Champis.net

09 déc. 2020, 09:28Andgelo a écrit :

Mon point de vue... Comme vous le savez, vous pouvez utiliser le nom que vous voulez !

Bien entendu Andgelo, je suis d'accord.
Il est évidemment hors de question d'obliger tout le monde à nommer les espèces du dernier nom en vigueur. Et, pour Castor, il faut arrêter de croire que "on" t'oblige à le faire !
Et il faut arrêter de croire que seule la mycologie est chamboulée par la phylogénie moderne (et par la publicationnite aiguë, maladie grave du mycologue... ) ! C'est aussi le cas dans le règne animal (voir le document de Guillaume Lecointre sur les poissons), c'est aussi le cas en botanique voir la classification des algues !

09 déc. 2020, 09:28Andgelo a écrit :

Bonjour,

Mon point de vue... Comme vous le savez, vous pouvez utiliser le nom que vous voulez ! Vous n'irez pas en prison... Et puis c'est surtout les synonymies erronées qui font le plus de mal.

Les changements de noms....

D'un point de vue technique du site, totalement d'accord.

Pour le nommage des sujets, pas de soucis que le nom soit ancien ou nouveau. Et s'il y a de futures évolutions, tout se fera tout seul lorsque GBIF adoptera les nouveaux noms (ou alors on les crée avant puis on adapte quand ils apparaissent).

Par contre, effectivement, pour les synonymes, c'est un autre problème:

- Si on est très précis et qu'on fait une variété, forme, voire espèce qui est synonyme d'une autre, ça ne pose aucun problème puisqu'on saura à quoi ça correspond. Donc si on fait une variété alba d'une espèce qui finalement n'a pas de sens, ça ne pose aucun problème, elle sera synonymisée avec son espèce.

- Par contre, si on synonymise 2 espèces qui s'avèrent être 2 espèces distinctes, là, on est obligés de reprendre tous les sujets et de renommer. Il nous manquera peut-être de l'information et on sera embêté.

J'avais discuté avec Christian Frund qui me disait que lui nommait les cortinaires à la sauce française (beaucoup de taxons) et pas nordiste (regroupement). Si un jour, on se rend compte qu'il s'agit de synonymes, pas de soucis, on regroupera. Par contre s'il s'avère que des taxons doivent être découpés en plusieurs autres, là, on est coincés.

En résumé: sur le site, mettez le nom que vous voulez, ça s'adapte (et s'adaptera dans le futur) tout seul. Par contre, s'il y a un doute sur une synonymie, soyez le plus précis possible. Et il n'y a pas de raisons de s'exciter sur des changements de noms, il faut juste qu'on se comprenne

Je vous expliquerai à l'occasion comment ça marche en base de données (mais en fait, il n'y a pas de noms de taxons mais des numéros).

Désolé, Fifi, je ne changerais pas d'avis.
Le souci de cohérence dont tu parles est à mes yeux nuisible.
Mais je ne suis pas idiot et je vois bien que ce que je dis ne rencontre aucun écho, donc je vais cesser de vous ennuyer.
Je vais prendre ce mal des renommages ( totalement inutile à mes yeux ), en compte, puisqu'apparemment je n'y puis rien...

Tant pis, c'est dommage... Passons à autre chose et merci, Fifi, d'avoir tenté de recadrer ton débat.

09 déc. 2020, 17:47Y.Courtieu a écrit :

Désolé, Fifi, je ne changerais pas d'avis.
Le souci de cohérence dont tu parles est à mes yeux nuisible. **
Mais je ne suis pas idiot et je vois bien que ce que je dis ne rencontre aucun écho, donc je vais cesser de vous ennuyer.
Je vais prendre ce mal des renommages ( totalement inutile à mes yeux ), en compte, puisqu'apparemment je n'y puis rien...

Tant pis, c'est dommage... Passons à autre chose et merci, Fifi, d'avoir tenté de recadrer ton débat.

**l'emploi de ce terme demande tout de même un peu de développement, je m'en excuse.
Pourquoi est-ce nuisible ?
Non pas simplement parce que certains d'entre nous seraient réfractaires ou troublés par le fait d'avoir à appeler les champignons avec les nouveaux nom à la mode. Si ce n'était que cela, comme on le renvoie souvent, cela ne serait en effet pas bien grave et il n'y aurait pas lieu de "s'exciter" comme le dit félicien ! Malheureusement c'est bien autre chose...

