Taxonomie et phylogénie : un point de vue

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NSchwab

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Message par NSchwab »
11 déc. 2020, 13:29Y.Courtieu a écrit :
Je prends encore un exemple en astronomie. Evidemment il est trop simple, j'en suis conscient...
On classe les étoiles par type spectral et il existe à ce sujet plusieurs classements.
Pour ceux qui connaissent un peu, il y a la classification de Secchi, celle de Harvard.
Quand on étudie une étoile qui a un nom ( ou souvent un numéro ) on ne s'emm... pas à la renommer parce que le classement de Secchi donne tel résultat et celui de Harvard tel autre... Elle a toujours le même nom si elle est dans la classe IV chez l'un et de type M chez l'autre.
Je ne comprends pas ton analogie avec les astres. Il n'y a pas de raison de les comparer outre le fait qu'ils utilisent une nomenclature... Les astres existent de manière "isolée", ils ne dérivent pas d'une évolution. Ce ne sont rien que des listes avec des catégories, il n'y a pas de notion hiérarchique (ou de manière restreinte), contrairement à la mycologie.
11 déc. 2020, 13:29Y.Courtieu a écrit :
En sciences naturelles la classification influe sur le nom !!! C'est inextricable car cela engendre l'impossibilité d'avoir plusieurs classements selon l'angle d'étude, chose qui serait bien plus intelligente, à mes yeux en tout cas ...
Je ne vois pas de manière de fixer ce problème. Cela a toujours été le cas. Y compris avec les classifications basées sur la morphologie. On pourrait classer les champignons par couleur ou par taille, par exemple. Mais le problème, c'est que l'on met à la porte tout un tas d'autres critères qui auraient été intéressants. C'est la même chose si on ne se focalise que sur la morphologie comme tu le proposes.
11 déc. 2020, 13:29Y.Courtieu a écrit :
Après tout cela ferait quoi que Coprinus comatus et Coprinus atramentarius soient dans le même genre et dans des familles différentes ? L'angle d'attaque "genre" serait l'aspect du champignon et l'angle d'attaque "famille" la phylogénie.
Pourquoi changerait-on de classification arrivé à un rang donné ? Je ne vois pas comment ça peut être plus clair. Prenons deux cas réels contraires : le genre Cystobasidium. Sachant que certaines espèces sont pluricellulaires tremelloïdes et d'autres unicellulaires (levures), cela suffirait à ce que l'on donne deux genres différents ? Que devrait-on faire d'Hygrocybe aphylla étant donné qu'il n'a pas de lames ? Le mettre dans le genre Craterellus qui est le plus "ressemblant" ?
Pourquoi ne pas complémenter le nom binomial avec un autre nom basé sur la ressemblance ?
11 déc. 2020, 13:29Y.Courtieu a écrit :
Si on veut absolument que toutes les espèce d'un genre soient dans la même famille, effectivement il n'est pas possible de s'en sortir. Mais n'est-ce pas là une exigence qui ne correspond pas à une réalité ?
La réalité c'est que ces deux espèces ont un aspect commun et qu'elles n'ont pas d'ancêtre commun proche.
Ma proposition colle très bien à cette réalité...
Si je fais une analogie avec les êtres humains, cela voudrait donc dire que le sosie officiel de Johnny Halliday serait donc de la famille "Hallyday" (Smet, en réalité) car il lui ressemble. C'est une méthode qui est possible, mais elle ne nous apprends rien sur la compréhension de l'évolution. Mais encore aujourd'hui, c'est ce qui est recherché. Peut-être que ça irait très bien pour les mycologues amateurs (et encore, personnellement, j'en doute).
Mycologue intégriste radicalisé.

Fifi

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Message par Fifi »
11 déc. 2020, 14:41Y.Courtieu a écrit :
Reste à savoir si perdre la cohérence ( artificielle ) d'avoir toujours un seul parent n'est pas le talon d'Achille de tout ce système.

Tu dis on ne classe pas pareil Ichtyosaure, requin et dauphin...
Dans le classement phylogénétique !
Rien n'empêcherait d'en avoir un autre, "attaquant" non pas la parenté, mais l'appartenance au même milieu.
Là on les classerait pareil.

Où est le problème ?
Le problème est que tu perds un tas d'informations. Un tel classement ne te donne qu'une information : le milieu.
De plus, avec un système aussi simpliste, tu te retrouves rapidement avec des espèces "classées" dans plusieurs cases !

