Nouveautés nomenclaturales et taxinomiques

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NSchwab
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Nouveautés nomenclaturales et taxinomiques

Messagepar NSchwab » 25 août 2019, 22:52

Bonjour,
J'ai décidé de créer ce sujet afin de répondre au diverses questions à propos des nouveautés nomenclaturales et taxinomiques. J'essaierai de m'en occuper au maximum, mais la discussion avec les autres membres sont bien sûr ouverte. Le but est tout de même créer une discussion documentée et argumentée. Je vais également y poster des actualités récentes. Ce sujet n'est pas fait pour polémiquer, mais pour expliquer les raisons qui ont conduit des mycologues à faire ces changements. Je tiens à ajouter que tous les changements ne sont pas définitifs et parfois, il arrive que l'on revienne dessus. Si vous vous êtes toujours demandé pourquoi un nouveau genre a été érigé, une nouvelle espèce créée ou un changement de nom effectué, c'est ici que vous pouvez le demander !
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Y.Courtieu
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Re: Nouveautés nomenclaturales et taxinomiques

Messagepar Y.Courtieu » 25 août 2019, 23:28

Bonne initiative.
J'ai tout de même un éclaircissement préalable, important à mes yeux, à demander avant de poser des questions.
Ta recommandation, je cite : " Ce sujet n'est pas fait pour polémiquer, mais pour expliquer les raisons qui ont conduit des mycologues à faire ces changements" signifie -t-elle que l'on n'a que le droit de recevoir en somme une "bonne parole" ?
Il a l'air un peu entendu qu'à la fin on comprendra les dites raisons...
Autrement dit, si tu préfères, argumenter pour dire que ce changement n'était finalement pas nécessaire sera-t-il possible ou considéré comme de la polémique ?
Yves
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Re: Nouveautés nomenclaturales et taxinomiques

Messagepar NSchwab » 25 août 2019, 23:35

Y.Courtieu a écrit :Bonne initiative.
J'ai tout de même un éclaircissement préalable, important à mes yeux, à demander avant de poser des questions.
Ta recommandation, je cite : " Ce sujet n'est pas fait pour polémiquer, mais pour expliquer les raisons qui ont conduit des mycologues à faire ces changements" signifie -t-elle que l'on n'a que le droit de recevoir en somme une "bonne parole" ?
Il a l'air un peu entendu qu'à la fin on comprendra les dites raisons...
Autrement dit, si tu préfères, argumenter pour dire que ce changement n'était finalement pas nécessaire sera-t-il possible ou considéré comme de la polémique ?

Non, désolé du manque de clarté de cette phrase. Je fait personnellement la différence entre polémiquer et argumenter, la différence sémantique étant que la polémique n'est, pour moi, pas rationnelle. Si l'on désire argumenter, il n'y a absolument pas de problème à cela, mais il je ne désire pas que cela vire à une bataille idéologique.
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Re: Nouveautés nomenclaturales et taxinomiques

Messagepar Y.Courtieu » 26 août 2019, 00:03

D'accord, on essayera d'éviter la polémique, donc.
Première question :
Pourquoi avoir créé le genre Caloboletus ?
Auparavant les deux espèces de ce genre (deux dans MycoDB, je ne sais pas s'il y en a d'autres) étaient des Boletus, mais bien séparées des autres espèces du genre Boletus par le placement dans une section que l'on appelait section Calopodes ( M. Bon p. 36, Courtecuisse p. 468 ) .
Il se trouve que ce sont les mêmes espèces que l'on trouve dans ce nouveau genre (Caloboletus) et qui étaient auparavant dans cette section (Calopodes). La situation antérieure les séparait donc déjà des autres espèces de l'ancien genre Boletus par le seul fait de cette appartenance à une section commune.
Compte-tenu de ces éléments, le mathématicien que je suis, (désolé), trouve qu'on aurait pu faire l'économie de ce nouveau nom de genre et aimerait comprendre pourquoi on ne l'a pas faite (cette économie) ?
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Re: Nouveautés nomenclaturales et taxinomiques

Messagepar Fouad » 26 août 2019, 00:23

Oui Yves, il y en au moins une demi douzaine. Voir cet article.

