[Fifi]

Non, il ne s'agit pas simplement de comprendre de quoi traitent chacune des sciences. Si l'on veut seulement les distinguer, oui, mais derrière cette intervention il y a autre chose.

Mon propos concerne seulement l'affirmation sur une confusion entre phylogénie et taxinomie.

Pour la suite, d'après ce que tu cites, Bidaud ne parle que de synonymie établie sur la base d'analyses phylogénétiques. Et toi et Castor (?), étendez son propos aux renommages et créations de nouveaux genre.

Je conçois que l'on puisse être troublé par des synonymies entre espèces morphologiquement peu ressemblantes... alors je pose la question sur cette photo : Y a-t-il plusieurs espèces ?

Autrement dit, on peut constater de grandes différences morphologiques entre des individus d'une même espèce comme on peut trouver de grandes ressemblances entre individus d'espèces différentes.

[Y.Courtieu]

Mon cher Fifi, tes arguments sont désespérants.
Comme si les renommages et les créations de genre dont nous parlons avec Castor ne se faisaient pas
sur la base d'analyses phylogénétiques !!!
Je sais, tu vas dire que ce n'est pas ce que tu as dit, que André ne parle que de synonymies et que nous, en plus, nous parlons de renommages et de créations de nouveaux genres.
...
En réalité visiblement tu ne veux pas admettre nos incitations à la prudence.
J'avoue ne pas comprendre cette attitude...

[Fifi]

Mon cher Fifi, tes arguments sont désespérants.
Comme si les renommages et les créations de genre dont nous parlons avec Castor ne se faisaient pas
sur la base d'analyses phylogénétiques !!!

M'enfin ? Je ne nie pas le rôle des analyses phylogéniques dans les révisions de nom de genre !

Je sais, tu vas dire que ce n'est pas ce que tu as dit, que André ne parle que de synonymies et que nous, en plus, nous parlons de renommages et de créations de nouveaux genres.

Ben oui...

La phylogénie traite des liens de parenté entre les espèces ou groupes d'espèces et permet de proposer une classification basée sur la notion d'ancêtre commun (classification qui rend mieux compte de l'évolution du vivant).

Je serai curieux de connaître l'avis de Bidaud sur les révisions des genres basées sur des études phylogéniques.

Et je maintiens, le propos de Castor, rejoint pas Ghislaine, sur la propension à publier est un autre problème qui ne concerne pas seulement la mycologie.

[Y.Courtieu]

Comme prévu au précédent envoi, je vois qu'il est totalement inutile de même essayer d'engager un débat avec toi.

Merci pour finir celui-ci de me (nous) aider à comprendre à quel point nous mélangeons tout !
C'est bizarre d'être à ce point des gens obtus : heureusement que tu nous aides à nous en rendre compte

Et ... restons-en là, cela suffit.

[Fifi]

Je suis désolé de revenir sur le sujet, mais cette façon de clôturer en m'accusant d'être incapable de débattre est pour le moins déplaisante.


Alors je reviens au point de départ :
Jean-Michel Bellanger dit :

"J’en pense que c’est une erreur que de vouloir tirer des conclusions taxinomiques sur la base de pourcentages d’identité de séquence, surtout en comparant des séquences deux à deux. Sur un plan conceptuel, il me semble erroné de confondre phylogénie et taxinomie. Un pourcentage de support de branche ou un pourcentage d’identité de séquence sont des infos phylogénétiques. L’interprétation qu’on en fait en taxinomie est comme le nom l’indique une interprétation."


Au cas où tu ne l'aurais pas compris : JE SUIS D'ACCORD AVEC CE QUI EST DIT !

Par contre, ce que moi je ne comprends pas, c'est votre perpétuelle méfiance face au progrès apporté par les outils d'analyse des séquences ADN.
Et comme n'est pas Guillaume qui veut, je préfère citer un de ses messages d'un autre sujet avec cet éternel "débat" :

(...)

