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Andgelo et Castor pense à Russula cyanoxantha var. subacerba.

Quelqu'un a classé des séquences avec R.variata.

Qualcuno ha depositato sequenze cone R.variata.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/?t ... la+variata

Ciao
Gianni

Bonjour à tous. C’est du chinois, pour moi, ces séquencages. Il en ressort quoi, clairement ?

castor74 a écrit :

Bonjour à tous. C’est du chinois, pour moi, ces séquencages. Il en ressort quoi, clairement ?

Se stai rispondendo a me, 7 sequenze sono USA, 1 indiana, 1 giapponese, 1 canadese.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/EU819436.1

AUTHORS Palmer,J.M., Lindner,D.L. and Volk,T.J.
JOURNAL Submitted (11-JUN-2008) Biology, University of Wisconsin-La Crosse,
1725 State Street, La Crosse, WI 54601, USA

... etc ...

Ciao
Gianni

Merci Gianni, mais cela reste confus dans le sens où il en ressort quoi, de ce charabia? Variata se rapproche de quelque chose, et de quoi?

En fait, ça ne va pas aider beaucoup à clarifier ce sujet. Si je lance une recherche (BLAST) sur NCBI à partir d'une séquence appartenant à Russula cyanoxantha (GenBank: JF908699.1), je trouve des correspondances parfaites avec 4 échantillons de R.variata, mais également avec un échantillon de R.nigrovirens. C'est pas trop déconnant puisque R.nigrovirens appartient également à la sous-section Cyanoxanthinae, mais ça montre la limite de l'identification faite à partir d'une simple séquence ITS. C'est loin d'être un outil magique qui donnerait avec certitude le nom de l'espèce. Je vous renvoie à cet article récent: Ten reasons why a sequence-based nomenclature is not useful for fungi anytime soon qui est d'ailleurs épinglé au format papier sur un tableau à l'entrée de la SMF.

Kairos a écrit :

En fait, ça ne va pas aider beaucoup à clarifier ce sujet. Si je lance une recherche (BLAST) sur NCBI à partir d'une séquence appartenant à Russula cyanoxantha (GenBank: JF908699.1), je trouve des correspondances parfaites avec 4 échantillons de R.variata, mais également avec un échantillon de R.nigrovirens. C'est pas trop déconnant puisque R.nigrovirens appartient également à la sous-section Cyanoxanthinae, mais ça montre la limite de l'identification faite à partir d'une simple séquence ITS. C'est loin d'être un outil magique qui donnerait avec certitude le nom de l'espèce. Je vous renvoie à cet article récent: Ten reasons why a sequence-based nomenclature is not useful for fungi anytime soon qui est d'ailleurs épinglé au format papier sur un tableau à l'entrée de la SMF.

Merci Kairos pour ce lien. Il faudrait le traduire ou le faire traduire, car je le pense très édifiant. Le fameux graal dont on nous rebat les oreilles depuis un certain nombre d'années en prend un coup dans la tronche, apparemment. C'est déjà ce que certains de mes amis mycologues, et pas des moindres, pensent depuis un petit moment. IL EST URGENT D'ATTENDRE !!!

Je pense que même en l'état et malgré ses imperfections, c'est un outil précieux, mais il faut être conscient des limites et ne pas se précipiter dans l'interprétation des résultats. C'est pour ça que c'est un métier

Je viens de faire l'exercice inverse et lancer un BLAST à partir de l'échantillon indiqué par Gianni, et là encore, l'outil trouve des correspondances (à 99,56%) avec R.cyanoxantha. On est en dessous de la variabilité intra-spécifique, et on pourrait facilement en déduire que variata et cyanoxantha sont une seule et même espèce. Personnellement, je ne franchirais pas ce pas.

castor74 a écrit :

Kairos a écrit :

En fait, ça ne va pas aider beaucoup à clarifier ce sujet. Si je lance une recherche (BLAST) sur NCBI à partir d'une séquence appartenant à Russula cyanoxantha (GenBank: JF908699.1), je trouve des correspondances parfaites avec 4 échantillons de R.variata, mais également avec un échantillon de R.nigrovirens. C'est pas trop déconnant puisque R.nigrovirens appartient également à la sous-section Cyanoxanthinae, mais ça montre la limite de l'identification faite à partir d'une simple séquence ITS. C'est loin d'être un outil magique qui donnerait avec certitude le nom de l'espèce. Je vous renvoie à cet article récent: Ten reasons why a sequence-based nomenclature is not useful for fungi anytime soon qui est d'ailleurs épinglé au format papier sur un tableau à l'entrée de la SMF.

