[Gliophorus irrigatus] Pour passer l'hiver 8 - Dans les prairies maigres

Rubrique pour apprendre en s'amusant. On poste des photos de champignons déjà déterminés sans en donner le nom...
Règles du forum
Règle du jeu
Proposez des photos de champignons que vous avez identifiés avec certitude, avec autant d'indices que vous voulez.

Les autres membres chercheront à résoudre l'énigme en s'efforçant de poser des questions.

Titre du sujet
une fois l'énigme résolue, renommez le sujet suivant la convention suivante : [Genre espèce] Titre d'origine.
NSchwab
Messages : 437
Enregistré le : 08 sept. 2017, 17:24
Localisation : Renan, BE (Suisse)

Re: [Gliophorus irrigatus] Pour passer l'hiver 8 - Dans les prairies maigres

Messagepar NSchwab » 01 févr. 2019, 15:31

ghislaine a écrit :Ma question est simple: comment faire pour chercher un Hygrocybe qui devient un Gliophorus, qu'es-ce qui m'amène à e nom Gliophorus???) :triste:

La question est simple, mais malheureusement pas la réponse.

Le genre Gliophorus est un genre qui fut érigé par Josef Herink en 1958 pour accomoder Gliophorus psittacinus (hygrophore perroquet). Puis, les mycologues du monde entier ont soit reconnu ou non l'existence de ce genre. Le consensus établi fut que toutes ces espèces appartenaient simplement au genre Hygrocybe. Par la suite, diverses études phylogénétiques sont venues tout chambouler. Il est maintenant avéré que les espèces du groupe de Gliophorus psittacinus sont en réalité très distantes d'Hygrocybe conica, le type du genre Hygrocybe (Babos et al., 2011). Le type est en quelque sorte un "modèle" qui montre aux mycologues les critères qui corresponde au genre. Si les critères en sont trop éloignés, on peut le transférer dans un autre genre dans lequel le type lui va mieux. A l'époque, les mycologues se penchaient d'avantage sur certains critères et cela change avec le temps.

Il s'avère qu'Hygrocybe conica et Gliophorus psittacinus se trouvent dans des clades différents éloignés. Un clade, c'est un groupe de taxons qui doivent tous obligatoirement contenir un ancêtre commun et toutes les espèces dans le clade doivent descendre de cet ancêtre. On a découvert que ces derniers n'ont pas cet ancêtre commun, du moins pas au rang générique. Et oui, car si l'ont appliquait la définition de cette manière, l'être humain pourrait appartenir au même clade que le chêne, le cèpe de Bordeaux et le poisson-chat. Pour éviter ce problème, ont réduit l'échelle de l'évolution (on zoome sur une partie). En allant jusqu'au genre, on remarque que ces deux hygrocybes ne sont pas dans la même image ! C'est à dire qu'il n'appartiennent pas au même genre. Et pour montrer cette différence, on a réhabilité le genre Gliophorus. Il se trouve auprès du genre Cuphophyllus, Neohygrocybe et Porpolomopsis. Ça, c'est le côté évolutif, maintenant allons voir du côté pratique.

Le côté pratique est très complexe à définir. La seule différence apparente serait l'absence d'un type de pigment que l'on nomme muscaflavine, que l'on retrouve notamment dans l'amanite tue-mouche, d'où son nom (Bresinsky & Kronawitter, 1986). Nous savons que la muscaflavine donne une couleur jaune ou orange au champignon, mais Gliophorus psittacinus, Gliophorus europerplexus, Gliophorus reginae, Cuphophyllus pratensis et d'autres peuvent prendre ces couleurs sans ce pigment. Et on ne peut pas non plus dire qu'il suffit de ne pas être de cette couleur pour en faire partie. Il existe plusieurs Hygrocybe sensus stricto blancs, comme Hygrocybe subalba et Hygrocybe konradii var. albofuscescens, mais ils sont plutôt rares et semblent être des formes albiniques d'espèces déjà connues. Il faut donc l'apprendre par cœur, jusqu'à ce que l'on trouve d'autres différences.
Le champignon le plus meurtrier n'est pas l'amanite phalloïde, mais bel et bien le champignon nucléaire.

ghislaine
Messages : 2422
Enregistré le : 07 sept. 2010, 15:25

Re: [Gliophorus irrigatus] Pour passer l'hiver 8 - Dans les prairies maigres

Messagepar ghislaine » 01 févr. 2019, 16:06

Je te remercie de ces explications très complètes qui permet de comprendre un peu mieux.
Des fois j'ai la nostalgie des détermination d'antan, mais les recherches d'aujourd'hui sont vraiment plus précises.
Merci encore.