Un genre ne doit pas être polyphylétique parce que c'est sa vocation... dis-tu.
Ce n'était pas le cas avant, cela me semble évident. Donc c'est nouveau, cette "vocation". A l'arrivée de la phylogénie, pour résumer,
il a été "plus ou moins décidé" (avec de bonnes raisons, je peux le comprendre) que la vocation du genre était désormais de ne pas être polyphylétique. Je n'aurai rien contre si je n'en voyais les conséquences.

Je ne sais pas, Yves, quelle période tu désignes exactement en écrivant "ce n'était pas le cas avant" et "à l'arrivée de la phylogénie", mais je replacerais le débat historiquement en rappelant que l'idée qu'un genre doit être constitué d'espèces ayant une parenté directe commune est née... en 1859, avec l'ouvrage L'Origine des espèces, de Charles Darwin. Depuis cette date, et comme je pense déjà l'avoir dit, le cahier des charges de la classification a changé : il s'agit de rendre compte des affinités naturelles réelles des espèces, et il n'existe qu'une seule classification susceptible de répondre à ce cahier des charges. Ce n'est donc pas récent, et cette recherche de la meilleure classification possible est bien antérieure à l'arrivée de la phylogénie dite "moléculaire", qui a "simplement" permis de grandes avancées dans la localisation des ressemblances fortuites et trompeuses que sont les convergences et les réversions (souvent groupées sous le nom d'homoplasies).

En résumé, nous avons, depuis Darwin et en supposant que nous adhérons à la Théorie de l'évolution, le choix entre une classification et une nomenclature évolutionnistes, qui rendent compte des progrès de la connaissance de l'évolution des groupes d'espèces (cela ne veut pas dire qu'elle soit définitive, elle est simplement la meilleure possible à un instant "t" de la connaissance), et de nombreuses autres classifications et nomenclatures, qui se valent toutes puisqu'elles ne sont pas falsifiables, que l'on pourrait qualifier de "pragmatiques". Si l'on choisit de ne pas rendre compte de l'évolution, c'est-à-dire de choisir une nomenclature qui ne rend pas compte de la place des espèces au sein d'un arbre évolutif, laquelle choisir ? Et pourquoi choisir justement celle qui est pratique pour nous, puisque c'est celle que nous avons en mémoire ? Il y en a évidemment de beaucoup plus pratiques, sans même parler de toutes celles que l'on peut encore imaginer... Sur quels critères la définir si l'on souhaite réellement communiquer avec le pus grand nombre et faire de la pédagogie ?

Tu écris aussi :

Sur le terrain, je dis quoi aux gens : de regarder la texture de la chair des champignons qu'ils trouvent et la présence ou non de latex ou je leur dis d'envoyer leur champignon au laboratoire ? La réponse me parait claire. Mais comment allons-nous nommer les champignons, si ce n'est plus sur ce type de critère qu'on les nomme ?

Là, c'est une incompréhension fondamentale qui apparaît : jamais, depuis le début de la mycologie, les critères morphologiques de distinction des genres (et des espèces !) n'ont été aussi clairs et pertinents qu'aujourd'hui, et ce depuis l'avènement de la phylogénie moléculaire. (...)

[Y.Courtieu]

Désolé d'avoir été déplaisant, ce n'était pas le but.
Je te signale que tu l'es aussi et que c'est assez agaçant.
Je reprends une seule phrase :

"Par contre, ce que moi je ne comprends pas, c'est votre perpétuelle méfiance face au progrès apporté par les outils d'analyse des séquences ADN.

Cette phrase est hors sujet. Elle nous prête gratuitement des idées qui n'ont aucun rapport avec ce que nous disons.
C'est là que c'est tout aussi déplaisant, figures-toi , Fifi.

En réalité

Je n'ai aucune méfiance face au progrès apporté par les outils d'analyse des séquences ADN.

La meilleure preuve, pour ta gouverne, c'est qu'en tant que président FMBDS j'ai contribué à mon niveau en 2020 à porter un projet sur cette question de séquences ADN en réponse à un appel de l'INPN, à propos de la fonge alpine.

