Champis.net

Jean Pierre a écrit :

castor74 a écrit :

Relis bien. Je ne dis pas qu’il faut ME le traduire, je dis qu’il faudrait le traduire. Moi je l’ai lu, c’est pour ça que je dis que c’est édifiant, tout simplement. Je signale en outre que je ne suis pas le seul du tout à penser ça.

Ben, si tu l'a lu tu as vu que cela n'a aucun rapport avec le séquençage utilisé habituellement par les mycologues et donc je ne comprend pas ta réaction.

Ma réaction portait sur l’extrême prudence à apporter, selon moi, aux résultats de ces techniques, qu’elles soient utilisées pour des champignons, des escargots ou des lémuriens. Par ailleurs, si comme le dit Kairos, cet article est affiché à l’entrée de la SMF, c’est certainement que ça n’a rien à voir avec les champignons.

Guillaume : article téléchargé mais pas encore lu. Merci.

Ma réaction portait sur l’extrême prudence à apporter, selon moi, aux résultats de ces techniques

Laurent, de quelles techniques parles-tu ?

As-tu un peu mieux compris les différences entre les méthodes suite à mon message ?

Amitiés, Guillaume.

Guillaume Eyssartier a écrit :

Ma réaction portait sur l’extrême prudence à apporter, selon moi, aux résultats de ces techniques

Laurent, de quelles techniques parles-tu ?

As-tu un peu mieux compris les différences entre les méthodes suite à mon message ?

Amitiés, Guillaume.

Je pensais au barcoding, tel que tu l'as expliqué. Ça me paraît plus clair, mais tu dis que ce n'est pas la panacée, ce qui me fait penser à la prudence à prendre avec les résultats...

castor74 a écrit :

Par ailleurs, si comme le dit Kairos, cet article est affiché à l’entrée de la SMF, c’est certainement que ça n’a rien à voir avec les champignons.

Oups.....je pense que j'aurais dû expliquer un peu mieux le contexte de cet article, qui est une réaction aux publications de David Hawksworth qui milite pour une nomenclature du règne fongique basée sur les séquences ITS présentes dans le "Sequence Read Archive", argumentant que seule cette approche peut combler le gap entre les 115000 à 140000 espèces couramment admises et les quelques 2.2 à 3.8 millions d'espèces "attendues", gap qui ne pourra jamais être comblé par les méthodes classiques de collecte et d'identification de spécimens.

Le propos des auteurs n'est nullement de rejeter la génétique comme outil, mais de montrer qu'une nomenclature basée uniquement sur le séquençage, telle que proposée par Hawksworth, est vouée à l'échec.

La partie que je jugeais intéressante dans l'article (et qu'on retrouve également dans la publication de Guillaume), c'est les variabilités intraspécifique et interspécifiques des ITS (barcoding), qui pour certains genres pourraient amener à identifier des espèces différentes en une seule espèce, et pour d'autres genres pourraient amener à éclater une espèce en plusieurs.

Salut Laurent,
Si j'ai bien compris le "barcoding" permet à donner un "numéro" à un individu donné. Si un individu A qui a obtenu le numéro 22 a été nommé Leucoagaricus leucothites, alors qu'il portait une volve; un individu B qui obtiendrait aussi le numéro 22, sera rangé à côté de notre Leucoagaricus.

Fouad a écrit :

Salut Laurent,
Si j'ai bien compris le "barcoding" permet à donner un "numéro" à un individu donné. Si un individu A qui a obtenu le numéro 22 a été nommé Leucoagaricus leucothites, alors qu'il portait une volve; un individu B qui obtiendrait aussi le numéro 22, sera rangé à côté de notre Leucoagaricus.

