[Fifi]

Oui, merci Félicien d'avoir trouvé les mots justes, car c'est bien de cela dont il s'agit : une opposition entre classification cladistique et classification classique.

En réponse à tout ce que dit Yves, voici un texte, très long, mais surtout très instructif et intéressant :

La classification du vivant, mode d'emploi par Guillaume Lecointre, Professeur au Muséum National d'Histoire Naturelle de Paris, Département Systématique et Evolution. Une pointure dans le domaine, avec qui j'ai eu la chance d'échanger à l'occasion d'une (très) longue discussion avec des créationnistes de tout poil...

Extrait :

la classification n’a pas pour vocation d’être pratique. Elle nous parle du monde qui existe, selon un « cahier des charges » qui a été fixé, et qui édicte la nature des concepts qui sont créés. C’est tout le contraire de la clé de détermination, qui, elle, a pour vocation d’être pratique et ne dit rien sur le monde. Il existe des naturalistes qui préfèrent les « anciennes classifications » parce qu’ils les trouvent « pratiques ». En fait, il ne s’agit pas de véritables classifications, mais d’un double mélange (Fig. 4), d’une part de classification et de clé de détermination, d’autre part d’un mélange de multiples cahiers des charges, linnéen typologistes (qui relève de concepts d’un autre temps), écologico-adaptatifs (qui relève de concepts différents) et phylogénétiques (qui relèvent de concepts modernes que les classificateurs ont décidé de créer). On reproche parfois aux scientifiques de compliquer la classification, de faire des classifications « pas pratiques». On exige parfois qu’une classification donnée soit pratique parce qu’on n’a pas compris que c’est elle qui créé les concepts. On n’entend personne dire que le nombre d’objets astronomiques ne rend pas « pratique » la compréhension de l’univers, ni qu’il n’est pas « pratique » d’avoir plus de 120 éléments dans la table de Mendeleïev. Le monde est ce qu’il est ; la science doit en rendre compte rationnellement et ne peut dans son exercice subir les contraintes de l’utilisation des connaissances. En revanche, dans un but pédagogique, on peut toujours simplifier une classification scientifique.

Cela n'aurait pas été plus simple ?

Tu as raison... alors, allons au plus simple : supprimons tous les genres, les familles, les ordres... et nommons tous nos champignons Fungi species.

Là, je raille...

Parenthèse pour @castor74 : la mycologie n'est pas la seule concernée par les changement de noms :
Pourquoi des plantes changent de noms

[Félicien]

En fait, j'ai dit des bêtises, Coprinus comatus n'est pas dans les Coprinaceae mais dans les Agaricaceae (pour te dire comme je suis au clair ) et les Coprinaceae n'existent plus et sont maintenant liés aux Agaricaceae...

Je vais regarder si je trouve un arbre phylogénétique qui contient les 2 familles et on pourrait regarder ça ensemble pour comprendre la logique s'il y en a...

[Ghislaine]

Tu vas être content Castor de lire pourquoi les plantes changent de noms

[Castor74]

Parenthèse pour @castor74 : la mycologie n'est pas la seule concernée par les changement de noms :
Pourquoi des plantes changent de noms

Le pourquoi, je le connais un petit peu, bien que tous ces trucs me rebutent. Je déplore juste cet empressement (trop souvent) à publier, que ce soit pour les protozoaires, les algues ou les ours en peluche. Le nombre de fois où je me suis entendu dire «publie-le ce truc, n'attends pas!». Ben NON. Ma russule, j'ai attendu plusieurs années et plusieurs récoltes de suite pour le faire. Et encore, comme personne ne l'a jamais retrouvée, je me demande si je n'aurais pas encore dû attendre un peu. Ça n'a pas non plus bousculé le monde des russulologues...

[Castor74]

Tu vas être content Castor de lire pourquoi les plantes changent de noms

Je lis toujours ce genre de publication avec intérêt, mais je pense ensuite comme je veux.