C'est nuisible entre autres

- parce que les bases de données ne peuvent plus être tenues à jour.
Expérience vécue par moi-même : j'en ai fait une, destinée à rendre service aux sociétés mycologiques pour leurs expositions. Je peux dire que le fait d'avoir à gérer les synonymies a multiplié le temps de travail et la complication de la mise en place des outils informatiques nécessaires pour les gérer par trois ou quatre, au moins. Je ne pense pas être le seul à avoir été confronté à ce problème...

- parce que les guides de vulgarisation deviennent obsolètes en des temps que je qualifierais de "record".
Un livre publié il y a seulement dix ans fait figure d'ouvrage antédiluvien grâce à l'emploi de ces méthodes qualifiées par Fifi de cohérentes. Pour moi, un tel résultat montre au contraire à quel degré d'incohérence nous sommes parvenus.

- parce que de nombreux sites sur les champignons deviennent inutilisables en raison de la présence plus qu'envahissante ( il n'y a quasiment plus que cela de visible) de litanies de noms qui viennent empoisonner et compliquer votre recherche documentaire...
etc..etc...

J'ajoute que les arguments que Fifi vient de me redonner (de bonne foi, je le sais) sur la cohérence prêtent à mes yeux à ... sourire (désolé !)

Prenons l'argument servi par Guillaume sur le ridicule qu'il y aurait à renommer Pluton en astronomie si Pluton avait un nom de type binômial. Et Guillaume d'insister sur ce ridicule, croyant probablement (et de bonne foi aussi, je le sais aussi), manier la raillerie à bon escient.
Qu'en conclure ? Que ce qui conduirait à être ridicule en astronomie (employer des noms binômiaux et les changer) ne le serait pas en mycologie ??? Où est la logique là-dedans ?!

Autre argument de Fifi : il n'y a pas qu'en mycologie qu'il y a des chamboulements dus à la phylogénie. Et alors ?
C'est tout à fait normal, on confond la phylogénie et la taxonomie dans tous les domaines des sciences naturelles !!!
Le fait que l'on fasse la même erreur partout est-il un argument pour continuer à rester dans l'erreur ???
Bien évidemment, encore faut-il être d'accord pour considérer qu'il y a là une erreur. C'est mon cas. Cela peut ne pas être le votre, je le conçois, mais je ne le comprends pas.
Encore une fois il existe d'autres sciences où l'on ne fait pas cette erreur. On n'y mélange pas le fait de nommer les objets ou les êtres que l'on étudie avec le ou plutôt les classements qui permettent de mieux les étudier.

En réalité, de mon point de vue, la recherche d'un UNIQUE classement qui serait le SEUL COHERENT avec les théories de Darwin, recherche qui se fait dans toutes les sciences naturelles est justement à mon sens ce qui conduit à une situation de plus en plus inextricable et ce, dans toutes ces sciences.

On pourrait très bien faire plusieurs classements, selon l'angle de vue des études faites. Il n'y aurait nul besoin de changer les noms dans ce cas. Bien au contraire, on éviterait cette nuisance.

Seulement, il faudrait pour cela abandonner l'idée d'obtenir une sorte de Graal des classements, permettant d'obtenir une sorte de taxonomie universelle et cohérente. Voilà bel et bien ce qui est à mes yeux une chimère...

Mais, apparemment c'est une chose difficile, voire insurmontable, pour l'être humain que de ne pas poursuivre des chimères comme la recherche de ce type de Graal !

Bon, maintenant je vais essayer de me taire... pour de bon

Bonjour.
On ne peut pas tous aller à l'uni pour faire de la mycologie amateur.

10 déc. 2020, 07:16Y.Courtieu a écrit :

- parce que les bases de données ne peuvent plus être tenues à jour.
Expérience vécue par moi-même : j'en ai fait une, destinée à rendre service aux sociétés mycologiques pour leurs expositions. Je peux dire que le fait d'avoir à gérer les synonymies a multiplié le temps de travail et la complication de la mise en place des outils informatiques nécessaires pour les gérer par trois ou quatre, au moins. Je ne pense pas être le seul à avoir été confronté à ce problème...

Oui, c'était mon gros problème pour les fiches de champis.net (j'utilisais un système maison pour la taxonomie) et c'est effectivement ingérable.

J'ai aussi un système pour les expos et les cartes avec toujours ce système maison pour la taxonomie. Je basculerai vers GBIF modifié (https://api.champis.net) prochainement pour ne plus avoir ce problème.