Pas tout à fait un numéro

Plutôt un truc du genre :
1 atggatatcg aacaatttag gaaagcaggc tatcaagcca ttgatcgcat atgcgattac
61 tactattctt tgcaaaattc aactgttatg tctaaggttg agcctggata tttaaggcag
121 cacattcctt tggaagcacc cgaagagggt gaagactttc aaatcattgc agacgattac
181 cagaaattta tcgtaccagg tttaacgcat tggcagcatc cttctttctt tgcctacttc

en plus long, évidemment, sinon ça serait trop simple...certaines séquences enregistrées dans GenBank ont moins de 500 bases, d'autres plus de 1400. Mais effectivement, si deux séquences correspondent exactement, il y a des fortes probabilités qu'elles appartiennent à la même espèce....

Mais ce système, même s'il est extrêmement utile, a des limites: si tu prends par exemple un "barcode" de Daldinia eschscholtzii, tu vas trouver une correspondance à 99,80% avec certains Nodulisporium ou de 99,60% avec certains Sporothrix, ce qui risque de poser problème si tu n'as pas d'autres moyens d'identification

Tu en sais des choses, Kairos. La prochaine fois qu'on se voit, tu vas m'expliquer quelques rudiments. Mais attention pour certains trucs j'ai le cerveau lent, il va falloir repartir à zéro et me parler comme à un enfant de 7 ans. Si tu as quelques exemples très basiques, ça aidera.

Jplm

Fouad a écrit :

Salut Laurent,
Si j'ai bien compris le "barcoding" permet à donner un "numéro" à un individu donné. Si un individu A qui a obtenu le numéro 22 a été nommé Leucoagaricus leucothites, alors qu'il portait une volve; un individu B qui obtiendrait aussi le numéro 22, sera rangé à côté de notre Leucoagaricus.

Salut Fouad, je ne sais pas si c’est ça, mais ça me paraît quand même un peu plus compliqué. L’explication que donne Kairos ci-dessous me renforce quand même dans l’idée qu’il faut être prudent avec les résultats. Je ne sais pas si «prudent» est le mot, mais en tout cas ces histoires de pourcentages proches qui peuvent conduire à des trucs différents interpelle quand même…

castor74 a écrit :

Jean Pierre a écrit :

Ben, si tu l'a lu tu as vu que cela n'a aucun rapport avec le séquençage utilisé habituellement par les mycologues et donc je ne comprend pas ta réaction.

Ma réaction portait sur l’extrême prudence à apporter, selon moi, aux résultats de ces techniques, qu’elles soient utilisées pour des champignons, des escargots ou des lémuriens. Par ailleurs, si comme le dit Kairos, cet article est affiché à l’entrée de la SMF, c’est certainement que ça n’a rien à voir avec les champignons.

Je n'ai jamais dit que ça n'a rien à voir avec les champignons, mais avec le séquençage habituellement utilisé par les mycologues.
Habituellement, les mycologues utilise d'un individu soit pour en établir la phylogénie, soit pour confirmer ou non son identité et à ce titre comparent à d'autres individus connus.
Dans le lien noté par Kairos, il est fait référence à un projet de modification du code de nomenclature qui devait être proposé au congrès de Shenzhen. Ce projet visait à demander la validation d'espèces sous forme de numéro de code, sans que le champignon n'ait jamais pu être observé, à la seule vue de traces ADN découvertes sur des prélèvements de terre, bois...effectués en batterie.Plus de champignon, plus d'exsiccata, plus de problèmes de renommage, un simple numéro. A l'époque j'avais lu que le projet avait des chances d'aboutir et de nombreux mycologues de renom, dont Guillaume, se sont groupés pour s'y opposer et je suppose que cela a marché puisque l'on n'en voit pas trace dans le compte rendu du congrès de Shenzhen.

Jplm a écrit :

Tu en sais des choses, Kairos. La prochaine fois qu'on se voit, tu vas m'expliquer quelques rudiments. Mais attention pour certains trucs j'ai le cerveau lent, il va falloir repartir à zéro et me parler comme à un enfant de 7 ans. Si tu as quelques exemples très basiques, ça aidera.
Jplm

Comme tout amateur de bière, je connais mieux les Saccharomyces cerevisiae que les macromycètes, mais ça peut se faire

Je pensais au barcoding, tel que tu l'as expliqué. Ça me paraît plus clair, mais tu dis que ce n'est pas la panacée, ce qui me fait penser à la prudence à prendre avec les résultats...