Félicien et Yves, sur les différents types de classifications que vous évoquez, lisez ce qu'en dit Guillaume Lecointre... ce sont des mélanges entre classification et clé de détermination qui ne sont pas représentatifs de lien de parenté ni de l'évolution.
L'amanite phalloïde a mauvaise réputation.
C'est pourtant l'un des rares champignons qui soit capable d'abréger les souffrances des myopathes.
Pierre Desproges

Félicien

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Message par Félicien »
11 déc. 2020, 16:03Fifi a écrit :
Félicien et Yves, sur les différents types de classifications que vous évoquez, lisez ce qu'en dit Guillaume Lecointre... ce sont des mélanges entre classification et clé de détermination qui ne sont pas représentatifs de lien de parenté ni de l'évolution.
Je ne soutiens pas du tout la pertinence d'utiliser une autre classification que la classification cladistique. Yves dis que hors classification cladistique, on peut classer différemment et je suis d'accord. On peut classer par odeur, goût, morphologie, couleur ... c'est tout ce que je dis :clindoeil:
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Y.Courtieu

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Message par Y.Courtieu »
11 déc. 2020, 14:48NSchwab a écrit :
Je ne comprends pas ton analogie avec les astres. Il n'y a pas de raison de les comparer outre le fait qu'ils utilisent une nomenclature... Les astres existent de manière "isolée", ils ne dérivent pas d'une évolution. Ce ne sont rien que des listes avec des catégories, il n'y a pas de notion hiérarchique (ou de manière restreinte), contrairement à la mycologie.
Il y a cette notion de hiérarchie, en effet. Je demande qu'au lieu de l'arrêter à l'espèce, on l'arrête au genre.
Comment ? Cela on peut en discuter. Par exemple, mais on peut envisager autre chose, en se basant sur les genres existant à une date donnée auxquels on ne toucherait plus.
11 déc. 2020, 14:48NSchwab a écrit :
Je ne vois pas de manière de fixer ce problème.
En arrêtant la hiérarchie au genre.
11 déc. 2020, 14:48NSchwab a écrit :
Pourquoi changerait-on de classification arrivé à un rang donné ? Je ne vois pas comment ça peut être plus clair. Prenons deux cas réels contraires : le genre Cystobasidium. Sachant que certaines espèces sont pluricellulaires tremelloïdes et d'autres unicellulaires (levures), cela suffirait à ce que l'on donne deux genres différents ? Que devrait-on faire d'Hygrocybe aphylla étant donné qu'il n'a pas de lames ? Le mettre dans le genre Craterellus qui est le plus "ressemblant" ?
Pourquoi ne pas complémenter le nom binomial avec un autre nom basé sur la ressemblance ?
Si on s'arrête au genre, toutes ces questions n'ont pas lieu d'être. Le genre Cystobasidium resterait ce qu'il est, ainsi que le genre Hygrocybe.
11 déc. 2020, 14:48NSchwab a écrit :
Si je fais une analogie avec les êtres humains, cela voudrait donc dire que le sosie officiel de Johnny Halliday serait donc de la famille "Hallyday" (Smet, en réalité) car il lui ressemble. C'est une méthode qui est possible, mais elle ne nous apprends rien sur la compréhension de l'évolution. Mais encore aujourd'hui, c'est ce qui est recherché. Peut-être que ça irait très bien pour les mycologues amateurs (et encore, personnellement, j'en doute).
Le nom ne devrait pas à mon sens avoir à apprendre quelque chose sur la compréhension de l'évolution. Ce ne devrait pas être son rôle.
Yves
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NSchwab