[Fifi]

"Par contre, ce que moi je ne comprends pas, c'est votre perpétuelle méfiance face au progrès apporté par les outils d'analyse des séquences ADN.

Cette phrase est hors sujet. Elle nous prête gratuitement des idées qui n'ont aucun rapport avec ce que nous disons.
C'est là que c'est tout aussi déplaisant, figures-toi , Fifi.

Ah ?... alors c'est donc que je ne comprends rien à votre discours à toi et à Castor.

[Y.Courtieu]

"Par contre, ce que moi je ne comprends pas, c'est votre perpétuelle méfiance face au progrès apporté par les outils d'analyse des séquences ADN.

Cette phrase est hors sujet. Elle nous prête gratuitement des idées qui n'ont aucun rapport avec ce que nous disons.
C'est là que c'est tout aussi déplaisant, figures-toi , Fifi.

Ah ?... alors c'est donc que je ne comprends rien à votre discours à toi et à Castor.

Cela fait un moment que je m'en doute !
Dire que l'on se précipite actuellement sur les changements notamment de noms de genre est pour moi un fait.
Je juge, ainsi que castor, cette précipitation prématurée.
Cela n'a rien à voir avec mon opinion sur les progrès apportés à la science par la phylogénie.
Ni non plus, entre parenthèses, avec le fait que j'aie adopté depuis très longtemps les théories de Darwin sur l'évolution.
Vous n'étiez pas nés quand je lisais déjà des bouquins sur la question et j'étais déjà passionné par tout cela.
Puisque tu cites Guillaume, moi aussi je peux le citer ( intervention de sa part sur le forum FMBDS ):

"D'accord avec Nicolas, les interprétations des arbres sont bien souvent réalisées au chausse-pied.

Quant à "Si la comparaison entre les deux ITS donne un résultat compris 99 et 100%, alors oui on peut conclure que c'est la même espèce", ce n'est même pas certain du tout (cf. ce qu'il se passe chez les hébélomes, entre autres).

Amitiés, Guillaume. "

Quand on lit cela, on peut, je crois, penser que les renommages sont actuellement largement prématurés.
Un signe qu'ils le sont est d'ailleurs, à mon avis en tout cas, leur multiplication, justement.

[Fifi]

"D'accord avec Nicolas, les interprétations des arbres sont bien souvent réalisées au chausse-pied.

Quant à "Si la comparaison entre les deux ITS donne un résultat compris 99 et 100%, alors oui on peut conclure que c'est la même espèce", ce n'est même pas certain du tout (cf. ce qu'il se passe chez les hébélomes, entre autres).

Amitiés, Guillaume. "

Encore une fois, ce propos concerne une comparaison d'espèce et cela rejoint ce que j'ai déjà dit... et encore une fois, notre désaccord réside dans le fait que tu étends cette critique à la révision des genres.

Je prend un exemple : lorsque des analyses phylogénétiques montrent qu'une espèce classée dans les Coprinus a plus de points communs (ou autrement dit, un ancêtre commun) avec des Agaricus que d'autres espèces qui, quant à elles, ont plus de points communs (ou autrement dit, un ancêtre commun) avec les Psathyrella, rien de plus logique de remettre en question (et finalement séparer, et renommer) les espèces classées dans le genre Coprinus.

Il ne s'agit plus de résultat de comparaison compris entre 99 et 100 %, les différences sont plus importantes.

Pour ce qui est de comparer deux espèces proches, il faut aller plus loin qu'une comparaison d'ITS. Guillaume en parlait ici : Pour Castor,
Note ce qu'il disait alors à Castor "tu confonds encore encore deux choses qui n'ont rien à voir : l'identification des espèces par analyse et comparaison génétique, et la reconstruction phylogénétique."
J'ai le sentiment que tu fais la même confusion.


