques n'ont jamais valeur de preuve scientifique. Je suis très dubitatif quand on me dit : "une étude scientifique a démontré que..." et que j'apprends qu'il s'agit en réalité d'une étude statistique et non de ce que j'appelle pour ma part une étude scientifique.
La très célèbre Hypothèse de Riemann (en rapport avec les nombres premiers, très utilisés actuellement dans les questions de cryptage, en informatique) est "vérifiée" statistiquement plusieurs milliards de milliards de fois, voire plus.
Elle n'est donc pas prouvée... désolé...

En second lieu, vous me ferez très difficilement croire que l'homme maîtrise parfaitement bien la différence entre avoir un ancêtre commun d'un côté et de l'autre le fait d'avoir suivi des évolutions similaires, dues à l'adaptation à leur milieu, comme les animaux ailés, ou encore comme les poissons et les mammifères marins.
Sur ces domaines, je pense que l'étude morphologique doit conserver toute son importance. Tant mieux si celle-ci est confirmée par l'étude de l'ADN. Mais, il me semble, intuitivement, que gommer l'étude morphologique au seul profit de l'étude de l'ADN serait une erreur. Cette étude morphologique n'a pas attendu l'arrivée de l'ADN pour distinguer un oiseau d'une chauve-souris ou un requin d'un cétacé.

Pour en revenir à l'ADN, si je tente de comprendre ce qui est dit, on nous parle de "marqueurs", de "gênes exprimés", etc... Mais qui choisit ces marqueurs et pourquoi, que signifie qu'un gêne soit dit "exprimé" plutôt que "non exprimé" ?
Qu'est-ce qui prouve qu'on n'oublie pas des éléments importants dans l'ADN ?
Toutes ces questions font certainement l'objet de recherches, je l'imagine, mais peu de vulgarisation simple à comprendre. Trop complexe ? "Ce qui se conçoit bien s'énonce clairement" disait Boileau...

Bref je n'ai pas vraiment compris comment on décide sur la seule base de l'ADN, que des espèces auraient ou non un "ancêtre commun".
Tant que je ne l'aurai pas compris, un doute restera dans ma tête sur le degré véritable de validité de ces méthodes.

C'est vrai que pour un mathématicien la statistique ne fournissent pas de preuves. Mais justement, c'est la définition même du mathématicien ! Il cherche l'exactitude, la précision la plus extrême. Les mathématiciens, physiciens et ingénieurs se charrient souvent entre eux sur ces notions d'exactitude, mais ce n'est pas réellement un problème. Un physicien doit expliquer le comportement de ce qui nous entoure et un ingénieur est mandaté pour faire... un truc qui marche. S'il utilise les 3 premières décimales de π, plutôt que les 130 premières et que ça marche, qu'importe ! La biologie moléculaire n'est pas une science exacte et c'est pour cela qu'il faut faire attention à ne pas trop lui en demander. A partir du moment où des mesures sur le monde réelle interviennent, une inexactitude est créée. Cette science ne permet que d'affiner le résultat des études morphologiques et ne nécessite pas plus de précision que pour réaliser ce travail, peu importe les moyens employés.

Pour ce qui est du choix des marqueurs, les scientifiques y sont allé à tâtons. En cherchant lequel allait le mieux et quelle longueur est la plus adéquate, ils ont trouvé une certaine longueur qui peut différer selon les groupes de champignons et que le meilleur marqueur pour les champignons était la région ITS, mais ce n'est pas la seule utilisée.

Je tiens à préciser tout de même que le séquençage coûte encore très cher et c'est pour cela qu'il se fait toujours en amont d'un travail morphologique, à l'exception de champignons phytopathogènes et des champignons isolés à partir d'échantillonnages, mais qui sont souvent cultivés au préalable. C'est comme ça qu'on arrive à des Neopyrenochaeta telephoni, qui fut isolé à partir d'un frottis sur l'écran d'un téléphone (source).