[Félicien]

J'ai trouvé un arbre phylogénétique des Agaricales (il y a peut-être mieux, je n'en sais rien). J'ai pris la partie qui nous intéressait:

Source: https://www.researchgate.net/publicatio ... c_overview

[Y.Courtieu]

Fifi, j'ai le sens de l'humour et ta raillerie, je la prends comme telle, une raillerie.
Mais bof... un peu caricaturale et ce, inutilement ....
Je pourrais railler aussi sur le phénomène inverse, celui qui consiste à aller jusqu'à faire coïncider le genre avec l'espèce...
Quand on y sera arrivé , il n'y aura plus lieu de parler de genre !!!

Il ne s'agit pas de nier la réalité telle qu'elle est. Mais la réalité n'est pas non plus le classement.
C'est le classement qui cherche à décrire la réalité.
Si l'on s'aperçoit que les coprins et les psathyrelles ont des points communs, je ne vois pas ce qu'il y a d'idiot à les réunir dans la même famille.

[Félicien]

A partir de cet arbre, si on voulait faire un groupe intégrant Coprinopsis et Coprinus, il inclurait aussi les Cortinariaceae, les Agaricaceae, les Hydnangiaceae, les Inocybaceae, les Strophariaceae, ...

Donc ce regroupement ne serait pas possible ou alors avec une distance bien trop importante pour une famille. Cela ne veut toujours pas dire que la solution retenue est parfaite...

[Ghislaine]

Tu vas être content Castor de lire pourquoi les plantes changent de noms

Je lis toujours ce genre de publication avec intérêt, mais je pense ensuite comme je veux.

Tout cela m'échappe, ce que je retiens du texte de Guillaume Lecointre la classification et la détermination sont 2 choses différentes.

[Y.Courtieu]

J'étais en train de réfléchir comme vient de le faire félicien sur ce problème précis.
Je conviens que dans ce cas, la solution la plus simple ne correspond pas à quelque chose de sensé.

J'aimerai être convaincu que toutes les créations de genre soient réellement motivées par le même type "d'os"

[Félicien]

Je pense que certains genres peuvent être abusifs. Là encore, ce serait intéressant de voir les arbres phylogénétiques pour chaque cas.

Le problème est où on met la limite (à quelle distance ?) pour définir si on a un nouveau genre ou pas. Là, vraiment je suis dépassé et je ne saurais te répondre. Et comme pour chaque limite, c'est sujet à interprétation.

Mais sur le fond, je suis convaincu que ça va dans le bon sens, même s'il y a (je ne sais pas, mais sûrement) des imperfections.

[Y.Courtieu]

Mais sur le fond, je suis convaincu que ça va dans le bon sens, même s'il y a (je ne sais pas, mais sûrement) des imperfections.

C'est bien de le dire comme cela.
Pour ma part, pour le moment je ne suis pas convaincu. L'impression que j'ai c'est que les sciences naturelles se sont forgées à elles-mêmes un système qui ne pourra pas atteindre à la cohérence...

Je prends encore un exemple en astronomie. Evidemment il est trop simple, j'en suis conscient...
On classe les étoiles par type spectral et il existe à ce sujet plusieurs classements.
Pour ceux qui connaissent un peu, il y a la classification de Secchi, celle de Harvard.
Quand on étudie une étoile qui a un nom ( ou souvent un numéro ) on ne s'emm... pas à la renommer parce que le classement de Secchi donne tel résultat et celui de Harvard tel autre... Elle a toujours le même nom si elle est dans la classe IV chez l'un et de type M chez l'autre.

En sciences naturelles la classification influe sur le nom !!! C'est inextricable car cela engendre l'impossibilité d'avoir plusieurs classements selon l'angle d'étude, chose qui serait bien plus intelligente, à mes yeux en tout cas ...

Après tout cela ferait quoi que Coprinus comatus et Coprinus atramentarius soient dans le même genre et dans des familles différentes ? L'angle d'attaque "genre" serait l'aspect du champignon et l'angle d'attaque "famille" la phylogénie.

Si on veut absolument que toutes les espèce d'un genre soient dans la même famille, effectivement il n'est pas possible de s'en sortir. Mais n'est-ce pas là une exigence qui ne correspond pas à une réalité ?
La réalité c'est que ces deux espèces ont un aspect commun et qu'elles n'ont pas d'ancêtre commun proche.
Ma proposition colle très bien à cette réalité...