Ensuite, permets moi de revenir sur une chose, pour expliquer mon analogie avec l'espèce humaine, en réponse à ce propos :

En effet, je cite encore André Bidaud :" Les résultats de séquençage de certaines (analyses), établissant des synonymies entre espèces morphologiquement peu ressemblantes, sont parfois troublants, pour ne pas dire difficilement admissibles."
Pour moi ceci est une opinion.
Je ne vois d'ailleurs pas où serait le problème d'exprimer une telle opinion.

Je pense que tu sais qu'une différence génétique infime peut engendrer une grande différence morphologique, et je pense que A. Bidaud le sait aussi. D'où mon illustration de la diversité morphologique de Homo sapiens.

Regarde ne serait-ce que la diversité morphologique de Amanita rubescens ou de Suillellus queletii...

Selon moi, cet argument pour rejeter une synonymie n'est pas recevable.

D'un autre côté, on peut être troublé, voire avoir du mal à admettre, que deux cortinaires quasiment sosies morphologiquement soient deux espèces distinctes...


Un dernier mot... le chamboulement phylogénétique ne concerne pas seulement la mycologie...
Prenons par exemple les poissons : Du rififi chez les poissons (Guillaume Lecointre).

[Y.Courtieu]

rien de plus logique de remettre en question (et finalement séparer, et renommer) les espèces classées dans le genre Coprinus.

Que ce soit logique m'indiffère.
Dans d'autres sciences que les sciences naturelles, la découverte de ceci ou de cela ne se traduit pas par des changements de noms de ce que l'on étudie. On les classe différemment sans éprouver le besoin de les changer de noms. Lorsqu'il y a plusieurs classements, c'est la meilleure solution...
Cette espèce d'impératif que l'on se crée de toutes pièces en sciences naturelles, sans aucune nécessité, est, je le pense, quelque chose que je n'arriverai jamais à comprendre.
Pourquoi ?
Parce que cela crée de la confusion et pas de la clarté. Je n'en vois donc absolument pas l'intérêt.

En outre j'ai eu il y a trois ans une conversation approfondie avec Pierre-Arthur Moreau pour essayer de saisir à quel niveau des arbres génétiques se situait la notion de genre. Il n'y a pas vraiment quelque chose qui soit vraiment bien fixé et stable là-dessus, apparemment et si j'ai bien compris. Par conséquent, j'allais dire que n'importe qui peut proposer n'importe quoi, d'où la multiplication actuelle.
Elle sert à quoi ? Je me le demande... En quoi un tel fatras serait-il une bonne traduction des progrès qui sont faits ?

En quoi serait-il gênant de mettre les anciens noms (correspondant à un classement qui n'a aucune raison d'être purement et simplement à enterrer), là où ils doivent être mis dans le nouveau classement à partir des arbres phylogénétiques que l'on fait ?
Faire cohabiter plusieurs classements est tout à fait possible dans d'autres sciences que les sciences naturelles.
On ne s'y crée pas non plus des "obligations" ... " logiques "... au nom de principes intangibles !
et on y gagne en clarté !

[Jplm]

Taxonomie et phylogénie, un point de vue : ce débat cent fois ressassé est pénible.

Jplm

[Y.Courtieu]

1- Personne ne te demande de le suivre, Jplm
2- Ce qui est pénible, c'est de supporter des changements de noms incessants dont on comprend d'autant moins la raison d'être qu'il y aurait tout à fait moyen de faire autrement.
Après, si personne ne comprend cette évidence, tant pis, je me tairais.
C'est simplement dommage de se compliquer ainsi la vie et de la compliquer à tout le monde.

Bonne nuit et ne fais pas de cauchemars !

[Andgelo]

Bonjour,

Mon point de vue... Comme vous le savez, vous pouvez utiliser le nom que vous voulez ! Vous n'irez pas en prison... Et puis c'est surtout les synonymies erronées qui font le plus de mal.

Les changements de noms....