Un gêne exprimé pour faire simple est un gêne qui est actif. Si le gêne ne l'est pas, on peut s'imaginer qu'il est en pause, en standby. Mais ce n'est pas pour autant qu'il ne va pas se transmettre. Un exemple connu est celui de la couleur de cheveux rousse. Cette couleur de cheveux est dû au fait que l'individu possède deux allèles (version variable d'un gène) sur un chromosome. Mais comme ce gène est récessif ("faible"), il a besoin d'en avoir deux, pour ne pas se faire dominer par l'autre. S'il a ces deux gènes, il va faire muter le gène qui détermine la couleur de peau, la couleur des cheveux et de poils, car il donne la quantité de pigments dans ceux-ci. Du moins, c'est ce que l'on pensait jusqu'à l'année dernière. La science évolue et on a découvert que ce seul gène n'est pas responsable entièrement ces caractères ! En se penchant un peu sur le sujet, c'est assez logique. Dans ce cas, comment expliquer que les roux ont plus fréquemment des couleurs d'yeux bleus, vert ou gris ? Cette science n'en est encore qu'à ses balbutiements et on ne peut pas répondre pour l'instant à ces questions. Parfois, il faut savoir que l'on ne sait pas.

Pour comprendre la notion d'ancêtre commun, c'est assez complexe. Mais on peut le résumer en disant qu'il s'agit d'un pourcentage de similitudes entre les gènes.

Ce qui explique la complexité de cette science, c'est qu'elle est trop jeune. La vulgarisation dans ce domaine n'est pas encore très bien établie et elle évolue trop vite pour créer des supports immuables. Elle est enseignée dans les universités et les lycées, mais tout n'y est pas expliqué. Pour cela, il faut faire partie du corps de recherche.

Pour les organismes sexués, on se sert de l'ADN mitochondrial transmis par la mère (mtDNA) et/ou de l'ADN du chromosome Y transmis par le père (Y-DNA) mais on ne le trouve que chez les mâles, alors que l'ADN mitochondrial se trouve chez les 2 sexes. Ces deux types d'ADN sont relativement stables, et en connaissant (estimant ?) le taux de mutations, on arrive à calculer l'âge d'un hypothétique ancêtre commun (c'est pas pour autant qu'il est toujours identifié), en gros, on estime (avec un dégré plus ou moins grand de certitude) à quelle période est apparue une mutation. Tous les organismes ayant conservé cette mutation sont supposé partager cet ancêtre commun. Je simplifie à l'extrême, mais c'est l'idée (comme dit Nicolas, je suis mandaté pour faire un truc qui marche )

NSchwab a écrit :

La biologie moléculaire n'est pas une science exacte et c'est pour cela qu'il faut faire attention à ne pas trop lui en demander. A partir du moment où des mesures sur le monde réelle interviennent, une inexactitude est créée. Cette science ne permet que d'affiner le résultat des études morphologiques et ne nécessite pas plus de précision que pour réaliser ce travail, peu importe les moyens employés.

Comme il est réconfortant de lire de telles phrases ! Elles correspondent tout à fait bien à ce que je pense au fond.
Il est bien dommage que d'autres spécialistes nous abreuvent d'expressions comme "l'ADN a tranché". "L'analyse moléculaire a permis de séparer...", etc, etc, etc... Comme si on avait déterré la Bible elle-même avec un grand B !!!
Si par hasard cela n'était pas clair, je précise que je n'ai pas vraiment besoin pour ma part de faire attention à ne pas trop demander à la biologie moléculaire. De même que je ne demande pas trop aux statistiques !
Ce qui ne veut dire en aucun cas que je nie leur intérêt à l'une comme à l'autre... Il faut juste ne pas en faire un Graal, ni de l'une ni de l'autre.