Les résultats du barcoding sont les résultats... du barcoding. Tout le monde sait qu'il faut les prendre avec des pincettes. Mais, pour en revenir à une discussion récente, cela n'a rien à voir avec la phylogénie et les changements de noms de genres (notamment).

Amitiés, Guillaume.

Kairos a écrit :

En fait, ça ne va pas aider beaucoup à clarifier ce sujet. Si je lance une recherche (BLAST) sur NCBI à partir d'une séquence appartenant à Russula cyanoxantha (GenBank: JF908699.1), je trouve des correspondances parfaites avec 4 échantillons de R.variata, mais également avec un échantillon de R.nigrovirens. C'est pas trop déconnant puisque R.nigrovirens appartient également à la sous-section Cyanoxanthinae, mais ça montre la limite de l'identification faite à partir d'une simple séquence ITS. C'est loin d'être un outil magique qui donnerait avec certitude le nom de l'espèce. Je vous renvoie à cet article récent: Ten reasons why a sequence-based nomenclature is not useful for fungi anytime soon qui est d'ailleurs épinglé au format papier sur un tableau à l'entrée de la SMF.

Mythique! J'ai toujours pensé que ceux qui créent de nouveaux genres en les scindant avec la phylogenèse le font principalement parce que c'est un moyen rapide d'attribuer leur nom de famille à de nombreuses espèces sans en découvrir aucun! Il n'y a pas de sérieux chez ces personnes. Le temps fera justice. Et il deviendra évident qui a fait beaucoup de quantité et très peu de qualité!

Mitico! Ho sempre pensato che chi crea nuovi Generi spezzettandoli con la filogenesi lo fa principalmente perché é un modo rapido per attribuire il proprio cognome a molte specie senza scoprirne alcuna! Non c'è serietà in queste persone. Il tempo renderà giustizia. E diventerà evidente chi ha fatto molta quantità e molto poca qualità!

Gianni

gambr a écrit :

Mythique! J'ai toujours pensé que ceux qui créent de nouveaux genres en les scindant avec la phylogenèse le font principalement parce que c'est un moyen rapide d'attribuer leur nom de famille à de nombreuses espèces sans en découvrir aucun! Il n'y a pas de sérieux chez ces personnes. Le temps fera justice. Et il deviendra évident qui a fait beaucoup de quantité et très peu de qualité!

Tiens, tiens, il existe des mycologues qui pensent cela ? Très intéressant !

Y.Courtieu a écrit :

Tiens, tiens, il existe des mycologues qui pensent cela ? Très intéressant !

Je commence à regretter d'être intervenu sur ce sujet et d'avoir ré-ouvert la boîte de Pandore qu'est la discussion sur les noms d'espèces

Au départ, il y a une hésitation entre deux espèces : Russula cyanoxantha et Russula variata, et une question de Fouad demandant s'il existe une étude phylogénétique de ces deux taxons.

Là-dessus, Gianni informe que des séquences de R.variata existent dans GenBank, provenant d'Amérique du Nord, d'Inde et du Japon.

Mon intervention ne visait qu'à faire remarquer que l'existence de ces séquences dans GenBank ne nous aideraient pas à trancher entre les deux espèces, vu qu'elles semblent tellement proches qu'il est impossible de les distinguer sur ce simple critère.

Ensuite, c'est un peu parti dans tous les sens, et on s'est un peu trop éloigné du sujet, qui est l'identification de cette russule présentée par Andgelo, et pour laquelle nous n'avons toujours pas de réponse claire.

Alors, est-ce Russula cyanoxantha var. subacerba ou pas ?