[NSchwab]

Je tiens à ajouter que la dernière étude en date¹ est très intéressante car définissant la méthodologie à avoir pour décrire une nouvelle espèce de russule. Je crois que je l'avais déjà partagée, mais je la remets ici. On y voit notamment l'apparition de notions intéressantes car rarement utilisée auparavant, comme par exemple : la densité de l'ornementation des spores et la densité des cystides hyméniales. Ils y présentent également une phylogénie du genre et une classification basée sur celle-ci. C'est une lecture très intéressante pour quiconque s'intéresse aux russules.

¹ Adamčík, S., Looney, B., Caboň, M. et al. 2019. The quest for a globally comprehensible Russula language. Fungal Diversity 99: 369–449. 10.1007/s13225-019-00437-2

[Castor74]

Castor, spécialiste des russules, n'es-tu pas au courant d'un travail de révision ou séquençage des russules européennes ?

voir par exemple : Molecular phylogeny of the genus Russula in Europe with a comparison of modern infrageneric classifications par Steven L. Miller & Bart Buyck

Ben non, je ne savais pas cela. En outre, bien que m'intéressant particulièrement aux russules, je dois avouer que depuis l'avènement de la biomol et du séquençage, mon intérêt a très sérieusement baissé. Sauf sur le terrain, et avec les monographies traditionnelles. Ça ne me passionne pas, mais alors pas du tout... A quoi sert de savoir que telle ou telle espèce et en fait multiple, si sur le terrain on n'est pas capable de les séparer? J'aurais 20 ans comme Nicolas, je ne dis pas... Mais là, à 64 ans, non. Je préfère «finir» avec la mycologie pépère.

[Fifi]

Un document de mars 2002, Fifi ! Celui de Bon était un peu plus frais, édité en août !

Et alors ? Ce n'est pas la question.
La publication que j'ai mis en référence n'était qu'un exemple et je demandais si Castor avait connaissance d'un travail récent sur ces russules.

Comme Castor et Gianni semblaient mettre en doute la validité du taxon R. langei en tant qu'espèce, supposant qu'il ne s'agirait que d'une variation de R. cyanoxantha, je demandais simplement à Castor s'il était au courant d'un travail de révision ou séquençage des russules européennes. Nicolas a répondu à ma question...

À mes yeux, R. langei est très clairement différente macroscopiquement de R. cyanoxantha.

Maintenant, on revient sur l'éternel débat de la création de variétés et formes, cela devient un tantinet lassant...
Je réponds tout de même à deux propos parce qu'ils me paraissent absurdes...

J'ose même dire que ce n'est pas parce que des mycologues reconnus valident ces formes qu'elles existent réellement.

Elles existent a fortiori puisque les dits mycologues les ont observées et décrites, non ? À moins qu'ils n'affabulent !
En fait, la question n'est pas de savoir si elles existent ou non, la question est de savoir si cela présente un intérêt de créer un taxon pour telle forme ou telle variation.

A quoi sert de savoir que telle ou telle espèce et en fait multiple, si sur le terrain on n'est pas capable de les séparer?

Comme si le "but" était seulement de reconnaître les champignons sur le terrain...
Cela s'appelle des sciences fondamentales... dont "le seul but d'étendre notre connaissance des lois de la Nature" (je cite J.J. Thomson - le découvreur de l'électron - dans un discours de 1916 À quoi sert la recherche fondamentale ?)

Imagine si on applique ton raisonnement avec toutes les russules indiscernables sur le terrain sans avoir recours au microscope sous prétexte que l'on n'a pas l'outil ?

[Castor74]

Je n'envisage pas du tout d'étendre mes connaissances sur les lois fondamentales. C'est peut-être très dommage, mais c'est ainsi et je laisse ça aux spécialistes intéressés. Ce qui m'intéresse moi, c'est de pouvoir reconnaître au mieux une espèce sur le terrain. Et avec un microscope, c'est tout de même plus facile qu'avec les dizaines de milliers d'euros qu'il faudrait pour avoir un séquenceur à disposition.
Pour ma remarque sur l'absurdité ou non de créer des variétés ad vitam aeternam pour un oui ou pour un non, ce n'est que mon humble avis depuis des dizaines d'années et je m'y tiens. Mon but n'est pas de convaincre qui que ce soit...
Dernière remarque : je connais beaucoup de bons mycologues dans des sociétés amies - et même dans la mienne - qui ont finalement lâché prise devant tout ça. Il faudrait peut-être se pencher juste un peu sur ce phénomène… Mais bien sûr, on est des dinosaures (des vieux cons, on m'a dit), et on nous laissera crever dans notre refus de progresser à marche forcée...
C'est pas grave, place aux jeunes… Et dans 10 ans vous aurez des monographies de deux pages, et des rapports de laboratoire de quatre cents pages bourrés de clades...