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Message par NSchwab »
11 déc. 2020, 17:30Y.Courtieu a écrit :
Le nom ne devrait pas à mon sens avoir à apprendre quelque chose sur la compréhension de l'évolution. Ce ne devrait pas être son rôle.
Ce n'est pas strictement son rôle, effectivement, bien qu'il le remplisse. Mais c'est un vecteur de cette information. Sinon, comment dire que Coprinus comatus est plus proche d'Agaricus campestris que de Coprinopsis atramentaria ? On ne peut pas donner un arbre phylogénétique à chaque fois que l'on parle d'un champignon...
11 déc. 2020, 17:30Y.Courtieu a écrit :
Si on s'arrête au genre, toutes ces questions n'ont pas lieu d'être. Le genre Cystobasidium resterait ce qu'il est, ainsi que le genre Hygrocybe.
Pourquoi cette limite arbitraire ? Et en quoi cela arrangerait quoique ce soit ? Cela ajoute juste encore plus de confusion. Sachant que de très nombreuses études déplacent des champignons de famille à une autre, cela ne changerait pas grand chose. Et on crée de nouvelles familles chaque années. Imaginons avec l'ex-vision du genre Marasmius :
Les Rhizomarasmius et les Marasmius du clade /epiphyllus sont des Physalacriaceae.
Les Mycetinis et les Marasmiellus sont des Omphalotaceae.
Les Marasmius restent des Marasmiaceae.
Que ferait-on dans ce cas, alors ?
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Andgelo

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Message par Andgelo »
Bonsoir,

Le sujet est intéressant, merci, même si je suis totalement de l'avis de Fifi.

Yves, heureusement qu'il y a 150 ans, tout le monde ne pensait pas comme toi (à prendre avec humour ^^). Deux genres, Agaricus et Peziza !

Idem quand les premières observations microscopiques ont été effectuées, j'imagine que ceux qui ne faisaient pas de microscope ont du râler !

Exemple avec Coprinellus micaceus : c'est pas choquant de passer de Coprinus à Coprinellus quand on est déjà passé d'Agaricus à Coprinus.
On peut donner de nombreux autres exemples.
La différence, c'est qu'on n'a pas connu le premier changement.

Même s'ils sont incessants, et que je ne peux pas toujours suivre, je trouve parfaitement légitime que les noms changent.

A l'heure actuelle, il y a bien pire comme problème, le réchauffement climatique, la gestion des forêt qui est catastrophique, les associations mycologiques pour la plupart vieillissantes (Yves, je te vois venir, c'est pas à cause des changements de noms !).

Je pense qu'il faut se rendre compte de la chance qu'on a. Imaginez (certains ont connus) la mycologie il y a 50 ans, il y avait l'élite, sinon peu de personnes avaient accès à la connaissance, les ''pros'' n'étaient pas toujours abordables, il n'y avait pas de forums, pas d'articles sur internet... Maintenant, quiconque s'intéressant aux champignons est accueilli à bras ouverts et peut trouver une mine d'informations et ainsi progresser vite. Dommage qu'il y ai si peu de vocations. Un jour peut-être.

Jplm

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Message par Jplm »
Andgelo, je t'aime.

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Y.Courtieu

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Message par Y.Courtieu »
Bon, je crois que nous avons fait un peu le tour de la question...
Je ne dois pas être de la race des biologistes, au fond...
Je ne trouve pas logique ce qu'ils font.
Un mathématicien doit avoir du mal à saisir le fil qui conduit leurs raisonnements et leurs démarches.

Premièrement je trouve tout cela inutilement compliqué et deuxièmement je constate les dégâts causés par toutes ces complications, je les rappelle :
- Mises à jours des bases de données qui deviennent presque ingérables et en tout cas monstrueusement chronophages.
- Listes interminables de synonymies faisant perdre un temps considérable à la moindre recherche.
- Caractère arbitraire des choix qui sont faits pour les classements, conduisant à des changements incessants dans ces classements , ce qui fait qu'à la fin on n'y voit plus rien du tout dans tout ce fouillis...

Beaux résultats pour ce qui se voudrait un classement !

Je ne comprends pas... Mais ce n'est pas grave, ma passion pour ces champignons ne s'en trouvera pas atteinte !
-
Yves
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Félicien

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Message par Félicien »
11 déc. 2020, 18:58Y.Courtieu a écrit :
- Caractère arbitraire des choix qui sont faits pour les classements, conduisant à des changements incessants dans ces classements , ce qui fait qu'à la fin on n'y voit plus rien du tout dans tout ce fouillis...
:surpris: On voit tout un exemple avec les coprins, un arbre phylogénétique, on en discute et c'est ta conclusion ???

OK, mais débattre est alors inutile :triste:
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Y.Courtieu

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Message par Y.Courtieu »
11 déc. 2020, 19:38felicien a écrit :
11 déc. 2020, 18:58Y.Courtieu a écrit :
- Caractère arbitraire des choix qui sont faits pour les classements, conduisant à des changements incessants dans ces classements , ce qui fait qu'à la fin on n'y voit plus rien du tout dans tout ce fouillis...
:surpris: On voit tout un exemple avec les coprins, un arbre phylogénétique, on en discute et c'est ta conclusion ???