Avatar du membre
Y.Courtieu
Messages : 12735
Enregistré le : 28 oct. 2012, 18:14
Localisation : Haute-Savoie
Contact :

Re: [Gliophorus irrigatus] Pour passer l'hiver 8 - Dans les prairies maigres

Messagepar Y.Courtieu » 01 févr. 2019, 16:41

NSchwab a écrit :Un clade, c'est un groupe de taxons qui doivent tous obligatoirement contenir un ancêtre commun et toutes les espèces dans le clade doivent descendre de cet ancêtre.

Une question m'intéresse vivement. Elle est rarement posée, semble-t-il.
Qu'est-ce qui, quand on fait de la biologie moléculaire, permettrait d'affirmer que deux êtres vivants ont un ancêtre commun ?
Je mets au conditionnel parce que je suis dubitatif. Pourquoi ?
a) Parce que ces définitions m'apparaissent très mathématiques... trop, pour tout dire...
Les mathématiques n'ont rien à voir avec ce qui est vivant (tout au moins quand on en reste à la théorie et non aux applications).
b) La preuve d'un ancêtre commun relève tout autant des similitudes constatées sur le plan de l'ADN que celles sur le plan fonctionnel:
exemple : les vertébrés ont une partie commune dans leur ADN
Mais ils ont aussi tous un squelette, des vertèbres. Pourquoi faire semblant de l'oublier ?
Yves
Quand ils auront coupé le dernier arbre, sali le dernier ruisseau, pêché le dernier poisson, alors ils s'apercevront que l'argent ne se mange pas (Sitting Bull)

Avatar du membre
Fouad
Messages : 5192
Enregistré le : 10 juin 2014, 18:06
Localisation : Alsace-Vosges

Re: [Gliophorus irrigatus] Pour passer l'hiver 8 - Dans les prairies maigres

Messagepar Fouad » 01 févr. 2019, 18:27

Bonsoir,
Il me semble que l'étude de l'ADN des êtres vivants vient en complément d'un travail préalable de systématique, et non pas le contraire.

Avatar du membre
Y.Courtieu
Messages : 12735
Enregistré le : 28 oct. 2012, 18:14
Localisation : Haute-Savoie
Contact :

Re: [Gliophorus irrigatus] Pour passer l'hiver 8 - Dans les prairies maigres

Messagepar Y.Courtieu » 01 févr. 2019, 19:27

Fouad a écrit :Bonsoir,
Il me semble que l'étude de l'ADN des êtres vivants vient en complément d'un travail préalable de systématique, et non pas le contraire.

Je pense que ce que tu dis est souhaitable, mais je ne suis pas certain qu'on ne l'oublie pas quelque peu :razz:
Yves
Quand ils auront coupé le dernier arbre, sali le dernier ruisseau, pêché le dernier poisson, alors ils s'apercevront que l'argent ne se mange pas (Sitting Bull)

NSchwab
Messages : 437
Enregistré le : 08 sept. 2017, 17:24
Localisation : Renan, BE (Suisse)

Re: [Gliophorus irrigatus] Pour passer l'hiver 8 - Dans les prairies maigres

Messagepar NSchwab » 01 févr. 2019, 20:49

Y.Courtieu a écrit :
NSchwab a écrit :Un clade, c'est un groupe de taxons qui doivent tous obligatoirement contenir un ancêtre commun et toutes les espèces dans le clade doivent descendre de cet ancêtre.

Une question m'intéresse vivement. Elle est rarement posée, semble-t-il.
Qu'est-ce qui, quand on fait de la biologie moléculaire, permettrait d'affirmer que deux êtres vivants ont un ancêtre commun ?
Je mets au conditionnel parce que je suis dubitatif. Pourquoi ?
a) Parce que ces définitions m'apparaissent très mathématiques... trop, pour tout dire...
Les mathématiques n'ont rien à voir avec ce qui est vivant (tout au moins quand on en reste à la théorie et non aux applications).
b) La preuve d'un ancêtre commun relève tout autant des similitudes constatées sur le plan de l'ADN que celles sur le plan fonctionnel:
exemple : les vertébrés ont une partie commune dans leur ADN
Mais ils ont aussi tous un squelette, des vertèbres. Pourquoi faire semblant de l'oublier ?