Certains trouveront mes propos excessifs. A quoi bon les écrire si c'est pour les édulcorer? Ce n'est pas mon style, qu'on me pardonne.

[Fifi]

Je n'envisage pas du tout d'étendre mes connaissances sur les lois fondamentales. C'est peut-être très dommage, mais c'est ainsi et je laisse ça aux spécialistes intéressés. Ce qui m'intéresse moi, c'est de pouvoir reconnaître au mieux une espèce sur le terrain. Et avec un microscope, c'est tout de même plus facile qu'avec les dizaines de milliers d'euros qu'il faudrait pour avoir un séquenceur à disposition.

Mais personne ne te demande ni ne t'oblige à approfondir tes connaissances et encore moins à pousser ta démarche au point d'acheter un séquenceur !

Je vais faire une analogie avec l'astronomie. Il est des passionnés qui vont investir dans un télescope, pour observer à leur niveau des planètes du système solaire ou même des constellations, mais qui n'auront malgré tout jamais les moyens de se payer un télescope Hubble satellisé ou un Very Large Telescope pour observer des objets encore plus lointains ou peu visibles. Par contre, ils vont tout de même s'intéresser aux découvertes à la pointe de l'astronomie, même si avec leur modestes moyens, ils ne peuvent pas les observer.
Si on t'écoutait, il faudrait en rester à l'observation de la lune avec une paire de jumelles (je caricature un peu, mais c'est un peu ton propos) ou une petite lunette astronomique et en rester à tout ce qu'on peut voir avec ces instruments tout en ignorant le reste, sous prétexte que cela ne sert à rien puisque tu ne peux pas observer plus loin !

Pour revenir sur nos russules, le propos de Gianni et les histoires d'espèces, variétés et formes, crées abusivement selon certains, la biomol est un outil indispensable pour clarifier tout ça. Peut-être découvrira-t-on que R. langei n'est qu'une simple variété de R. cyanoxantha, comme le suggère Gianni et inversement, peut-être apprendrons-nous que R. cyanoxantha est une espèce collective comme l'évoque Nicolas.

[SkyBlou]

Bonsoir à tous et toute,
Je me suis absenté qq semaines et prends connaissance de la nombreuse lecture que mon erreur sur un "Qui suis-je ?" a pu susciter ; c'est aussi impressionnant, que passionnant et instructif à la fois, pour un modeste novice comme moi. Je vous remercie tous et je ne sais pas vraiment comment renommer ma russule : russula cutefracta ?

[gambr]

Je suis d'accord pour rire avec vous de R. langei fo. cutefractoides... mais entre R. cyanoxantha et R. langei, il y a tout de même ces deux caractères distinctifs :
- la réaction au sulfate de fer, quasiment nulle chez cyanoxantha, verdâtre chez langei
- chair particulièrement dure chez langei

ajoutons à cela que le chapeau de langei est généralement plus sombre.

innanzi tutto mi fa piacere sentire delle persone aperte mentalmente e accettare la discussione. Dei caratteri da te elencati posso rispondere punto per punto. Ho provato la reazione al solfato su cyanoxantha tipica e diventa verde dopo qualche minuto. Mi sembra un po' strano che tu parli del colore più scuro del cappello perché sai benissimo come i colori siano variabili nelle Russula e credo tu abbia trovato anche cyanoxantha tipiche moto scure. Io posso dirti di sì, ma sentiamo volentieri anche le esperienze degli altri utenti del forum. Rimane la carne dura ma onestamente mi sembra un carattere un po' debole. Invece se non ricordo male c'è anche il colore crema delle lamelle in R.langei ma anche questo ho verificato rientra nella variabilità della specie tipo.

Tout d'abord, je suis heureux d'entendre des gens ouverts d'esprit et d'accepter la discussion. Parmi les personnages que vous avez énumérés, je peux répondre point par point. J'ai essayé la réaction typique du sulfate de cyanoxantha et elle devient verte après quelques minutes. Il me semble un peu étrange que vous parliez de la couleur plus foncée du chapeau car vous savez très bien comment les couleurs sont variables dans la Russula et je pense que vous avez également trouvé des motos cyanoxantha sombres typiques. Je peux vous dire oui, mais nous sommes également heureux d'entendre les expériences des autres utilisateurs du forum. La viande reste coriace mais honnêtement elle me semble un peu faible de caractère. Au lieu de cela, si je me souviens bien, il y a aussi la couleur crème des lamelles chez R.langei mais cela aussi j'ai vérifié qu'elle s'inscrit dans la variabilité de l'espèce type.