[Félicien]

Je prends encore un exemple en astronomie. Evidemment il est trop simple, j'en suis conscient...
On classe les étoiles par type spectral et il existe à ce sujet plusieurs classements.
Pour ceux qui connaissent un peu, il y a la classification de Secchi, celle de Harvard.
Quand on étudie une étoile qui a un nom ( ou souvent un numéro ) on ne s'emm... pas à la renommer parce que le classement de Secchi donne tel résultat et celui de Harvard tel autre... Elle a toujours le même nom si elle est dans la classe IV chez l'un et de type M chez l'autre.

En sciences naturelles la classification influe sur le nom !!! C'est inextricable car cela engendre l'impossibilité d'avoir plusieurs classements selon l'angle d'étude, chose qui serait bien plus intelligente, à mes yeux en tout cas ...

On ne renomme que le genre, pas l'espèce. Si on avait un système non binomial, avec des numéros, ce serait aussi applicable à mon avis. Mais le fait d'avoir le genre rattaché à l'espèce implique ces changements de noms.

Et on n'a pas en biologie une classification reconnue par tous, il y en a plusieurs et pas un consensus. Ce n'est pas incompatible il me semble.

Après tout cela ferait quoi que Coprinus comatus et Coprinus atramentarius soient dans le même genre et dans des familles différentes ? L'angle d'attaque "genre" serait l'aspect du champignon et l'angle d'attaque "famille" la phylogénie.

Si on veut absolument que toutes les espèce d'un genre soient dans la même famille, effectivement il n'est pas possible de s'en sortir. Mais n'est-ce pas là une exigence qui ne correspond pas à une réalité ?

Là dessus, je ne suis pas du tout convaincu. On perdrait la cohérence d'avoir toujours un seul parent. Je crois qu'il faut voir la théorie des graphes (c'est sûrement plus dans tes compétences que les miennes ). Dans les classifications, on utilise des graphes sous forme d'arbre je crois (?). Si on mettait un genre dans différentes familles, notre graphe serait de type "réseau" entre le genre et la famille puis de type "arbre" pour le reste. Je ne trouve pas cohérent et ça compliquerait beaucoup à mon avis. Là, je te laisse corriger ce que j'ai écrit, je ne suis pas calé dans le domaine.

Edit: et en plus je pense que ça poserait un problème "évolutif" d'appartenir à plusieurs familles et donc par conséquent à plusieurs ancêtre différents. J'imagine que ce serait possible chez les bactéries qui sont capables de faire de transferts horizontaux (s'échanger des plasmides).

La réalité c'est que ces deux espèces ont un aspect commun et qu'elles n'ont pas d'ancêtre commun proche.
Ma proposition colle très bien à cette réalité...

Oui, en biologie évolutive, on distingue justement les homologie (des similarités liées à l'héritage) des analogies (des similarités non liées à l'héritage). C'est peut-être des analogies ici. De la même manière (très grossière je te l'accorde) on ne classe pas ensemble des ichtyosaures, des dauphins et des requins. Ils ont évolué dans un même milieu qui a sélectionné une anatomie analogue mais pas homologue.

[Y.Courtieu]

Reste à savoir si perdre la cohérence ( artificielle ) d'avoir toujours un seul parent n'est pas le talon d'Achille de tout ce système.

Tu dis on ne classe pas pareil Ichtyosaure, requin et dauphin...
Dans le classement phylogénétique !
Rien n'empêcherait d'en avoir un autre, "attaquant" non pas la parenté, mais l'appartenance au même milieu.
Là on les classerait pareil.

Où est le problème ?

[Félicien]

Alors là, je suis totalement d'accord avec toi.

On peut faire des classification en fonction de l'écologie, la morphologie ou ce qu'on veut et je n'y vois rien à redire. Différents angles d'attaque sont possibles.

De la même manière, la plupart des guides mycologiques "trient" les champignons selon +/- la classification. Mais certains le font en fonction de l'écologie. Pour les plantes, selon la couleur de la fleur, ...