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Re: Nouveautés nomenclaturales et taxinomiques

Messagepar NSchwab » 26 août 2019, 01:00

La raison de ce changement est d'ordre logique. Malgré que cela n'en a pas l'air au premier abord, le fait de conserver les Caloboletus dans le genre Boletus pose des problèmes. En effet, cela rendrait le genre Boletus ss. str. polyphylétique. La polyphilie est le fait de ne pas rassembler dans un groupe d'organisme leur ancêtre commun le plus récent. Pour preuve, quand on fait l'arbre phylogénétique des Boletaceae, on remarque que les Caloboletus se retrouvent dans le groupe des Pulveroboletus (à comprendre comme une tribu, mais pas officiellement validée) et les Boletus dans le clade des Boletoideae. Cela veut ainsi dire que dans l'évolution les Strobilomyces, les Porphyrellus, les Tylopilus, les Xerocomellus et les Hortiboletus se sont détaché des Boletus bien après les Caloboletus et les cèpes partagent donc plus d'affinités avec eux qu'avec les Caloboletus. Si l'on souhaitait tous les inclure dans un groupe, cela intégrerait donc tous les Boletaceae et se rapprochait pas mal de la classification friésienne.
Morphologiquement, ils en diffèrent par des pores ouverts (obstrués chez les Boletus), la présence de pigments rouges chez certaines espèces, des pores jaunes dès la jeunesse (présent également chez Boletus edulis var. pusteriensis) et l'amertume de leur chair.
Les espèces européennes sont au nombre de 6 :
  • Caloboletus calopus (Pers.) Vizzini 2014
  • Caloboletus ereticulatus (Estadès & Lannoy) Chapon & P. Roux 2019
  • Caloboletus kluzakii (Šutara & Špinar) Vizzini 2014
  • Caloboletus polygonius (A.E. Hills & Vassiliades) Vizzini 2014
  • Caloboletus radicans (Pers.) Vizzini 2014
  • Caloboletus roseo-olivaceus (J. Blum) N. Schwab 2019

P.-S. : Je ne pensais pas qu'une question sur laquelle j'avais autant travaillé me prendrait autant de temps à y répondre. J'espère que pour le futur je serai plus rapide. Cela inaugure au moins bien le sujet ! :grandsourire:

Bibliographie
Vizzini A. (2014). Nomenclatural Novelties, Index Fungorum 146.
Schwab N. (2019). Nomenclatural Novelties, Index Fungorum 409.
Wu G., Feng b., Xu J., Zhu X.-T., Li Y.-C., Zeng N.-K., Hosen M.I. & Z.L. Yang (2014). Molecular phylogenetic analyses redefine seven major clades and reveal 22 new generic clades in the fungal family Boletaceae. Fungal Diversity 69(1): 93-115.
Zhao K., Wu G., Feng B., & Z. L. Yang (2014). Molecular phylogeny of Caloboletus (Boletaceae) and a new species in East Asia. Mycological Progress 13(4): 1127-1136.
Šutara B. (2014). Anatomical structure of pores in European species of genera Boletus s.str. and Butyriboletus (Boletaceae). Czech Mycology 66(2): 157-170.
Wikipedia.org (consulté le 26 août 2019). Polyphylie. URL: https://fr.wikipedia.org/wiki/Polyphylie.
Modifié en dernier par NSchwab le 26 août 2019, 17:46, modifié 1 fois.
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Re: Nouveautés nomenclaturales et taxinomiques

Messagepar Y.Courtieu » 26 août 2019, 07:51

Merci de cette réponse. J'apprécie le fait que tu ne te dises pas "stupéfait" de ma question.
Mais je reste sur ma faim. En quoi le fait de rendre le genre Boletus polyphylétique pose-t-il tant de problèmes ?
Ou autrement dit pourquoi faudrait-il qu'un genre ne soit pas polyphylétique ?
Ou encore le classement en sections (ou autres peut-être à inventer ?) ne permettrait-il pas de résoudre ce type de "problèmes" tout en évitant d'en poser bien d'autres ?
Ceci est bien évidemment le point de vue d'un vulgarisateur, qui ne va certainement pas commencer par parler aux débutants de polyphylégénie et des problèmes que cela pose aux experts. Il va par contre apprendre aux gens à regarder notamment comment se présente l’hyménium d'un champignon. Ce point de vue là me parait tout à fait négligé, voire absent dans le raisonnement exposé.
Enfin le fait qu'il y ait six champignons dans ce "nouveau genre" ne me parait pas un argument. Si l'on avait conservé les sections, il y aurait maintenant six champignons dans la dite section, tout simplement.
PS : on a quand même laissé à la fin du nom la terminaison boletus... Pourquoi donc, si ce n'est pas parce qu'on continue à le ranger d'une certaine façon, parmi les boletus ?
Yves
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Re: Nouveautés nomenclaturales et taxinomiques