Je verrai aussi dans un deuxième temps pour l'ouvrir à qui veut l'utiliser. Mais ça demandera encore du temps.

A mon avis, il est impossible de suivre les changements de taxons ou alors, c'est un travail démesuré (je crois que mycoDB le fait). La solution est d'utiliser des API de spécialistes du domaine. Il y a TAXREF et GBIF par exemple. Si tu veux l'accès à GBIF modifié, celui utilisé ici, n'hésite pas.

10 déc. 2020, 07:16Y.Courtieu a écrit :

Pourquoi est-ce nuisible ?
Non pas simplement parce que certains d'entre nous seraient réfractaires ou troublés par le fait d'avoir à appeler les champignons avec les nouveaux nom à la mode. Si ce n'était que cela, comme on le renvoie souvent, cela ne serait en effet pas bien grave et il n'y aurait pas lieu de "s'exciter" comme le dit félicien ! Malheureusement c'est bien autre chose...

Pourtant, sur le terrain, c'est la principale raison de la résistance du "mycologue amateur" face aux nouveaux noms.
Moi-même, je nomme toujours Boletus erythropus, Collybia fusipes et Clitocybe gibba ces espèces courantes lorsque je les rencontre...
C'est peut-être un peu par flemme intellectuelle, mais c'est aussi parce que c'est très difficile de suivre tous les changements de nom et de s'y habituer.

10 déc. 2020, 07:16Y.Courtieu a écrit :

- parce que les bases de données ne peuvent plus être tenues à jour.
(...)
- parce que les guides de vulgarisation deviennent obsolètes en des temps que je qualifierais de "record".
(...)
- parce que de nombreux sites sur les champignons deviennent inutilisables en raison de la présence plus qu'envahissante ( il n'y a quasiment plus que cela de visible) de litanies de noms qui viennent empoisonner et compliquer votre recherche documentaire...

Un scientifique n'a que faire de ces considérations ! Ce n'est pas son problème et, plus important encore, ces problèmes ne doivent pas influencer la recherche fondamentale.

Cette problématique ne concerne que des questions d'ordre matériel (les bases de données) ou des questions de méthode de vulgarisation scientifique.

10 déc. 2020, 07:16Y.Courtieu a écrit :

etc..etc...

Il faudrait préciser ce qu'il y a derrière ces etc...

10 déc. 2020, 07:16Y.Courtieu a écrit :

Prenons l'argument servi par Guillaume sur le ridicule qu'il y aurait à renommer Pluton en astronomie si Pluton avait un nom de type binômial. Et Guillaume d'insister sur ce ridicule, croyant probablement (et de bonne foi aussi, je le sais aussi), manier la raillerie à bon escient.
Qu'en conclure ? Que ce qui conduirait à être ridicule en astronomie (employer des noms binômiaux et les changer) ne le serait pas en mycologie ??? Où est la logique là-dedans ?!

À mon avis tu te méprends sur cet argument. Il n'y a aucune raillerie dans le propos de Guillaume.
C'est seulement toi qui parles de ridicule...
Comme tu avais pris pour exemple l'astronomie, il explique simplement que si cette science avait opté pour une nomenclature basée sur le même principe du nom binominal Genus species comme en biologie, un astre comme Pluton (ou un autre qui aurait changé de statut) aurait certainement changé de nom au cours des avancées en astronomie...

10 déc. 2020, 07:16Y.Courtieu a écrit :

Autre argument de Fifi : il n'y a pas qu'en mycologie qu'il y a des chamboulements dus à la phylogénie. Et alors ?
C'est tout à fait normal, on confond la phylogénie et la taxonomie dans tous les domaines des sciences naturelles !!!
Le fait que l'on fasse la même erreur partout est-il un argument pour continuer à rester dans l'erreur ???
Bien évidemment, encore faut-il être d'accord pour considérer qu'il y a là une erreur. C'est mon cas. Cela peut ne pas être le votre, je le conçois, mais je ne le comprends pas.
Encore une fois il existe d'autres sciences où l'on ne fait pas cette erreur. On n'y mélange pas le fait de nommer les objets ou les êtres que l'on étudie avec le ou plutôt les classements qui permettent de mieux les étudier.

Yves... c'est en réponse à Castor qui semble croire que seule la mycologie serait atteinte de "publicationite aiguë".
Ce n'était pas un argument pour justifier le changements taxonomiques.

