Taxonomie et phylogénie : un point de vue

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Y.Courtieu

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Message par Y.Courtieu »
Bonjour,
Voici le début d'une réponse donnée sur le forum FMBDS à propos d'une éventuelle synonymie ou non entre deux cortinaires, suite à des analyses phylogénétiques faites par des finlandais.
André Bidaud, auteur de l'Atlas des Cortinaires, a interrogé Jean-Michel Bellanger, qui effectue les analyses phylogénétiques de Mycoseq dans son laboratoire de Montpellier et qui est coauteur de l'Atlas des Cortinaires ( ou d'une partie de cet Atlas) pour avoir son avis sur cette synonymie. Voici l'entrée en matière de Jean-Michel Bellanger :

"J’en pense que c’est une erreur que de vouloir tirer des conclusions taxinomiques sur la base de pourcentages d’identité de séquence, surtout en comparant des séquences deux à deux. Sur un plan conceptuel, il me semble erroné de confondre phylogénie et taxinomie. Un pourcentage de support de branche ou un pourcentage d’identité de séquence sont des infos phylogénétiques. L’interprétation qu’on en fait en taxinomie est comme le nom l’indique une interprétation."

J'ai surligné ce qui correspond à mon point de vue personnel, vous m'en excuserez.
Yves
Si vous mettez une ânerie dans un ordinateur, rien n'en sort, sauf cette ânerie. Mais cette tromperie, ayant traversé une machine très chère, est en quelque sorte anoblie et personne n'ose la critiquer. Pierre Gallois

castor74 En ligne

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Message par castor74 »
Je suis bien d'accord. Ce qui met le souk, selon moi, c'est qu'on veut se précipiter pour décrire. Sans accuser personne, il faut bien reconnaître qu'il y a des descripteurs compulsifs…
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Nommo

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Message par Nommo »
Des noms . . :grandsourire: :clindoeil:
Le mystère éternel du monde c’est son intelligibilité.(Einstein,1936).

castor74 En ligne

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Message par castor74 »
03 déc. 2020, 09:07Nommo a écrit :
Des noms . . :grandsourire: :clindoeil:
:grandsourire: exercice un peu casse-gueule… Je ne le ferai pas…
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Y.Courtieu

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Message par Y.Courtieu »
03 déc. 2020, 09:38castor74 a écrit :
03 déc. 2020, 09:07Nommo a écrit :
Des noms . . :grandsourire: :clindoeil:
:grandsourire: exercice un peu casse-gueule… Je ne le ferai pas…
Tu as bien raison. Il ne s'agit nullement de faire des attaques aux personnes, ni non plus d'ailleurs de polémiquer pour le plaisir de polémiquer.
Je vois simplement que le bon sens des amateurs dans notre genre à propos des changements de noms repose peut-être sur autre chose que ce qui nous est régulièrement renvoyé, je ne rouvre pas ce chapitre, c'est inutile.
Ce bon sens rejoint tout simplement l'avis d'un expert qui a l'énorme avantage d'avoir une double compétence, à la fois en mycologie et en phylogénie...
Yves
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Nommo

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Message par Nommo »
Vous avez raison, c’était, vous l’aviez compris, une plaisanterie.
Je n’ai la vocation de n’attacher quiconque au pilori.
Le mystère éternel du monde c’est son intelligibilité.(Einstein,1936).

castor74 En ligne

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Message par castor74 »
03 déc. 2020, 11:48Nommo a écrit :
Vous avez raison, c’était, vous l’aviez compris, une plaisanterie.
Je n’ai la vocation de n’attacher quiconque au pilori.
Bien sûr !!! :clindoeil:
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Fifi

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Message par Fifi »
Bonjour,

Sur la distinction entre taxonomie et phylogénie, je ne crois pas que quelqu'un sur le forum soit en désaccord avec ce qui est dit. Et, à mon sens, ce n'est pas une question d'opinion ou de point de vue, il faut juste comprendre de quoi traite chacune de ces sciences.

J'ai souvenir avoir tenté d'expliquer, à propos du séquençage : si le résultat montre une séquence différente, cela prouve que ce n'est pas la même espèce. Par contre, si la séquence est identique, cela ne suffit pas pour prouver qu'il s'agit bien de la même espèce.