Ciao
Gianni

[gambr]

R.langei e` stata verificata molecolarmente?
Perche` io l'ho sempre considerata una delle tante specie fantasiose di M.Bon. Ho trovato R.cyanoxantha in tutte le forme, anche verde con gambo viola per cui non ci vuole molto a pensare che R.langei sia solo una delle innumerevoli combinazioni di caratteri cromatici di R.cyanoxantha. Ora, se volete buttarla sul ridere allora parliamo pure di R.langei fo. cutefractoides ...

R.langei a-t-il été vérifié moléculaire?
Parce que je l'ai toujours considéré comme l'une des nombreuses espèces imaginatives de M.Bon. J'ai trouvé R.cyanoxantha sous toutes ses formes, même vert avec une tige violette, donc il ne faut pas longtemps pour penser que R.langei n'est qu'une des innombrables combinaisons de caractères chromatiques de R.cyanoxantha. Maintenant, si vous voulez en rire, parlons de R. langei fo. cutefractoides ...

Ciao
Gianni

Russula langei n'a pas été confirmée de manière moléculaire pour l'instant. Aucune étude n'a été réalisée pour l'instant sur la sous-section Cyanoxanthinae en Europe. Cependant, on sait que le concept de R. cyanoxantha renferme très probablement plusieurs espèces. Personnellement, je pense que c'est une bonne espèce, voire même une série d'espèces à elle seule.
Personnellement, en attendant une révision, je préfère être le plus précis pour les noms et même de m'intéresser aux formes. Cela ne m'étonnerait pas de voir certaines variétés ou formes élevées au rang spécifique. Cela a déjà été le cas pour d'autres complexes d'espèces.
Je suis d'accord que Russula langei f. cutefractoides n'est probablement tout au plus qu'un aspect inhabituellement craquelé de R. langei. A voir dans une révision ce qu'il est judicieux d'en faire.

Personalmente credo che se una specie è dubbia o critica non si dovrebbe menzionarla. Inoltre io parlo delle specie che conosco per esperienza diretta. Alcune volte ho la sensazione che altri parlino basandosi solo su ciò che leggono sui libri.

Personnellement, je pense que si une espèce est douteuse ou critique, elle ne doit pas être mentionnée. Je parle aussi des espèces que je connais par expérience directe. Parfois, j'ai le sentiment que les autres parlent uniquement en fonction de ce qu'ils lisent dans les livres.

Ciao
Gianni

[gambr]

Castor, spécialiste des russules, n'es-tu pas au courant d'un travail de révision ou séquençage des russules européennes ?

voir par exemple : Molecular phylogeny of the genus Russula in Europe with a comparison of modern infrageneric classifications par Steven L. Miller & Bart Buyck

Ho chiesto un paio di settimane fa agli autori su researchgate ma non l'ho ancora ricevuto. in ogni caso dall'abstract sembra uno studio sulla suddivisione a livelli di sottogenere non a livello di specie.

J'ai demandé aux auteurs de researchgate il y a quelques semaines, mais je ne l'ai pas encore reçu. dans tous les cas, d'après l'abstrait, il semble qu'une étude sur la subdivision au niveau des sous-genres et non au niveau des espèces.

Ciao
Gianni

[gambr]

Un document de mars 2002, Fifi ! Celui de Bon était un peu plus frais, édité en août !

Imagine si on applique ton raisonnement avec toutes les russules indiscernables sur le terrain sans avoir recours au microscope sous prétexte que l'on n'a pas l'outil ?

Immagina se tutti si mettessero a pubblicare specie, varietà e forme senza preoccuparsi molto di verificare la conspecificita con le più evidenti specie simili esistenti e se nessuno si preoccupasse (giustamente ) di fare chiarezza dopo, cosa succederebbe? E molto facile creare specie nuove e sbattersene delle verifiche scrupolose prima della pubblicazione! Oppure qualcuno sostiene la pubblicazione selvaggia? Al giorno d'oggi ad esempio ci si aspetta il confronto molecolare. Ricordo che M.Bon ha pubblicato Melanoleuca come acistidiata una specie che ha mostrato cistidi numerosi alla verifica dell'essiccatum. E scientifico questo? Io dico di no, e non è accettabile!