[Castor74]

Bonjour Andgelo, c'est ce que je fais, j'utilise le nom que je veux, et personne ici ne m'en tient rigueur je pense... Bien qu'ailleurs, sur certains autres forums, certains se gaussent que les vieux dinosaures ne soient pas au goût du jour... Quel jour, d'ailleurs? Celui d'aujourd'hui, ou celui de demain, qui verra d'autres erreurs, d'autres hâtes, d'autres «hardiesses» venir contredire un consensus qui ne le devient soudain plus par la grâce de la biomol... Ou le jour d'après encore, qui verra un nom vieux de quelques mois revenir dans la lumière parce qu'on se sera empressé de se tromper... Ainsi va la mycologie aujourd'hui, et plus ça va, plus je m'en désintéresse. Je crois que finalement, ce qui me plaît le plus, c'est de prendre les champignons en photo...

Dialogue imaginaire entre un botaniste et un mycologue:
Le botaniste:
«Ouah, super, un Ophrys speculum hypochrome! Venez vite voir, tous!» Et tout le monde se précipite pour le photographier...
Le mycologue:
«Houlà, c'est génial, il faut publier ça, vite!» Et le plus rapide va pondre un article de 6 pages pour décrire Ophrys speculum variété alba...
Je caricature?

[Fifi]

Que ce soit logique m'indiffère.

Logique n'est peut-être pas le bon terme... disons alors que cela répond d'une nécessité de cohérence dans la classification.

Dans d'autres sciences que les sciences naturelles, la découverte de ceci ou de cela ne se traduit pas par des changements de noms de ce que l'on étudie. On les classe différemment sans éprouver le besoin de les changer de noms. Lorsqu'il y a plusieurs classements, c'est la meilleure solution...

Pas sûr... et comme ce n'est pas la première fois que tu sors cet argument, je te renvoie encore vers une réponse de Guillaume, tu avais choisi pour exemple l'astronomie :

Enfin, pour en revenir une dernière fois à la nomenclature planétaire, que serait-il arriver si cette nomenclature avait été binominale, comme la nôtre ? Et si Pluton s'était nommé Planetae pluton, par exemple, à l'instar de toutes les autres supposées "planètes" de l'époque, alors que les planètes naines auraient été nommées Nanae ceres et Nanae xena ? Comment se serait nommée Pluton après avoir perdu son statut de planète ?

Cette espèce d'impératif que l'on se crée de toutes pièces en sciences naturelles, sans aucune nécessité, est, je le pense, quelque chose que je n'arriverai jamais à comprendre.
Pourquoi ?
Parce que cela crée de la confusion et pas de la clarté. Je n'en vois donc absolument pas l'intérêt.

Mais bien sûr que c'est nécessaire ! Dis moi quel sens y aurait-il à conserver le nom d'une espèce Boletus trucmuchus si l'on découvre que cette espèce n'est pas un Boletus ?
Voilà bien une façon de créer encore plus de confusion !

Imagine le foutoir si, depuis le début de la mycologie, on avait conservé les basionymes ! Agaricus phalloides Fries (1821) est un Agaricus ??? Agaricus equestris Linnaeus (1753) est aussi un Agaricus ??? Boletus hepaticus Schaeffer (1774) est un Boletus ???

Les changements de noms de genre et la création de nouveaux genres ont toujours existé dans les sciences naturelles, pourquoi devrions arrêter aujourd'hui ? Parce que c'est trop pénible pour toi, Castor et d'autres ? C'est absurde !

En quoi serait-il gênant de mettre les anciens noms (correspondant à un classement qui n'a aucune raison d'être purement et simplement à enterrer), là où ils doivent être mis dans le nouveau classement à partir des arbres phylogénétiques que l'on fait ?

Pour des questions de cohérence !

Faire cohabiter plusieurs classements est tout à fait possible dans d'autres sciences que les sciences naturelles.
On ne s'y crée pas non plus des "obligations" ... " logiques "... au nom de principes intangibles !
et on y gagne en clarté !

As-tu des exemples d'autres sciences qui n'auraient pas ces exigences ?