Quant au propos de Castor, il me semble hors sujet, c'est un autre problème.
L'amanite phalloïde a mauvaise réputation.
C'est pourtant l'un des rares champignons qui soit capable d'abréger les souffrances des myopathes.
Pierre Desproges

Y.Courtieu

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Message par Y.Courtieu »
05 déc. 2020, 17:11Fifi a écrit :
Sur la distinction entre taxonomie et phylogénie, je ne crois pas que quelqu'un sur le forum soit en désaccord avec ce qui est dit. Et, à mon sens, ce n'est pas une question d'opinion ou de point de vue, il faut juste comprendre de quoi traite chacune de ces sciences.
Non, il ne s'agit pas simplement de comprendre de quoi traitent chacune des sciences. Si l'on veut seulement les distinguer, oui, mais derrière cette intervention il y a autre chose.
Il s'agit aussi de dire que les interprétations qui en sont faites actuellement sont au moins troublantes voire dans certains cas peu admissibles.
En effet, je cite encore André Bidaud :" Les résultats de séquençage de certaines (analyses), établissant des synonymies entre espèces morphologiquement peu ressemblantes, sont parfois troublants, pour ne pas dire difficilement admissibles."
Pour moi ceci est une opinion.
Je ne vois d'ailleurs pas où serait le problème d'exprimer une telle opinion.
J'ai souvenir avoir tenté d'expliquer, à propos du séquençage : si le résultat montre une séquence différente, cela prouve que ce n'est pas la même espèce. Par contre, si la séquence est identique, cela ne suffit pas pour prouver qu'il s'agit bien de la même espèce.
Cette explication, qui entre parenthèses a été parfaitement comprise, car nous ne sommes pas des gens "bouchés", suffit à mes yeux à justifier l'expression d'opinions comme celle de castor, qui n'est absolument pas hors sujet. Il demande, comme André Bidaud ou presque*, tout simplement à ce que l'on soit plus prudent dans les renommages, établissements de synonymies ou créations de nouveaux genres et il pense comme lui qu'actuellement c'est loin d'être le cas.
*André est peut-être moins radical, il se dit seulement "troublé", mais emploie tout de même le terme assez fort de "difficilement admissible" .

Pour finir et afin d'être clair, tout ceci ne signifie en aucun cas de ma part une critique de la phylogénie en soi, mais bel et bien de l'interprétation que l'on en fait, actuellement en tout cas, en taxonomie.
Yves
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Message par castor74 »
C'est tout de même très déstabilisant : d'un côté on dit que la biomol c'est le juge de paix, et quand finalement ça rapproche des espèces qui s'avèrent morphologiquement très différentes, on crie à l'inadmissible (à juste titre?). Moi je veux bien… :lol:
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Message par Y.Courtieu »
06 déc. 2020, 09:27castor74 a écrit :
C'est tout de même très déstabilisant : d'un côté on dit que la biomol c'est le juge de paix, et quand finalement ça rapproche des espèces qui s'avèrent morphologiquement très différentes, on crie à l'inadmissible (à juste titre?). Moi je veux bien… :lol:
Je ne pense pas qu'il y ait lieu d'être déstabilisé, castor.
Une nouvelle science, la phylogénie, apporte des éléments supplémentaires à la connaissance des champignons et c'est tant mieux.
Mais, comme d'habitude chez Homo sapiens, il y a ceux qui se précipitent et en tirent toutes sortes de conclusions qui sont, surtout au début, et c'est bien là où nous en sommes, largement prématurées... Ces gens là, pour un tas de raisons variées, ne comprennent pas la prudence qui s'impose et s'engouffrent dans ce qu'ils sentent, à juste titre sans doute, être la voie du progrès, mais avec finalement beaucoup trop peu de discernement :grandsourire:
Yves
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Message par castor74 »
C'est bien ce que je dis: on veut bien souvent aller trop vite pour publier, c'est aussi simple que ça. Et je le regrette, prendre un peu de recul serait nécessaire.
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Ghislaine

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Message par Ghislaine »
06 déc. 2020, 09:59castor74 a écrit :
C'est bien ce que je dis: on veut bien souvent aller trop vite pour publier, c'est aussi simple que ça. Et je le regrette, prendre un peu de recul serait nécessaire.
Bonjour Castor.
Les scientifiques doivent publier beaucoup et régulièrement , pour garder leurs postes et subventions. (j'ai envie de dire les pauvres) mais non je ne le ferais pas.
Le commencement de toute science, c’est l’étonnement de ce que les choses sont ce qu’elles sont.
Aristote

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Message par castor74 »
Oui, c'est malheureusement vrai. Cette précipitation est un peu dommageable...
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Message par Ghislaine »
06 déc. 2020, 10:31castor74 a écrit :
Oui, c'est malheureusement vrai. Cette précipitation est un peu dommageable...
Nous sommes au siècle ou l'on peut imprimer environ 20 000 lignes par minute. :eek:
Édit: et on en lit toujours 30 env.
Modifié en dernier par Ghislaine le 06 déc. 2020, 12:41, modifié 2 fois.
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