L’homme est un grand enfant. Ce sont les jouets qui changent. Il suffit parfois de lui donner un couteau à six lames pour qu’il pense révolutionner l’ébénisterie... Je caricature, mais à peine...

Y.Courtieu a écrit :

Si par hasard cela n'était pas clair, je précise que je n'ai pas vraiment besoin pour ma part de faire attention à ne pas trop demander à la biologie moléculaire. De même que je ne demande pas trop aux statistiques !
Ce qui ne veut dire en aucun cas que je nie leur intérêt à l'une comme à l'autre... Il faut juste ne pas en faire un Graal, ni de l'une ni de l'autre.

Une saine lecture même si ça date de presque 20 ans: "Ni Dieu, ni gène" de Jean-Jacques Kupiec et Pierre Sonigo.

Kairos a écrit :

Une saine lecture même si ça date de presque 20 ans: "Ni Dieu, ni gène" de Jean-Jacques Kupiec et Pierre Sonigo.

Tout un programme :
"En critiquant la génétique moderne, qui stipule que nous sommes en quelque sorte créés par un dieu-programme inscrit dans notre ADN, ce livre de vulgarisation scientifique, soutenu par une réflexion philosophique fort bien menée, défend ainsi l'idée que notre organisme fonctionnerait comme une société décentralisée de cellules"
Je pense que je lirais ce livre... Merci Kairos !
J'ai dit dernièrement à Marc-André Selosse que j'avais probablement hérité de mes ancêtres un certain gène.
Lequel ?
Le gène de l'allergie aux explications par les gênes

Bonjour à toutes et tous.
Cette lecture m'a donné envie de lire enfin un livre que j'ais reçu il y a quelle année, qui me semble proche de ce post.
Les champignons redécouverts
Philippe Silar; Fabienne Malagnac.
Cela me paraissait tellement complexe et finalement ça va. Un avis sur cet ouvrage m'intéresse!
Merci à tous.

Kairos a écrit :

Merci Nicolas, j'ai lu ta prose hier soir alors que j'étais sur un brancard aux urgences (fauché par un scooter sur un passage piéton). Cela m'a bien fait passer le temps jusqu'à ce que la batterie de mon téléphone ne me lâche

Pourquoi j'ai parfois l'impression que tout le monde s'en fout ?

Bonjour Kairos,

C'est vrai, je suis trop vite passé sur cette information, sans doute parce que, d'une part, la suite du post était passionnante et m'a fait perdre de vue la première information, mais d'autre part, et surtout, ça a été possible parce que tu as fait passer cette nouvelle sur un ton bien si badin qu'il laissait supposer que tout était rentré dans l'ordre à l'heure où tu écrivais...

Sans doute sommes-nous plusieurs dans ce cas.

Je suis vraiment confus d'avoir fait si peu de cas de cette partie du post... Et j'espère surtout que les suites de cet accident seront simples, et que tu retrouveras très vite une santé de fer.

Lilian a écrit :

Bonjour Kairos,

C'est vrai, je suis trop vite passé sur cette information, sans doute parce que, d'une part, la suite du post était passionnante et m'a fait perdre de vue la première information, mais d'autre part, et surtout, ça a été possible parce que tu as fait passer cette nouvelle sur un ton bien si badin qu'il laissait supposer que tout était rentré dans l'ordre à l'heure où tu écrivais...

Sans doute sommes-nous plusieurs dans ce cas.

Je suis vraiment confus d'avoir fait si peu de cas de cette partie du post... Et j'espère surtout que les suites de cet accident seront simples, et que tu retrouveras très vite une santé de fer.

Disons qu'il n'y a rien de cassé sur les radios mais que je vais devoir faire un IRM pour voir l'état des ligaments du genou. Que j'ai une belle plaie au mollet et un énorme hématome qui me fait la jambe toute bleue...et un arrêt de travail de 10 jours. Je devrais m'en remettre

Pour le "ton badin", ça doit être l'effet des opiacés