Taxonomie et phylogénie : un point de vue

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NSchwab

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Message par NSchwab »
13 déc. 2020, 07:17Y.Courtieu a écrit :
Sans relancer le débat, une simple remarque de ma part.
Je ne sais pas qui campe sur ses positions !!!
Je n'ai pas de position particulière autre que celle de constater une certaine dose d'absurdité au système nomenclatural utilisé en sciences naturelles. Devant l'absurdité en question, je cherche et je propose des solutions. C'est anormal ?
Je ne dis pas que je l'ai trouvée. Je dis simplement que les arbres phylogénétiques qui se terminent par les anciens noms à droite sont très clairs et qu'il n'y pas lieu de vouloir à tout prix chambouler la nomenclature au nom d'une soi-disant cohérence. Je ne vois pas l'intérêt d'obscurcir une manière de faire qui est claire.
Ce sont les pratiquants de cette science à tous les niveaux qui selon moi campent sur leurs positions et refusent quelque part de voir les problèmes que pose cette soi-disant cohérence.
Or, à chaque fois que l'on propose une solution éventuelle, elle est repoussée, au prétexte que ceci ou au prétexte que cela...
Qui campe sur ses positions ?
Je suis ouvert à toute proposition de solution, à toute recherche en ce sens, de mon côté.
Vous êtes,vous, fermé à toute suggestion, parce que pour vous, le système employé est le meilleur et parce que ce qu'en disent les spécialistes est sacré, en quelque sorte. Ceux-ci ont raison, presque par définition. C'est leur manquer de respect que de dire qu'il est possible de faire autrement qu'ils ne le font...
J'ajoute que si le classement n'a pas à être pratique ( la phylogénie n'a pas à être pratique, elle est ce qu'elle est) j'en suis d'accord., il me semble que la nomenclature, elle, devrait l'être. Les scientifiques en sont d'ailleurs d'accord puisqu'ils ont rejeté la nomenclature dite vernaculaire précisément parce qu'elle n'était pas pratique. Je pense moi qu'on en est arrivé à un point où la nomenclature dite scientifique est pire que l'ancienne nomenclature dite vernaculaire.

La liberté de penser est refusée, voire caricaturée...

Il est trop facile et sans intérêt aucun de conclure que je suis un simple obstiné.
Personnellement, je suis aussi ouvert à toutes les propositions que l'on me fait, dès lors qu'elles sont meilleures que celles déjà en place. Je ne suis pas attaché au système actuel, bien que ce soit celui que j'utilise. Pour savoir si c'est le cas de ta proposition, j'ai posé plusieurs questions. Je ne vois pas en quoi c'est être fermé d'esprit que de questionner ta proposition.

J'avais précédemment proposé d'utiliser les noms français pour créer un tel système (comme cela est fait en allemand, par exemple et de plus en plus avec l'anglais). Les québécois ont déjà francisé une grande partie des noms binomiaux et ne nous ont pas attendu pour ça. A mon avis, créer un système alternatif avec des noms latins qui existent dans les deux systèmes est la porte ouverte aux confusions. Je ne vois pas le problème d'utiliser des noms en français à cet effet, mis à part que cela nécessiterait un réapprentissage et la création d'un nom français pour chaque espèce. Notons que je parle pas de nom vernaculaire, mais de nom français. Ma définition est dans ce cas un nom qui est simili-binomial. Il faut qu'une partie du nom désigne "le genre" et l'autre "l'épithète". Pour être clair, voici quelques exemples :
bolet à pied rouge (acceptable)
girolle améthyste (acceptable)
bidaou (inacceptable)
petit gris (inacceptable)
Cela existe de manière implicite en botanique, avec les espèces qui ne change pas de nom français, mais c'est le cas pour le nom latin. Par exemple, il existe Othocallis sibirica qui reste en français le scille de Sibérie.

Tu avais rejeté à l'époque ma proposition (cela a peut-être changé) :
27 août 2019, 22:11Y.Courtieu a écrit :
NSchwab a écrit :
De plus, notons que cela n'empêche pas tout les changements de noms, mais gèle certains changements taxinomiques majeurs. Mais pourtant une alternative qui est depuis toujours est présente juste devant nos yeux depuis la nuit des temps. D'ailleurs, je l'ai déjà présentée dans un autre sujet et Pat-ouillard l'a évoqué avec la dorade. Il s'agit bien sûr des noms vernaculaires qui présentent de nombreux avantages face à leurs homologues scientifiques. Tout d'abord, ils sont moins sujets à changements et ceux-ci dépendent directement de leur utilisation par le public. Ensuite, il ne faut pas oublier qu'ils sont directement en français et ne nécessite que peu de traduction (parfois utilisant des mots anciens).
Tu proposes une solution, celle des noms vernaculaires. Moi je propose d'utiliser quand même des noms latins qui ont fait leurs preuves pour avancer un peu plus loin que ce que fait le grand public. Les ouvrages tels que ceux recommandés par ce forum sont pour cela d'excellents outils, utilisables sans rien demander d'autre aux scientifiques que de nous "foutre la paix" (excuse-moi du terme peut-être excessif) sur la nomenclature.
C'est si difficile à comprendre ?
Mycologue intégriste radicalisé.