Imaginez si tout le monde commençait à publier des espèces, des variétés et des formes sans trop se soucier de vérifier la conspécificité avec les espèces similaires les plus évidentes existantes et si personne ne prenait la peine (à juste titre) de clarifier plus tard, que se passerait-il? Il est très facile de créer de nouvelles espèces et de ne pas donner beaucoup de contrôles scrupuleux avant publication! Ou est-ce que quelqu'un soutient la publication sauvage? De nos jours, par exemple, une comparaison moléculaire est attendue. Je me souviens que M. Bon a publié Melanoleuca comme acistidiata, une espèce qui a montré de nombreuses cystidies lorsque le desiccatum est vérifié. Est-ce scientifique? Je dis non et ce n'est pas acceptable!

Ciao
Gianni

[Fifi]

Bonsoir Gianni,

je suis entièrement d'accord avec ce que tu dis. Ce problème n'est pas propre à la mycologie, cela concerne n'importe quelle publication scientifique !

L'extrait de mon message que tu cites n'a par contre rien à voir avec ce que tu me dis.

Petite précision importante concernant le séquençage pour vérifier si R. cyanoxantha et R. langei sont une seule et même espèce (par exemple).
Si j'ai bien compris, d'après diverses discussions sur Mycologia Europaea, si le résultat montre une séquence différente, cela prouve que ce n'est pas la même espèce. Par contre, si la séquence est identique, cela ne suffit pas pour prouver qu'il s'agit bien de la même espèce.
Corrigez-moi si je me trompe.

[NSchwab]

Imagine si on applique ton raisonnement avec toutes les russules indiscernables sur le terrain sans avoir recours au microscope sous prétexte que l'on n'a pas l'outil ?

Immagina se tutti si mettessero a pubblicare specie, varietà e forme senza preoccuparsi molto di verificare la conspecificita con le più evidenti specie simili esistenti e se nessuno si preoccupasse (giustamente ) di fare chiarezza dopo, cosa succederebbe? E molto facile creare specie nuove e sbattersene delle verifiche scrupolose prima della pubblicazione! Oppure qualcuno sostiene la pubblicazione selvaggia? Al giorno d'oggi ad esempio ci si aspetta il confronto molecolare. Ricordo che M.Bon ha pubblicato Melanoleuca come acistidiata una specie che ha mostrato cistidi numerosi alla verifica dell'essiccatum. E scientifico questo? Io dico di no, e non è accettabile!

Imaginez si tout le monde commençait à publier des espèces, des variétés et des formes sans trop se soucier de vérifier la conspécificité avec les espèces similaires les plus évidentes existantes et si personne ne prenait la peine (à juste titre) de clarifier plus tard, que se passerait-il? Il est très facile de créer de nouvelles espèces et de ne pas donner beaucoup de contrôles scrupuleux avant publication! Ou est-ce que quelqu'un soutient la publication sauvage? De nos jours, par exemple, une comparaison moléculaire est attendue. Je me souviens que M. Bon a publié Melanoleuca comme acistidiata, une espèce qui a montré de nombreuses cystidies lorsque le desiccatum est vérifié. Est-ce scientifique? Je dis non et ce n'est pas acceptable!

Ciao
Gianni

Ici, je crois que Philippe essayait de mettre le doigt sur le problème des espèces cryptiques et semi-cryptiques. Les connaissances avancent avec la technologie. Il y a des espèces que l'on ne connaissait pas et ne soupçonnait même pas il ne fut que 10 ans auparavant. Prenons le cas des Gyroporus. Dans le groupe de Gyroporus cyanescens en Europe, seul le chef de file cité auparavant était reconnu. On lui attribuait parfois la var. lacteus, mais beaucoup d'auteurs ne la citaient même pas. Cependant, avec la génétique, il s'est avéré qu'il y avait 4 espèces actuellement indifférenciables morphologiquement : G. cyanescens, G. pseudocyanescens, G. lacteus et G. pseudolacteus. C'est ce que l'on appelle des espèces cryptiques.
Le problème, c'est qu'il y en a un paquet. Est-ce que sous le prétexte qu'on ne sait les différencier avec la morphologie, on devrait les abandonner et ne pas les publier ? Il n'est pas impossible que l'on sache différencier par la suite les espèces avec la morphologie, mais que l'on manque simplement de connaissance.

Parfois, les espèces sont dites "semi-cryptiques". Il est très difficile de les différencier par la morphologie et parfois il est impossible de donner un nom précis sur des exemplaires. C'est le cas par exemple chez les Puccinia du groupe de graminis. Certaines sont indifférenciables à certains stades avec la morphologie. On peut aussi citer Tricholoma terreum et Tricholoma bonii, qui sont impossibles à différencier sur certains exemplaires.