Je vais essayer de répondre à tes interrogations avec le plus de précision possible, même si dans la réalité c'est un beaucoup plus complexe.

Tous les êtres vivants ont au moins une partie d'ADN en commun, car ils descendent du LUCA (last universal common ancester). Mais si actuellement nous faisons pas que de l'étude morphologique, c'est à cause de son imprécision sur un point : les convergences évolutives. L'exemple le plus cité est celui des oiseaux, des chauves-souris et des papillons. Ils ont tous des ailes, mais pourtant ne sont pas "apparentés" ou du moins moins pas dans un voisinage immédiat. Si on créait un groupe "animaux ailés", il serait polyphylétique. C'est à dire que dans le groupe, leur ancêtre commun le plus récent n'est pas inclus dans le groupe. Cela pose un problème car il y a donc un vide, d'une taille indéfinie dans l'histoire évolutive de ces animaux. Pour nos hygrophores, leurs lames grasses et espacées, leur chapeau plus ou moins visqueux et leurs spores similaires peuvent être dus à deux facteurs. Soit ils l'ont hérité de leur ancêtre commun ou l'ont acquis suite à une évolution similaire. Exposé à des conditions semblables, l'évolution peut être semblable suite aux adaptations écologiques. Et comme ceux-ci poussent également dans les prairies maigres, nous pouvons imaginer qu'ils ont été exposé à des situations identiques.

De plus, une "espèce" n'est pas fixe. En police scientifique, ce n'est pas pour rien que l'on arrive à identifier les individus grâce à leur ADN. Tous les humains ont des parties d'ADN en commun. Mais ce n'est pas toujours les mêmes, mais il existe des parties presque immuables au sein d'une espèce. L'objectif du barcoding mycologique est de réunir une partie d'ADN qui diverge facilement chez les espèces et de réunir une grande quantité de collections afin de statistiquement voir lesquelles se ressemble le plus. Comme il s'agit de statistique, plus le nombre de séquences comparées est grand, plus précis en sera le résultat.

Il me semble que beaucoup de mycologues confondent le terme d'espèce et de phénotype. Il faut faire attention, par contre au fait que ces termes sont souvent mal utilisés. Je vais les définir comme ils le sont en mycologie :
Une nothoespèce (insertion du caractère '×' devant l'épithète) représente une espèce d'origine hybride. C'est rare en mycologie, mais on le retrouve notamment chez le genre Phytophthora. Exemple : Phytophthora ×alni.
Une sous-espèce (subsp.) représente une population infraspécifique monophylétique de manière géographique ou écologique. Exemple : Amanita muscaria subsp. europaea.
Une variété (var.) représente une population infraspécifique monophylétique présentant un caractère commun. Exemple : Amanita muscaria var. inzengae.
Une forme (f.) représente une population infraspécifique polyphylétique présentant un caractère commun. Exemple : Amanita muscaria f. puella.
Tous les taxons cités précédemment ont une chose en commun : ils peuvent se reproduire ensemble. A l'exception de la nothoespèce qui peut parfois être stérile, mais ses hyphes ne "repoussent" pas ceux de ses espèces d'origines. Nous allons exclure le cas des nothoespèces pour nous simplifier la tâche par la suite.

Si l'on prend la hiérarchie des taxons infragénériques cela nous donnerait cela :
espèce (species) ; officiellement reconnu par l'IAPT
sous-espèce (subspecies) ; officiellement reconnu par l'IAPT
variété (varietas) ; reconnu à titre indicatif par l'IAPT
sous-variété (subvarietas) ; reconnu à titre indicatif par l'IAPT
forme (forma) ; reconnu à titre indicatif par l'IAPT
sous-forme (subforma) ; reconnu à titre indicatif par l'IAPT