Messagepar NSchwab » 26 août 2019, 17:46

Y.Courtieu a écrit :Merci de cette réponse. J'apprécie le fait que tu ne te dises pas "stupéfait" de ma question.
Mais je reste sur ma faim. En quoi le fait de rendre le genre Boletus polyphylétique pose-t-il tant de problèmes ?
Ou autrement dit pourquoi faudrait-il qu'un genre ne soit pas polyphylétique ?
Ou encore le classement en sections (ou autres peut-être à inventer ?) ne permettrait-il pas de résoudre ce type de "problèmes" tout en évitant d'en poser bien d'autres ?
Ceci est bien évidemment le point de vue d'un vulgarisateur, qui ne va certainement pas commencer par parler aux débutants de polyphylégénie et des problèmes que cela pose aux experts. Il va par contre apprendre aux gens à regarder notamment comment se présente l’hyménium d'un champignon. Ce point de vue là me parait tout à fait négligé, voire absent dans le raisonnement exposé.
Enfin le fait qu'il y ait six champignons dans ce "nouveau genre" ne me parait pas un argument. Si l'on avait conservé les sections, il y aurait maintenant six champignons dans la dite section, tout simplement.
PS : on a quand même laissé à la fin du nom la terminaison boletus... Pourquoi donc, si ce n'est pas parce qu'on continue à le ranger d'une certaine façon, parmi les boletus ?

Un genre ne doit pas être polyphylétique car c'est sa vocation. Le but étant de rassembler des espèces proches (évolutivement) afin de les classifier. Pour résumer, la polyphylie c'est de dire que parce que l'abeille, la chauve-souris et l'aigle possèdent des ailes, ils font partie du même genre. Mais cela n'est pas correct, car il s'agit d'un convergence évolutive, c'est à dire une caractéristique qui est apparue à plusieurs reprises dans l'histoire évolutive. Pour prendre un autre exemple, cela reviendrait à inclure le chimpanzé dans le genre Homo, car on possède 98% d'ADN en commun. Inutile de dire que cela ne colle pas et même si les différences ne sont toujours aisément visibles, elles sont bien présentes. Les sections étant des rangs infragénériques, cela rend toujours le genre polyphylétique et ne résout pas le problème.
La morphologie est tout autant étudiée dans la plupart des études de ce style. Dans un bon nombre, cela est même plus étudié que dans les livres que l'on utilise communément. Mais bien évidemment, il faut s'y intéresser, se les procurer et les lire. Ce n'est pas toujours facile, mais c'est entièrement possible. Désormais, la plupart des diagnoses sont bien plus détaillées qu'autre fois, car on s'est rendu compte que ce n'était pas pratique pour la lectotypification quand nécessaire. Ainsi, les données explicitées dedans sont à comparer avec les autres diagnoses et cela n'est pas nécessairement le travail d'un scientifique, mais plutôt d'un vulgarisateur. Je pense qu'il y a un gros problème de confusion entre les papiers scientifiques et les guides de terrain. Einstein n'écrivait pas ses équations pour que le commun des mortels, il s'adressait aux autres scientifiques... C'est d'autres personnes qui par la suite ont vulgarisé ses travaux. Et ce travail, c'est celui que j'essaie de faire avec ce sujet.
Pour ton post-scriptum, cela montre qu'Alfredo Vizzini a tout de même conscience du problème des renommages fréquents. Ainsi le genre nommé, cela permet de l'assimiler tout de même au Boletus grâce à son étymologie. Il aurait tout aussi bien pu le nommer Wumyces ou Amaroporus mais ne l'a pas fait.
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Re: Nouveautés nomenclaturales et taxinomiques

Messagepar Y.Courtieu » 26 août 2019, 19:15

Un genre ne doit pas être polyphylétique parce que c'est sa vocation... dis-tu.
Ce n'était pas le cas avant, cela me semble évident. Donc c'est nouveau, cette "vocation". A l'arrivée de la phylogénie, pour résumer,
il a été "plus ou moins décidé" (avec de bonnes raisons, je peux le comprendre) que la vocation du genre était désormais de ne pas être polyphylétique. Je n'aurai rien contre si je n'en voyais les conséquences.