OK, mais débattre est alors inutile :triste:
Je comprends ta réaction, tu as donné un exemple intéressant de ce qui est ton point de vue et cela je le respecte.
Comprends aussi la mienne sans doute excessive, oui :clindoeil: probablement surtout sur ce dernier point, je l'admets.
Ce que je viens d'écrire traduit de mon côté un sentiment de lassitude.
Je m'efforce de faire comprendre les inconvénients qui me semblent majeurs du système et on ne fait que me répondre que tout cela est légitime : alors , oui, effectivement, à la fin les bras m'en tombent et je me dis : cela sert à quoi de débattre ? Puisqu'apparemment rien de ce que je dis n'a l'air fondé ?
Merci en tout cas d'avoir apporté du positif dans ce débat, félicien !
Yves
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NSchwab

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Message par NSchwab »
11 déc. 2020, 20:00Y.Courtieu a écrit :
11 déc. 2020, 19:38felicien a écrit :


:surpris: On voit tout un exemple avec les coprins, un arbre phylogénétique, on en discute et c'est ta conclusion ???

OK, mais débattre est alors inutile :triste:
Je comprends ta réaction, tu as donné un exemple intéressant de ce qui est ton point de vue et cela je le respecte.
Comprends aussi la mienne sans doute excessive, oui :clindoeil: probablement surtout sur ce dernier point, je l'admets.
Ce que je viens d'écrire traduit de mon côté un sentiment de lassitude.
Je m'efforce de faire comprendre les inconvénients qui me semblent majeurs du système et on ne fait que me répondre que tout cela est légitime : alors , oui, effectivement, à la fin les bras m'en tombent et je me dis : cela sert à quoi de débattre ? Puisqu'apparemment rien de ce que je dis n'a l'air fondé ?
Merci en tout cas d'avoir apporté du positif dans ce débat, félicien !
On parle désormais plus de nomenclature que de taxinomie...

D'accord, il y a des points négatifs avec le système actuel. Jusqu'à présent, je ne connais aucun système nomenclatural qui est parfait. Bien sûr c'est illusoire. Pour l'instant, c'est le plus performant que l'on connaisse.
Ce que je demande à une nouvelle solution, c'est d'être au moins autant performante que la précédente. Alors, c'est bien pour ça que je te pose ces questions. Si on adoptait ton système, est-ce que ce serait mieux ? Est-ce que tous les problèmes que tu cites seraient résolus ? Il y a forcément également des points négatifs à celui que tu proposes, lesquels sont-ils ? Quelles règles règneront sur le système ? Comment appliquerait-on les règles proposées ?

Je ne vois dans la tienne pratiquement que du négatif. Je ne suis d'autant plus même pas sûr que cela résolve les problèmes originaux. Et cela ne peut s'appliquer qu'aux champignons déterminables par la morphologie seule, on peut dire adieu à toute la diversité des espèces cryptiques, semi-cryptiques et les isolats. Tu oublies également que nous sommes sous le même régime que les botanistes, un changement dans les règles nomenclaturales impacterait leur côté. A moins que l'on ne recommence de zéro...

Je ne pense pas que les règles nomenclaturales, ainsi que la façon de faire de la taxinomie vont changer de si tôt. Cependant, une classification alternative pourrait être créée, comme les classifications APG en botanique. Personnellement, je n'en voit pas l'intérêt et je pense qu'au point où l'on en est, cela ajouterait juste de la confusion, mais c'est personnel. Si tu aimerais qu'un tel système existe, il n'y a pas beaucoup d'autres moyens que de le faire soit-même.
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Message par Félicien »
OK, je trouvais excessif de tout balayer d'un revers de la main.

De mon côté, je sais que j'ai tendance à être enthousiaste par ce que je trouve être un progrès et une avancée vers (à mon avis) plus de "vérité". Je ne suis pas non plus naïf et comprends aussi certaines limites du système actuel.

Mais je vais clore mon intervention sur ce sujet 😉 (sans aucune rancune pas de soucis)
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Y.Courtieu

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Message par Y.Courtieu »
Pas de souci de mon côté non plus.
L'enthousiasme vers plus de "vérité", comme tu dis, je le partage, sinon je n'aurais pas épaulé ( sur le plan administratif ) Jean-Michel Bellanger, André Bidaud, Pierre-Arthur Moreau et François Armada sur le projet de séquençage que la FMBDS a porté cette année sur la bagatelle d'environ 270 espèces de la fonge alpine.