Fifi

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Message par Fifi »
13 déc. 2020, 07:17Y.Courtieu a écrit :
Je ne sais pas qui campe sur ses positions !!!
Tu as raison... les deux parties campent chacune sur sa position...
Personne ne te refuse ta liberté de penser (on croirait entendre Florent Pagny... :lol: ).
Personne n'est fermé au débat et nous ne sommes pas fermé à ta suggestion, on essaye de t'expliquer qu'elle est erronée pour un tas de raisons que tu ne sembles pas comprendre.
13 déc. 2020, 07:17Y.Courtieu a écrit :
Je n'ai pas de position particulière autre que celle de constater une certaine dose d'absurdité au système nomenclatural utilisé en sciences naturelles. Devant l'absurdité en question, je cherche et je propose des solutions. C'est anormal ?
Ce n'est pas de l'absurdité, c'est de la complexité inhérente à la complexité du vivant.

Par contre, ta suggestion de figer la classification aux genres connus à une date donnée me parait totalement absurde (fixiste, qui plus est)... et arbitraire (quand tu parles d'arbitraire...).

Je pensais que le texte de Guillaume Lecointre aurait déverrouillé le "débat", mais non...
Ta posture est pourtant bien expliquée : ce que tu préconises n'est pas une classification mais un mélange de classification et de tri (clé de détermination) basé sur des critères arbitraires.
L'amanite phalloïde a mauvaise réputation.
C'est pourtant l'un des rares champignons qui soit capable d'abréger les souffrances des myopathes.
Pierre Desproges

Y.Courtieu

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Message par Y.Courtieu »
Fifi, tu n'as pas compris que ce n'étaient que des propositions dans un cadre donné.
Je sais fort bien que mes propositions sont bancales...Pas plus que la situation actuelle... Tout au moins en France.

En effet, je suis très intéressé par ce que dit Nicolas, qui a le mérite d'être logique et d'être sensé.
D'autre pays que la France pratiquent une chose fort intelligente, semble-t-il.
Je n'avais pas intégré ni tilté, Nicolas, sur l'intérêt de ta remarque, ou de ta suggestion, dont je me souviens en effet.
Ma foi, on est plus lent à la comprenette quand on vieillit...

Voilà quelque chose qui mériterait d'être creusé, vu que là , l'affreux mathématicien que je suis trouve cela parfaitement logique.
Je vais y songer...
Yves
Si vous mettez une ânerie dans un ordinateur, rien n'en sort, sauf cette ânerie. Mais cette tromperie, ayant traversé une machine très chère, est en quelque sorte anoblie et personne n'ose la critiquer. Pierre Gallois

felicien

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Message par felicien »
Bon, comme la discussion vire sur la nomenclature et que je suis pas mal dedans avec l'utilisation de GBIF, je vous expose mon avis et ce que je comprends de Yves dans ses critiques.

Actuellement, le nom d'une espèce est identifié par son genre, son espèce et son auteur. Comme le nom de l'espèce est lié au genre et qu'une espèce peut changer de genre en fonction des nouvelles connaissances (en particulier de la biologie moléculaire), le nom entier de l'espèce peut changer. C'est la situation actuelle.

D'un point de vue modélisation de données, l'espèce a une relation dépendante à genre et son propre identifiant est dépendant du nom du genre.
(http://infocenter-archive.sybase.com/he ... cgup86.htm)

D'un point de vue modélisation de données, c'est totalement correct et c'est un choix. Je trouve qu'il est bien d'avoir dans le nom d'une espèce un début de classification.

Maintenant, si j'ai bien compris, la grande critique de Yves, c'est cette dépendance de l'identifiant d'espèce à genre. Il voudrait l'éliminer. Comme ça, si l'espèce change de genre, pas de soucis, l'identifiant de l'espèce (son nom), ne changera plus. Donc même si l'espèce change de genre (modification de la relation), pas de soucis.

La solution proposée par Yves est de garder les noms actuels et de les fixer. J'y vois quelque chose de totalement inélégant, c'est de garder l'ancien genre. Comme ce genre renvoie à la classification et que dans le futur, cette classification risque d'être fausse, le nom sera bien fixe (un avantage) par contre il renvoie à une classification potentiellement fausse.

Si je suivais l'idée d'Yves jusqu'au bout, il faudrait alors totalement se détacher du genre pour identifier une espèce. Si on supprime le genre (par exemple Amanita muscaria deviendrait muscaria), l'identifiant serait insuffisant pour beaucoup d'espèces. Un unique mot pour identifier de manière unique plus d'un million d'espèces serait un casse-tête.

La solution la plus élégante à mon avis serait d'avoir 2 mots (ou plus) qui décriraient l'espèce. Pour Amanita muscaria, on pourrait remplacer par "Chapeau tue-mouche" (en latin) ou n'importe quoi de purement descriptif. Evidemment, si "Chapeau tue-mouche" n'est plus dans le genre Amanita mais appartient au genre "Paramanita", plus de soucis, son nom restera "Chapeau tue-mouche".