Merci Kairos pour ce lien. Il faudrait le traduire ou le faire traduire, car je le pense très édifiant. Le fameux graal dont on nous rebat les oreilles depuis un certain nombre d'années en prend un coup dans la tronche, apparemment. C'est déjà ce que certains de mes amis mycologues, et pas des moindres, pensent depuis un petit moment. IL EST URGENT D'ATTENDRE !!!

EFFARANT !, Je ne vois pas comment tu peux juger de manière si péremptoire un texte dont tu dis qu'il faudrait te le traduire.

Jean Pierre a écrit :

castor74 a écrit :

Merci Kairos pour ce lien. Il faudrait le traduire ou le faire traduire, car je le pense très édifiant. Le fameux graal dont on nous rebat les oreilles depuis un certain nombre d'années en prend un coup dans la tronche, apparemment. C'est déjà ce que certains de mes amis mycologues, et pas des moindres, pensent depuis un petit moment. IL EST URGENT D'ATTENDRE !!!

EFFARANT !, Je ne vois pas comment tu peux juger de manière si péremptoire un texte dont tu dis qu'il faudrait te le traduire.

Relis bien. Je ne dis pas qu’il faut ME le traduire, je dis qu’il faudrait le traduire. Moi je l’ai lu, c’est pour ça que je dis que c’est édifiant, tout simplement. Je signale en outre que je ne suis pas le seul du tout à penser ça.

Merci Kairos pour ce lien. Il faudrait le traduire ou le faire traduire, car je le pense très édifiant. Le fameux graal dont on nous rebat les oreilles depuis un certain nombre d'années en prend un coup dans la tronche, apparemment. C'est déjà ce que certains de mes amis mycologues, et pas des moindres, pensent depuis un petit moment. IL EST URGENT D'ATTENDRE !!!

Laurent, tu confonds encore deux choses qui n'ont rien à voir : l'identification des espèces par analyse et comparaison génétique, et la reconstruction phylogénétique.

Pour ce qui est de l’identification par simple séquence, ce que l'on appelle souvent le barcoding, il est évident que ce n'est pas la panacée, mais il est aussi évident que c'est infiniment plus puissant que nos identifications à l’œil, même en passant de longues heures au microscope. La faiblesse réside essentiellement dans le fait qu'il faut que les séquences avec lesquelles on compare soient issues de récoltes correctement identifiées... Mais on retrouve le même problème lorsque l'on se base sur des ouvrages dans lesquels les espèces sont, aussi, incorrectement identifiées. Voir notamment notre article très récent : https://hal.sorbonne-universite.fr/hal- ... 4/document

Pour ce qui est de la phylogénie, on en a tellement parlé que je ne reviens pas dessus : les méthodes n'ont rien à voir.

Amitiés, Guillaume.

Guillaume Eyssartier a écrit :

Merci Kairos pour ce lien. Il faudrait le traduire ou le faire traduire, car je le pense très édifiant. Le fameux graal dont on nous rebat les oreilles depuis un certain nombre d'années en prend un coup dans la tronche, apparemment. C'est déjà ce que certains de mes amis mycologues, et pas des moindres, pensent depuis un petit moment. IL EST URGENT D'ATTENDRE !!!

Laurent, tu confonds encore deux choses qui n'ont rien à voir : l'identification des espèces par analyse et comparaison génétique, et la reconstruction phylogénétique. Pour ce dernier point, cela fait 30 ans que certains d'entre nous estiment qu'il est "urgent d'attendre"... du coup, ils sont complètement largués, et la mycologie mondiale a continué sans eux.