Je ne suis pas certain du tout et pour le moment guère convaincu que ce choix ait été judicieux. Il me semble qu'on aurait pu prendre une autre logique. Il a été inventé tout un vocabulaire autour des nouveautés nées de la phylogénie : c'est normal et c'est très bien. Clades, arbres phylogénétiques, marqueurs ITS, etc... Etait-il difficile de créer une notion nouvelle, totalement indépendante de l'ancienne notion de genre et susceptible de remplir la vocation dont tu parles et dont je comprends fort bien la nécessité scientifique ?

Un genre avait pour vocation avant de grouper des espèces ayant un caractère morphologique commun, comme par exemple la texture de la chair et l'absence de latex dans le genre des russules. Pourquoi mélanger ces choses-là avec la génétique ?
L'avantage de conserver cette vocation-là à la notion de genre aurait été de respecter les anciennes classifications qui sont bien plus abordables par le grand public, sans les chambouler de cette façon.
Sur le terrain, je dis quoi aux gens : de regarder la texture de la chair des champignons qu'ils trouvent et la présence ou non de latex ou je leur dis d'envoyer leur champignon au laboratoire ? La réponse me parait claire. Mais comment allons-nous nommer les champignons, si ce n'est plus sur ce type de critère qu'on les nomme ? Quand je vois déjà que le simple emploi du latin rebute les apprentis mycologues en herbe..

Je me demande très sérieusement si tout cela n'est pas en train de couper de façon irréversible l'étude scientifique des champignons de sa base même, celle constituée du ramasseur lambda, qui reste pourtant le plus à même de devenir un futur mycologue.

En quoi serait-il gênant pour les scientifiques de mettre à leur place correcte sur leurs arbres phylogénétiques les anciens noms des champignons plutôt que des nouveaux noms ? C'est au fond cela que je ne comprends pas... c'est à l'amateur de s'adapter... Pourquoi pas aux professionnels de s'adapter aux amateurs, en sens inverse ?

Encore une fois, en astronomie, on ne fait pas cela. Il existe des classements d'astres destinés aux échanges entre scientifiques et uniquement à cela, mais on ne touche pas à la nomenclature traditionnelle.

PS : Merci de m'avoir consacré tout ce temps ! J'ai au moins compris ce qui se passe, même si je trouve bien dommage qu'on mélange ainsi les classifications, au lieu de les séparer.
Yves
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Pat-ouillard
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Re: Nouveautés nomenclaturales et taxinomiques

Messagepar Pat-ouillard » 27 août 2019, 15:38

J'insère en vert, c'est plus simple

patrice


Y.Courtieu a écrit :Un genre ne doit pas être polyphylétique parce que c'est sa vocation... dis-tu.
Ce n'était pas le cas avant, cela me semble évident. Donc c'est nouveau, cette "vocation". A l'arrivée de la phylogénie, pour résumer,
il a été "plus ou moins décidé" (avec de bonnes raisons, je peux le comprendre) que la vocation du genre était désormais de ne pas être polyphylétique. Je n'aurai rien contre si je n'en voyais les conséquences.