Le grand défaut que j'y vois, c'est qu'on n'a plus du tout le moindre pré-tri des espèces. Chaque cortinaire aurait alors un nom sans le moindre lien avec le nom d'un autre cortinaire.

Je trouve donc que le système actuel est plutôt bon. J'y vois un défaut, c'est les "déclinaisons" (je crois que ça s'appelle comme ça) qui en cas de changement de genre, imposent que le nom d'espèce change. muscaria peut devenir muscarius ou muscarium (j'y connais rien en détail). Ça apporte de la complexité sans apporter d'information. S'il y avait la possibilité de rendre ces adjectifs invariables, ce serait top (mais ça reste un détail à mon avis).
"Tous les champignons sont comestibles, certains une fois seulement." Coluche

Y.Courtieu

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Message par Y.Courtieu »
Félicien, je rejoins ton analyse !
Sauf sur un point, sur lequel l'idée de Nicolas me semble à creuser.
Le nom français qui, lui, ne changerait pas pourrait très bien conserver une première partie rappelant les "genres" anciens, qui ont l'avantage d'être descriptifs (ou d'avoir eu une définition de type descriptif, voir le Courtecuisse). Au lieu de Chapeau tue-mouche, on laisserait Amanite tue-mouche.

Les scientifiques pourraient à loisir appeler les espèces du "groupe amanite descriptif" d'un nom de "genre monophylétique" Paraminita, Amanitopsis, etc... selon leurs besoins , ces noms se s'appliquant pas à l'espèce elle-même mais à l'étage "genre de la phylogénie". Celui-ci ne doit pas interférer avec le nom français du "genre descriptif", tout au plus le rappeler.

Pas mal dans le fond...

Cette idée que je n'avais pas creusée me convient somme toute fort bien et en outre semble pratiquée avec succès dans d'autres pays. Elle est à priori de nature à résoudre le problème que je pose et libérerait en effet les scientifiques d'un côté, les mycologues amateurs de l'autre...
Yves
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felicien

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Message par felicien »
13 déc. 2020, 16:56Y.Courtieu a écrit :
Sauf sur un point, sur lequel l'idée de Nicolas me semble à creuser.
Le nom français qui, lui, ne changerait pas pourrait très bien conserver une première partie rappelant les "genres" anciens, qui ont l'avantage d'être descriptifs (ou d'avoir eu une définition de type descriptif, voir le Courtecuisse). Au lieu de Chapeau tue-mouche, on laisserait Amanite tue-mouche.
C'est là qu'il y a un gros souci à mon avis. Pour les noms français, je m'en fiche de ce qui est donné comme nom. Par contre, pour les noms scientifiques, je ne suis pas du tout convaincu. Pour moi, Amanita amène vraiment à de la classification, même si le nom en lui-même renvoie à une description.

De mon point de vue, c'est tout ou rien: de la classification ou aucune, mais pas à moitié.
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Y.Courtieu

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Message par Y.Courtieu »
13 déc. 2020, 17:41felicien a écrit :
C'est là qu'il y a un gros souci à mon avis. Pour les noms français, je m'en fiche de ce qui est donné comme nom. Par contre, pour les noms scientifiques, je ne suis pas du tout convaincu. Pour moi, Amanita amène vraiment à de la classification, même si le nom en lui-même renvoie à une description.

De mon point de vue, c'est tout ou rien: de la classification ou aucune, mais pas à moitié.
Je ne suis pas certain que tu aies compris que dans ce contexte, je ne maintiens pas ma proposition sur les noms scientifiques.
Le nom scientifique obéirait à la classification et donc pourrait changer de nom, mais le nom français par contre, non.
Qu'on reprenne dans le nom français l'ancien nom de genre, je ne vois pas où serait le problème ?

Exemples :
Les scientifiques nomment en latin : Amanitopsis vaginata ou Amanita vaginata si cela correspond à leur classification.
Le nom français reste Amanite vaginée.

Cela résout mon problème !
Yves
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Message par felicien »
Ok, appliqué aux noms français, je n'y vois effectivement aucune objection. Désolé, je n'avais pas compris.

Par contre, il y a du travail pour nommer toutes les espèces en français. Ce serait une suite au travail du comité des noms français si j'ai bien compris: https://www.mycofrance.fr/publications/ ... ampignons/
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Y.Courtieu

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Message par Y.Courtieu »
13 déc. 2020, 18:19felicien a écrit :
Ok, appliqué aux noms français, je n'y vois effectivement aucune objection. Désolé, je n'avais pas compris.

Par contre, il y a du travail pour nommer toutes les espèces en français. Ce serait une suite au travail du comité des noms français si j'ai bien compris: https://www.mycofrance.fr/publications/ ... ampignons/
Personnellement, cela ne me gênerait pas de participer à un tel travail.
A voir si il y aurait du monde pour partager cette idée qui me parait en fin de compte fort bonne de Nicolas.
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