Combien de fois découvre-t-on un nouveau critère d'identification encore inconnu pour un champignon ? C'est très fréquent. Parfois, c'est l'inverse, on découvre qu'un critère n'est pas différentiel pour des espèces. Exemple : Lactifluus glaucescens et L. piperatus, que l'on différenciait par la couleur du lait et des réactions macrochimiques. Il s'avère que seules l'observation des chéilocystides et du piléipellis sont suffisants pour les déterminer.

Cela n'est pas uniquement le cas chez les champignons. Chez les quasiment tous types d'organismes, il y a des espèces cryptiques.

Marcel Bon était un mycologue d'un autre temps, les moyens n'étaient pas les mêmes. Citer cet exemple n'est à mon avis pas très judicieux, car une erreur d'observation peut arriver à n'importe qui. La science est auto-correctrice et c'est bien pour cela que l'on a eu l'occasion de corriger cette erreur. Des erreurs, il y en a eu des centaines, voire des milliers dans l'histoire de la mycologie. Le seul moyen d'éviter que l'on ne publie pas d'erreurs, c'est de ne simplement rien publier.

En conclusion, la conspécifité n'était pas vue de la même manière à l'époque. De nos jours, il y a bien la génétique qui entre en jeu, mais de nombreux problèmes taxinomiques restent à résoudre. On peut citer le groupe de Mycena pura, qui reste encore actuellement un mystère même avec la phylogénétique.

[NSchwab]

Bonsoir Gianni,

je suis entièrement d'accord avec ce que tu dis. Ce problème n'est pas propre à la mycologie, cela concerne n'importe quelle publication scientifique !

L'extrait de mon message que tu cites n'a par contre rien à voir avec ce que tu me dis.

Petite précision importante concernant le séquençage pour vérifier si R. cyanoxantha et R. langei sont une seule et même espèce (par exemple).
Si j'ai bien compris, d'après diverses discussions sur Mycologia Europaea, si le résultat montre une séquence différente, cela prouve que ce n'est pas la même espèce. Par contre, si la séquence est identique, cela ne suffit pas pour prouver qu'il s'agit bien de la même espèce.
Corrigez-moi si je me trompe.

La séquence peut être également différente à cause de divers problèmes. Donc, cela ne prouve pas avec sûreté que c'est des espèces différentes. D'ailleurs, cela pose également le problème de la bonne identification dans GenBank. On sait que certaines séquences sont très mal déterminées, il faut donc uniquement se baser sur les types pour être sûr.
Mais effectivement, si la séquence est identique, cela n'est pas forcément suffisant. On utilise des marqueurs (des morceaux d'ADN précis). Mais rien ne nous dit qu'il n'y a pas une différence très importante dans une autre partie. C'est pour cela que maintenant on utilise généralement plusieurs gènes pour les phylogénies et que certains marqueurs sont spécifiques à des groupes.
C'est difficile à interpréter et je ne suis pas généticien. Mais cela est expliqué dans le livre Phylogenomics de Christoph Bleidorn. Je n'ai pas eu le temps de le lire, mais il semble très suffisant pour comprendre la majorité des concepts utiles pour le mycologue amateur. Il était gratuit durant le confinement, mais désormais, il coûte 67,40 €

[Fifi]

La séquence peut être également différente à cause de divers problèmes.

Cela va de soit.
Mais ce qui est important de comprendre, c'est que ce n'est pas un outil de détermination ultime.

En tout cas, merci pour ces deux derniers messages qui traduise (en mieux que je n'ai su le faire) le fond de ma pensée.

[NSchwab]

La séquence peut être également différente à cause de divers problèmes.

Cela va de soit.
Mais ce qui est important de comprendre, c'est que ce n'est pas un outil de détermination ultime.

En tout cas, merci pour ces deux derniers messages qui traduise (en mieux que je n'ai su le faire) le fond de ma pensée.

Heureux que j'ai réussi à saisir ta pensée
Je souhaiterais ajouter que l'on trouve des clés de compréhension très intéressantes dans un article récent sur l'identification des champignons à l'aide de séquences¹.

¹ Hofstetter V., Buyck B., Eyssartier G., Schnee S. & Gindro K. 2019. The unbearable lightness of sequence-based identification. Fungal Diversity 96: 243–284. DOI: 10.1007/s13225-019-00428-3 (Open Access)