Si je peux me permettre de mettre de grain de sel, l'idée de faire coller la classification aux lignées évolutives est loin d'être récente, elle date de l'officialisation de la théorie de l'évolution ! Dès lors, il fallait regrouper dans un même taxon les espèces proches, au sens de leur affinités évolutives. Darwin lui-même s'est essayé à l'exercice, de façon purement hypothétique. Si on s'est attaché dans un premier temps (19 ème siècle) à des regroupements fondés sur la morphologie, c'est parce qu'on travaillait avec l'idée que plus les espèces se ressemblaient, plus elles devaient être affines; et parce que de toutes façons, on n'avait pas d'autres données à disposition pour justifier les regroupements en genres, familles, etc... C'est au cours du 20 ème siècle que l'on s'est rendu compte que les choses n'étaient pas si simples, dans les secteurs de la biologie où commençaient à se constituer d'imposantes et complètes collections de fossiles permettant de connaître l'histoire des espèces objectivement, et non par déduction ...On s'est rendu compte que les ressemblances, ou dissemblances pouvaient être trompeuses, et conduire à des rapprochements ne correspondant pas aux lignées évolutives. C'est dans les années 50, bien avant l'utilisation de l'ADN, que la cladistique est née, avec l'idée de faire le tri entre les différents types de caractères, partagés, dérivés, ancestraux, et en suivant leurs apparitions et leurs transmissions le long des clades. Toute la terminologie utilisée aujourd'hui ( phylogénie, polyphllie, synapomorphie, etc..) vient de cette époque. le but était encore et toujours de continuer à respecter l'idée que la classification devait refléter les lignées évolutives.
La mycologie était singulièrement absente de ce mouvement, pour la simple raison qu'il n'y a pas de collections de fossiles suffisamment complètes pour être exploitables, aussi les mycologues ont continué de faire de la systématique "à l'ancienne". sur la base des caractères morphologiques contemporains, sans aucune idée du passé. L'arrivée des analyses ADN a permis enfin de fournir à ces derniers des information sur l'évolution, et les affinités évolutives des champignons entre eux. Comme c'est arrivé d'un seul coup, et il y a peu, ça donne une impression de grand chambardement absente en zoologie, où les fossiles avaient déjà depuis longtemps contribué à améliorer la classification. Par exemple on savait bien avant l'ADN que les oiseaux étaient des dinosaures, mais pas des reptiles, catégorie paraphylétique..

Donc non, l'idée qu'un genre doive être monophylétique est loin d'être nouvelle, elle découle directement de la théorie de l'évolution, et est universellement admise depuis longtemps, mais depuis peu en mycologie...

Je ne suis pas certain du tout et pour le moment guère convaincu que ce choix ait été judicieux. Il me semble qu'on aurait pu prendre une autre logique. Il a été inventé tout un vocabulaire autour des nouveautés nées de la phylogénie : c'est normal et c'est très bien. Clades, arbres phylogénétiques, marqueurs ITS, etc... Etait-il difficile de créer une notion nouvelle, totalement indépendante de l'ancienne notion de genre et susceptible de remplir la vocation dont tu parles et dont je comprends fort bien la nécessité scientifique ?

Un genre avait pour vocation avant de grouper des espèces ayant un caractère morphologique commun, comme par exemple la texture de la chair et l'absence de latex dans le genre des russules. Pourquoi mélanger ces choses-là avec la génétique ?
L'avantage de conserver cette vocation-là à la notion de genre aurait été de respecter les anciennes classifications qui sont bien plus abordables par le grand public, sans les chambouler de cette façon.
Sur le terrain, je dis quoi aux gens : de regarder la texture de la chair des champignons qu'ils trouvent et la présence ou non de latex ou je leur dis d'envoyer leur champignon au laboratoire ? La réponse me parait claire. Mais comment allons-nous nommer les champignons, si ce n'est plus sur ce type de critère qu'on les nomme ? Quand je vois déjà que le simple emploi du latin rebute les apprentis mycologues en herbe..

Je me demande très sérieusement si tout cela n'est pas en train de couper de façon irréversible l'étude scientifique des champignons de sa base même, celle constituée du ramasseur lambda, qui reste pourtant le plus à même de devenir un futur mycologue.

Pas du tout ! je viens pas plus tard qu'hier d'expliquer à des débutants, pendant la séance de commentaires à l'issu d'une sortie SMf, pourquoi les sclérodermes étaient plus proches des bolets que des lycoperdons, avec les notions de convergence et tout le tintouin, eh bien ils ont compris ! Il ne faut pas prendre le grand public pour plus bête qu'il n'est, on peut leur parler de lait sans commencer par dire "lolo".

En quoi serait-il gênant pour les scientifiques de mettre à leur place correcte sur leurs arbres phylogénétiques les anciens noms des champignons plutôt que des nouveaux noms ? C'est au fond cela que je ne comprends pas... c'est à l'amateur de s'adapter... Pourquoi pas aux professionnels de s'adapter aux amateurs, en sens inverse ?