Je ne comprends simplement pas la liaison nom - classement et je regrette beaucoup qu'il ne se dégage pas de solution sur ce point. Merci de tes explications sur les coprins et le problème posé qu'il y avait derrière, cela m'a éclairé sur la véritable difficulté de ce problème. Cela ne m'a en revanche pas convaincu qu'il soit intelligent de lier le nom d'un champignon et son ou ses classements. De cela on aura beaucoup de mal à me convaincre : ce n'est pas logique... à mes yeux :grandsourire:

Je propose aussi de clore ce débat. Merci quand même à tous de votre participation !
Yves
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Fifi

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Message par Fifi »
De retour tardif du boulot, je me permets un dernier message, sans vouloir relancer le "débat"...
Merci Félicien, Nicolas et Andgelo pour vos interventions, je commençais à désespérer de ne pas avoir de soutien...

Malgré tous nos arguments, Yves campe sur sa position.
11 déc. 2020, 18:58Y.Courtieu a écrit :
Premièrement je trouve tout cela inutilement compliqué et deuxièmement je constate les dégâts causés par toutes ces complications, je les rappelle :
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- Listes interminables de synonymies faisant perdre un temps considérable à la moindre recherche.
- Caractère arbitraire des choix qui sont faits pour les classements, conduisant à des changements incessants dans ces classements , ce qui fait qu'à la fin on n'y voit plus rien du tout dans tout ce fouillis...
Je rappelle l'extrait de Guilaume Lecointre : la classification n’a pas pour vocation d’être pratique et plus on progressera dans la connaissance du vivant, plus ce sera complexe.
Le monde est ce qu’il est ; la science doit en rendre compte rationnellement et ne peut dans son exercice subir les contraintes de l’utilisation des connaissances. En revanche, dans un but pédagogique, on peut toujours simplifier une classification scientifique.
L'amanite phalloïde a mauvaise réputation.
C'est pourtant l'un des rares champignons qui soit capable d'abréger les souffrances des myopathes.
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Message par Y.Courtieu »
Sans relancer le débat, une simple remarque de ma part.
Je ne sais pas qui campe sur ses positions !!!
Je n'ai pas de position particulière autre que celle de constater une certaine dose d'absurdité au système nomenclatural utilisé en sciences naturelles. Devant l'absurdité en question, je cherche et je propose des solutions. C'est anormal ?
Je ne dis pas que je l'ai trouvée. Je dis simplement que les arbres phylogénétiques qui se terminent par les anciens noms à droite sont très clairs et qu'il n'y pas lieu de vouloir à tout prix chambouler la nomenclature au nom d'une soi-disant cohérence. Je ne vois pas l'intérêt d'obscurcir une manière de faire qui est claire.
Ce sont les pratiquants de cette science à tous les niveaux qui selon moi campent sur leurs positions et refusent quelque part de voir les problèmes que pose cette soi-disant cohérence.
Or, à chaque fois que l'on propose une solution éventuelle, elle est repoussée, au prétexte que ceci ou au prétexte que cela...
Qui campe sur ses positions ?
Je suis ouvert à toute proposition de solution, à toute recherche en ce sens, de mon côté.
Vous êtes,vous, fermé à toute suggestion, parce que pour vous, le système employé est le meilleur et parce que ce qu'en disent les spécialistes est sacré, en quelque sorte. Ceux-ci ont raison, presque par définition. C'est leur manquer de respect que de dire qu'il est possible de faire autrement qu'ils ne le font...
J'ajoute que si le classement n'a pas à être pratique ( la phylogénie n'a pas à être pratique, elle est ce qu'elle est) j'en suis d'accord., il me semble que la nomenclature, elle, devrait l'être. Les scientifiques en sont d'ailleurs d'accord puisqu'ils ont rejeté la nomenclature dite vernaculaire précisément parce qu'elle n'était pas pratique. Je pense moi qu'on en est arrivé à un point où la nomenclature dite scientifique est pire que l'ancienne nomenclature dite vernaculaire.

La liberté de penser est refusée, voire caricaturée...

Il est trop facile et sans intérêt aucun de conclure que je suis un simple obstiné.
Yves
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