Pour ce qui est de l’identification par simple séquence, ce que l'on appelle souvent le barcoding, il est évident que ce n'est pas la panacée, mais il est aussi évident que c'est infiniment plus puissant que nos identifications à l’œil, même en passant de longues heures au microscope. La faiblesse réside essentiellement dans le fait qu'il faut que les séquences avec lesquelles on compare soient issues de récoltes correctement identifiées... Mais on retrouve le même problème lorsque l'on se base sur des ouvrages dans lesquels les espèces sont, aussi, incorrectement identifiées. Voir notamment notre article très récent : https://hal.sorbonne-universite.fr/hal- ... 4/document

Pour ce qui est de la phylogénie, on en a tellement parlé que je ne reviens pas dessus : les méthodes n'ont rien à voir.

Amitiés, Guillaume.

Bonjour Guillaume, merci pour ta réponse. J'essaie – apparemment vainement – de me faire une idée de tout ça en lisant (beaucoup) et en écoutant ceux qui en savent plus que moi. Je dois reconnaître que les avis sont, et c'est le moins que l'on puisse dire, extrêmement partagés... J'ai lu récemment ceci: https://controversciences.org/reference ... -barcoding

Eh bien voilà, c'est mieux quand tu te modères. Inspire-toi plus du lactaire tranquille (même s'il pue) que du lactaire sanguin.

Jplm

Bonjour Guillaume, merci pour ta réponse. J'essaie – apparemment vainement – de me faire une idée de tout ça en lisant (beaucoup) et en écoutant ceux qui en savent plus que moi. Je dois reconnaître que les avis sont, et c'est le moins que l'on puisse dire, extrêmement partagés... J'ai lu récemment ceci: https://controversciences.org/reference ... -barcoding

À ma connaissance, les avis ne sont guère partagés... à partir du moment où l'on parle de la même chose. Nous sommes tous d'accord (ou presque) sur le barcoding : mais le barcoding n'est qu'un moyen rapide de placer une espèce à côté d'une autre, parfois de l'identifier quand on a un peu l'habitude des procédure. Ce n'est en aucun cas une technique utilisée pour faire de la phylogénie moléculaire, dont les concepts et les méthodes sont radicalement différents. As-tu téléchargé notre article ?

Pour te donner un exemple, nous avons sous presse un article sur un nouveau Chromosera, que Patrice Tanchaud a déniché : en macro et en micro les différences étaient tellement subtiles avec les espèces déjà décrites que l'on ne savait pas quelles conclusions en tirer (chapeau un peu plus strié, spores très légèrement différentes, etc.). S'agissait-il d'une nouvelle espèce ou d'une simple variation ? La séquence ITS (donc du barcoding) ne nous a pour ainsi dire rien apporté : les différences étaient faiblardes avec les autres espèces... Alors on est passé à de la phylogénie, et ajouté des récoltes de "notre" espèce, ainsi que d'autres séquences que les ITS. Et là, tout est devenu clair :
Tu vois comme les trois récoltes se groupent et se distinguent nettement des autres espèces, alors que le simple barcoding était inefficace ?

Nous nous sommes aussi aperçu que les récoltes de Chromosera cyanophylla se séparaient en deux groupes distincts... l'un pour les récoltes européennes, l'autre pour les récoltes américaines : il y a sans aucun doute deux espèces jusqu'à aujourd’hui confondues .

Guillaume.

castor74 a écrit :

Jean Pierre a écrit :

EFFARANT !, Je ne vois pas comment tu peux juger de manière si péremptoire un texte dont tu dis qu'il faudrait te le traduire.

Relis bien. Je ne dis pas qu’il faut ME le traduire, je dis qu’il faudrait le traduire. Moi je l’ai lu, c’est pour ça que je dis que c’est édifiant, tout simplement. Je signale en outre que je ne suis pas le seul du tout à penser ça.

Ben, si tu l'a lu tu as vu que cela n'a aucun rapport avec le séquençage utilisé habituellement par les mycologues et donc je ne comprend pas ta réaction.