Il n'est pas question d'adapter l'un à l'autre, ou réciproquement, mais d'accepter les deux, parallèlement. Un exemple que j'ai déjà cité, ce sont les daurades : il y avait une vingtaine d'espèces qui ont été regroupées par Linné dans le genre sparus. Aujourd"hui, il y a plus de 400 espèces de daurades, regroupées ( ou divisées..) en 38 genres ( j'imagine le tollé si quelqu"un organisait les 400 russules en 38 genres ;o)))) ), au sein de plusieurs sous-familles et d'une famille. Eh bien les non-spécialistes et le grand public ignore superbement les 38 genres, et continuent à dire "daurade", où est le problème ?


Encore une fois, en astronomie, on ne fait pas cela. Il existe des classements d'astres destinés aux échanges entre scientifiques et uniquement à cela, mais on ne touche pas à la nomenclature traditionnelle.

PS : Merci de m'avoir consacré tout ce temps ! J'ai au moins compris ce qui se passe, même si je trouve bien dommage qu'on mélange ainsi les classifications, au lieu de les séparer.
Patrice

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Re: Nouveautés nomenclaturales et taxinomiques

Messagepar Y.Courtieu » 27 août 2019, 16:09

Et moi en rouge :clindoeil:
Pat-ouillard a écrit :J'insère en vert, c'est plus simple

patrice


Y.Courtieu a écrit :Un genre ne doit pas être polyphylétique parce que c'est sa vocation... dis-tu.
Ce n'était pas le cas avant, cela me semble évident. Donc c'est nouveau, cette "vocation". A l'arrivée de la phylogénie, pour résumer,
il a été "plus ou moins décidé" (avec de bonnes raisons, je peux le comprendre) que la vocation du genre était désormais de ne pas être polyphylétique. Je n'aurai rien contre si je n'en voyais les conséquences.

Si je peux me permettre de mettre de grain de sel, l'idée de faire coller la classification aux lignées évolutives est loin d'être récente, elle date de l'officialisation de la théorie de l'évolution ! Dès lors, il fallait regrouper dans un même taxon les espèces proches, au sens de leur affinités évolutives. Darwin lui-même s'est essayé à l'exercice, de façon purement hypothétique. Si on s'est attaché dans un premier temps (19 ème siècle) à des regroupements fondés sur la morphologie, c'est parce qu'on travaillait avec l'idée que plus les espèces se ressemblaient, plus elles devaient être affines; et parce que de toutes façons, on n'avait pas d'autres données à disposition pour justifier les regroupements en genres, familles, etc... C'est au cours du 20 ème siècle que l'on s'est rendu compte que les choses n'étaient pas si simples, dans les secteurs de la biologie où commençaient à se constituer d'imposantes et complètes collections de fossiles permettant de connaître l'histoire des espèces objectivement, et non par déduction ...On s'est rendu compte que les ressemblances, ou dissemblances pouvaient être trompeuses, et conduire à des rapprochements ne correspondant pas aux lignées évolutives. C'est dans les années 50, bien avant l'utilisation de l'ADN, que la cladistique est née, avec l'idée de faire le tri entre les différents types de caractères, partagés, dérivés, ancestraux, et en suivant leurs apparitions et leurs transmissions le long des clades. Toute la terminologie utilisée aujourd'hui ( phylogénie, polyphllie, synapomorphie, etc..) vient de cette époque. le but était encore et toujours de continuer à respecter l'idée que la classification devait refléter les lignées évolutives.
La mycologie était singulièrement absente de ce mouvement, pour la simple raison qu'il n'y a pas de collections de fossiles suffisamment complètes pour être exploitables, aussi les mycologues ont continué de faire de la systématique "à l'ancienne". sur la base des caractères morphologiques contemporains, sans aucune idée du passé. L'arrivée des analyses ADN a permis enfin de fournir à ces derniers des information sur l'évolution, et les affinités évolutives des champignons entre eux. Comme c'est arrivé d'un seul coup, et il y a peu, ça donne une impression de grand chambardement absente en zoologie, où les fossiles avaient déjà depuis longtemps contribué à améliorer la classification. Par exemple on savait bien avant l'ADN que les oiseaux étaient des dinosaures, mais pas des reptiles, catégorie paraphylétique..