Alors, selon toi, tous les biologistes, ou la très grande majorité, font l'erreur de confondre phylogénie et taxonomie... Mazette !

Je te demande une fois de plus de nous citer ces sciences "où l'on ne fait pas la même erreur"...

la suite... plus tard...

Les jours passent et mon opinion reste la même. Ce sujet ressassé sur le forum depuis des années et que certains se croient obligés de relancer et relancer est d'un ennui profond. Je vais vous donner un scoop : vous allez mourir - alors il y a des choses plus intéressantes à voir avant.

Jplm

OK...

si cela t'ennuie autant, inutile de répondre sur le sujet pour nous faire part de ton ennui. Comme le disait Yves, rien ne t'oblige à suivre nos échanges.

Puisque, parait-il, cela manque de visibilité, je vais tenter de finir sans mettre de citation...

Taxonomie et Phylogénie sont deux domaines d'études distincts, mais ils sont inévitablement liés du fait même du système de nomenclature binominale.

En fait, pour arriver à ce que tu préconises, Yves, il faudrait tout bonnement abandonner la nomenclature binominale Genus species...
Ensuite, nous aurions autant de classements que de point de vue des études faites (je n'imagine même pas le nombre de classement qui pourrait sortir d'un tel système...).

Excuses moi, Yves, j'ai énormément de mal à y voir une simplification...

Trois choses à dire :
1- La recherche fondamentale en mycologie consisterait-elle à changer les noms des champignons ?
Pour moi, non, elle consiste à faire , entre autres, de la phylogénie aujourd'hui.
Quand on change les noms, ce n'est plus de la recherche fondamentale que l'on fait... Qu'est-ce qu'on fait, alors ?
La réponse est simple : on change des noms...

Et là les scientifiques ont le devoir d'en regarder les conséquences, parce que, justement, il ne s'agit plus alors de recherche fondamentale.

Dire que les raisons qui amènent à changer les noms font partie de la recherche fondamentale, c'est faire l'erreur conceptuelle sur laquelle Jean-Michel Bellanger a attiré l'attention. Les raisons de le faire tiennent en effet à l'interprétation des choses et notamment au fait que l'on a érigé en dogme un principe : un genre doit être monophylétique.

Quand la science devient dogmatique, elle ne fait plus de la recherche fondamentale. Qu'est-ce qu'elle fait, alors ?
Elle devient dogmatique...

2- En astronomie, exemple cité plusieurs fois, on étudie les planètes, les galaxies, etc... sous des angles très divers :
mouvements, composition chimique, distance, luminosité, etc...
On connait de mieux en mieux les planètes du système solaire,
il existe un catalogue des noms traditionnels des étoiles.
Ces noms restent les mêmes depuis plusieurs dizaines d'années.
Ainsi, pour reprendre cet exemple, Pluton a changé de catégorie. Pas de nom.
Il y a plusieurs classements utilisés en astronomie. Cela n'en fait absolument pas un foutoir.

3- Enfin je n'ai jamais demandé à abandonner la nomenclature binomiale.
Ne pas changer de noms ne signifie pas abandonner la nomenclature binomiale, on la conserve au contraire !

On entre effectivement dans le fameux débat ente classification cladistique et classification classique.

Personnellement, j'ai une préférence comme Fifi pour la classification cladistique qui je trouve est plus "naturelle" car tenant compte de l'évolution, même si elle peut mettre le bazar pendant quelques années. Et je ne pense pas que ce soit une chimère, elle est atteignable mais il y a aura encore des changements, des rectifications. Et après l'ADN pour tenir compte de l'évolution, qu'est-ce qui pourra être plus précis pour prendre en compte l'évolution ? Je ne vois pas...

Cela n'empêchera jamais d'utiliser des caractéristiques de classification classique pour déterminer nos champignons. On sait actuellement que les reptiles ou les poissons sont des groupes qui n'ont plus lieu d'être d'un point de vue évolution. Cela n'empêchera jamais de toujours parler de poissons et de reptiles, car c'est pratique.

En mycologie, on pourra toujours parler de Collybies en sachant qu'on parle des Gymnopus, Collybia, Rhodocollybia, ... Cela ne veut pas dire qu'on efface tout ce qui a été fait avant. Une description de Romagnesi a toujours du sens, malgré ces changements.

Mais vouloir garder (et défendre) une classification classique peut se défendre, j'en conviens.