Donc non, l'idée qu'un genre doive être monophylétique est loin d'être nouvelle, elle découle directement de la théorie de l'évolution, et est universellement admise depuis longtemps, mais depuis peu en mycologie...
C'est bien ce que j'entendai en disant nouvelle, cela faisait allusion uniquement à la mycologie
Je ne suis pas certain du tout et pour le moment guère convaincu que ce choix ait été judicieux. Il me semble qu'on aurait pu prendre une autre logique. Il a été inventé tout un vocabulaire autour des nouveautés nées de la phylogénie : c'est normal et c'est très bien. Clades, arbres phylogénétiques, marqueurs ITS, etc... Etait-il difficile de créer une notion nouvelle, totalement indépendante de l'ancienne notion de genre et susceptible de remplir la vocation dont tu parles et dont je comprends fort bien la nécessité scientifique ?

Un genre avait pour vocation avant de grouper des espèces ayant un caractère morphologique commun, comme par exemple la texture de la chair et l'absence de latex dans le genre des russules. Pourquoi mélanger ces choses-là avec la génétique ?
L'avantage de conserver cette vocation-là à la notion de genre aurait été de respecter les anciennes classifications qui sont bien plus abordables par le grand public, sans les chambouler de cette façon.
Sur le terrain, je dis quoi aux gens : de regarder la texture de la chair des champignons qu'ils trouvent et la présence ou non de latex ou je leur dis d'envoyer leur champignon au laboratoire ? La réponse me parait claire. Mais comment allons-nous nommer les champignons, si ce n'est plus sur ce type de critère qu'on les nomme ? Quand je vois déjà que le simple emploi du latin rebute les apprentis mycologues en herbe..

Je me demande très sérieusement si tout cela n'est pas en train de couper de façon irréversible l'étude scientifique des champignons de sa base même, celle constituée du ramasseur lambda, qui reste pourtant le plus à même de devenir un futur mycologue.

Pas du tout ! je viens pas plus tard qu'hier d'expliquer à des débutants, pendant la séance de commentaires à l'issu d'une sortie SMf, pourquoi les sclérodermes étaient plus proches des bolets que des lycoperdons, avec les notions de convergence et tout le tintouin, eh bien ils ont compris ! Il ne faut pas prendre le grand public pour plus bête qu'il n'est, on peut leur parler de lait sans commencer par dire "lolo".
C'est très bien et j'ai compris ce qu'on me dit. Cela ne m'empêche pas de... ( voir ci-dessous )

En quoi serait-il gênant pour les scientifiques de mettre à leur place correcte sur leurs arbres phylogénétiques les anciens noms des champignons plutôt que des nouveaux noms ? C'est au fond cela que je ne comprends pas... c'est à l'amateur de s'adapter... Pourquoi pas aux professionnels de s'adapter aux amateurs, en sens inverse ?

Il n'est pas question d'adapter l'un à l'autre, ou réciproquement, mais d'accepter les deux, parallèlement. Un exemple que j'ai déjà cité, ce sont les daurades : il y avait une vingtaine d'espèces qui ont été regroupées par Linné dans le genre sparus. Aujourd"hui, il y a plus de 400 espèces de daurades, regroupées ( ou divisées..) en 38 genres ( j'imagine le tollé si quelqu"un organisait les 400 russules en 38 genres ;o)))) ), au sein de plusieurs sous-familles et d'une famille. Eh bien les non-spécialistes et le grand public ignore superbement les 38 genres, et continuent à dire "daurade", où est le problème ?
Effectivement, je suis tout à fait d'accord ! On ne m'empêchera donc pas d'ignorer superbement tous les nouveaux genres de bolet : où est le problème ?

Encore une fois, en astronomie, on ne fait pas cela. Il existe des classements d'astres destinés aux échanges entre scientifiques et uniquement à cela, mais on ne touche pas à la nomenclature traditionnelle.

PS : Merci de m'avoir consacré tout ce temps ! J'ai au moins compris ce qui se passe, même si je trouve bien dommage qu'on mélange ainsi les classifications, au lieu de les séparer.
Yves
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castor74
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Re: Nouveautés nomenclaturales et taxinomiques

Messagepar castor74 » 27 août 2019, 17:32

Je n’utilise et n’utiliserai pas les nouveaux noms de genres de bolets. Qu’on se le dise. Outre leur côté ridicule, et ça c’est encore un autre problème, j’ai pour souci de me faire comprendre du plus grand nombre. Un Boletus, même si on l’affuble aujourd’hui de noms tarabiscotés comme Butyriboletus ou Suillelus, restera un bolet, repérable sur le terrain sans passer par des clades abscons et imbuvables. Il est beaucoup plus important pour moi de faire remarquer aux débutants que certains ont un réseau, une base betterave ou des petits points rouges sur le pied. Le reste c’est des complications de spécialistes et du bla-bla universitaire.
http://www.francini-mycologie.fr/index.htmlMyco-botaniste passionné!Nikon D90 - F-S DX 18-200 mm f:3,5/5,6 G ED VRII - AF-S Nikkor 105 mm macro f:2.8 G ED - Micro Nikkor 60 mm f:2.8

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Fouad
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Re: Nouveautés nomenclaturales et taxinomiques

Messagepar Fouad » 27 août 2019, 17:49

castor74 a écrit :Je n’utilise et n’utiliserai pas les nouveaux noms de genres de bolets. Qu’on se le dise. Outre leur côté ridicule, et ça c’est encore un autre problème, j’ai pour souci de me faire comprendre du plus grand nombre. Un Boletus, même si on l’affuble aujourd’hui de noms tarabiscotés comme Butyriboletus ou Suillelus, restera un bolet, repérable sur le terrain sans passer par des clades abscons et imbuvables. Il est beaucoup plus important pour moi de faire remarquer aux débutants que certains ont un réseau, une base betterave ou des petits points rouges sur le pied. Le reste c’est des complications de spécialistes et du bla-bla universitaire.


Je suis assez d'accord avec tout ce que tu dis Laurent, et je comprends - et ressens - le plaisir dont tu parles :clindoeil: Mais à mon avis, un cuisinier ne parlera pas de la même manière d'un foie ou d'une panse qu'un gastro-entérologue.

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Re: Nouveautés nomenclaturales et taxinomiques

Messagepar castor74 » 27 août 2019, 17:58

Fouad a écrit :
castor74 a écrit :Je n’utilise et n’utiliserai pas les nouveaux noms de genres de bolets. Qu’on se le dise. Outre leur côté ridicule, et ça c’est encore un autre problème, j’ai pour souci de me faire comprendre du plus grand nombre. Un Boletus, même si on l’affuble aujourd’hui de noms tarabiscotés comme Butyriboletus ou Suillelus, restera un bolet, repérable sur le terrain sans passer par des clades abscons et imbuvables. Il est beaucoup plus important pour moi de faire remarquer aux débutants que certains ont un réseau, une base betterave ou des petits points rouges sur le pied. Le reste c’est des complications de spécialistes et du bla-bla universitaire.


Je suis assez d'accord avec tout ce que tu dis Laurent, et je comprends - et ressens - le plaisir dont tu parles :clindoeil: Mais à mon avis, un cuisinier ne parlera pas de la même manière d'un foie ou d'une panse qu'un gastro-entérologue.

La comparaison est assez juste. Je préfère néanmoins la poésie du cuisinier à la froide détermination du chirurgien, qui est chargé de comprendre comment ça marche pour réparer les dommages. Le cuisinier, lui, aura pour souci de rendre ses clients heureux et satisfaits avec sa cuisine. Alors je serai le cuisinier. :grandsourire:
http://www.francini-mycologie.fr/index.htmlMyco-botaniste passionné!Nikon D90 - F-S DX 18-200 mm f:3,5/5,6 G ED VRII - AF-S Nikkor 105 mm macro f:2.8 G ED - Micro Nikkor 60 mm f:2.8

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Pat-ouillard
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Re: Nouveautés nomenclaturales et taxinomiques

Messagepar Pat-ouillard » 27 août 2019, 19:03

Y.Courtieu a écrit :Et moi en rouge :clindoeil:
Pat-ouillard a écrit :J'insère en vert, c'est plus simple

patrice




ou est le problème ?

Il n'y en n'a pas, mais tu changes de discours. Jusqu'ici, tu contestais la légitimité de la classification actuelle, et celle des nouveaux noms, tu étais donc loin de les ignorer superbement...
Patrice


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