Un autre exemple pour les champis pour lesquels la classification classique est pratique, c'est pour les moisissures. On les met toutes dans les Deutéromycètes. On sait maintenant que c'est artificiel mais pratique.

Bref, un éternel débat

J'avoue apprécier le débat et même si je ne rejoins pas Yves sur ses convictions, je trouve ce débat intéressant et instructif.

Merci à félicien de son avis nuancé.
Quelque part, la seule conviction que j'ai, c'est qu'il y a actuellement une sorte de développement que je me permet, vu de l'extérieur, car je ne suis pas un spécialiste, de juger anarchique, dans la création de nouveaux genres en particulier.
Il ne se passe pas de semaine sans qu'on apprenne de nouvelles créations.
Intuitivement je pense que ceci est malsain et traduit de façon prématurée l'interprétation que fait untel ou untel, de résultats d'ordre phylogénétique. Qu'il soit bien clair que ce ne sont pas ces résultats que je mets en cause. Mais l'utilisation que l'on en fait et cela n'a absolument rien à voir.

Toujours vu de l'extérieur, il me semble que l'on devrait se contenter de faire des arbres en continuant à utiliser les noms classiques des champignons. Le côté pratique souligné par félicien et qui n'est nullement à négliger serait ainsi pris en compte.
Les arbres présentés font d'ailleurs cela. On trouve généralement à l'extrémité de ces arbres, sur la droite de la plupart des schémas les anciens noms, pour bien montrer où ils se trouvent désormais dans la classification cladistique.
Cela me parait très clair et j'ai énormément de mal à comprendre pourquoi cela devrait à tout prix entraîner, en plus, des changements de noms, changements dont l'utilité dans ce contexte m'échappe.
Publier ?
La publication se justifie toute seule par la découverte du nouveau classement qui doit être fait. Changer de nom n'apporte rien de plus sur un plan scientifique, en tout cas je ne perçois pas où serait cet apport.
Respecter un principe ?
Si ce changement de nom est fait seulement pour respecter un dogme, personnellement, je n'appelle pas cela une démarche scientifique.

Je pense qu'il y a sûrement des excès mais il y a un exemple classique qui a obligé à créer de nouveaux genres, c'est le cas des coprins.

De manière classique, les coprins étaient aussi un de ces groupes bien pratique car ils ont un peu tous le même aspect.

Mais d'un point de vue moléculaire, la plupart de ces coprins étaient en fait plus proches des psathyrelles. Une grande partie a donc dû être déplacée dans la famille des Psathyrellaceae.

Ici, le problème est évident, on ne peut pas avoir le genre Coprinus dans la famille des Coprinaceae et dans celle des Psathyrellaceae. Il fallait donc créer au moins un nouveau genre pour ces coprins qui en vérité n'en sont pas.

Les nouveaux genres Parasola, Coprinopsis, Coprinellus ont donc été créés, à mon avis, pour de bonnes raisons. En plus, les noms de genres rappellent le "lien" avec les coprins ce qui me semble raisonnable.

Je ne suis pas spécialiste comme Nicolas pour expliquer tous ces changements et lui pourra sûrement t'expliquer plus finement.

Mais tu as aussi raison, il y a une part d'interprétation. Dans tous les cas, il est difficile de mettre un monde continu (la diversité du vivant) dans des cases de type "discret". Ce système n'est pas parfait et poser des limites est compliqué et sujet à controverse. Même la création d'un arbre phylogénétique impose des choix d'algorithmes de clustering (comment on choisit de grouper). Mais là encore, je ne connais pas du tout assez pour donner un avis.

Je comprends fort bien que l'on ne peut pas avoir le genre Coprinus à la fois dans la famille des Coprinacées et dans celle des Psathyrellavées. C'est (c'était) donc un problème à résoudre.
La question est de savoir comment le résoudre, ce problème.

Là, il est probable que je dois avoir une sorte de déformation professionnelle due à mon métier de mathématicien !
Je regarde quand à moi toutes les solutions possibles.
Il y a celle consistant à créer des genres nouveaux. Bien...
Mais il y en a ( ou il y en avait) une autre et le mathématicien que je suis aurait fait ce choix -là.

J'aurai supprimé les deux familles des coprinacées et des psathyrellacées pour en faire une seule. On économise ainsi une famille qui n'avait peut-être pas lieu d'être.
Le genre Coprinus, je l'aurai alors maintenu et j'aurai économisé aussi la création de tous ces genres nouveaux.

Cela n'aurait pas été plus simple ?