Donc si nous reprenons ce qui a été dit auparavant, un phénotype peut se cacher partout dans les rangs infraspécifiques. C'est donc pour cela que certaines espèces ne sont plus reconnues, elles font partie de la variabilité de l'espèce. Comme Leccinum nucatum qui n'est qu'un Leccinum holopus au chapeau brun noisette. Cela est équivalent à la couleur de peau chez Homo sapiens, mais pourtant les personnes à la couleur "blanche", "noire" ou "jaune" font partie de la même espèce car ils peuvent tous avoir une descendance viable par reproduction sexuée et naturelle. Et voici un autre problème qui pointe le bout de son nez... Comment définir le terme "naturel" ? Nous dirons ici que la reproduction se fera sans intervention externe, car les greffes et les clones ne peuvent pas créer de nouvelles espèces. Par clones, nous entendons les copies conformes à l'ADN originaires du parent, sans modification ni mutation.

Maintenant, nous allons discuter du processus de création des espèces : la spéciation. Une espèce se crée à partir du moment où l'ADN d'une population n'est plus compatible avec celle de son espèce d'origine. L'espèce va alors progresser dans une évolution parallèle (ou disparaître) et peut-être en créer de nouvelles à son tour et ainsi de suite.

Comment se peut-il qu'une espèce ne soit compatible avec une autre ? On peut faire l'analogie avec une clé de serrure. Si on la modifie un peu en la limant ou en y ajoutant de la pâte à modeler, si on lime un peu trop ou que l'on ajoute trop de pâte, elle n'ouvre plus la serrure. Et ces ajouts et suppressions, ce sont les mutations. Reprenons l'amanite tue-mouche. Si les gènes servant à "mouler" le métabolisme créant les pigments oranges disparaissent, cela ne va pas empêcher le champignon de survivre et de créer une descendance viable. Ainsi, la descendance de celle-ci va conserver ou non ce gène (en fonction de sa dominance, on dit récessif pour le plus faible et dominant pour le plus fort). Mais cela n'exclut pas sa transmission. Ainsi, il y a toujours une chance de transmettre ce gène à sa descendance et qui pour finir peut se retrouver avec la même caractéristique plusieurs générations après. Nous avons aussi vu que les sous-espèces sont souvent affiliés à une zone géographique, tout cela est également de la statistique, comme pour la transmission des gènes. Dans une zone géographique restreinte, les mêmes mutations ont plus de chance de se retrouver et de refaire émerger un caractère. Il faut noter que caractère n'est pas synonyme de critère de détermination.

Ainsi avec la phylogénie moléculaire, on recrée ce processus de manière informatique en y introduisant des modifications aléatoirement afin de voir si l'espèce est viable en tentant plein de combinaisons. Voici pourquoi on utilise autant de mathématiques dans ce domaine "organique".

J'espère ne pas avoir pas trop fait d'erreurs (n'hésitez pas à me corriger et à me poser des questions) et merci d'avoir lu ce très long message.

Edit :
Un caractère qui pourrait paraître aussi évident que le type d'hyménium peut nous conduire à des mauvais genres. Citons quelques exemples :
Hygrocybe aphylla, qui est un hygrocybe sans lames (image).
Des champignons normalement lamellés qui ont un hyménium porioïde, ici Stropharia coronilla (image).
Mycena indigotica, une mycène bleue à l'hyménium poré (image).
Russula ammophila, une russule en phase de transition vers les truffes (image).
Modifié en dernier par NSchwab le 01 févr. 2019, 23:34, modifié 5 fois.
Le champignon le plus meurtrier n'est pas l'amanite phalloïde, mais bel et bien le champignon nucléaire.

Avatar du membre
Nommo
Messages : 2977
Enregistré le : 18 août 2017, 18:36
Localisation : Gard

Re: [Gliophorus irrigatus] Pour passer l'hiver 8 - Dans les prairies maigres

Messagepar Nommo » 01 févr. 2019, 21:23

La mycologie y perd sans doute un peu de sa poésie... mais quelle démonstration !
Bravo l’artiste. :clindoeil:
Modifié en dernier par Nommo le 02 févr. 2019, 01:36, modifié 1 fois.
Le mystère éternel du monde c’est son intelligibilité.(Einstein,1936).

ghislaine
Messages : 2422
Enregistré le : 07 sept. 2010, 15:25

Re: [Gliophorus irrigatus] Pour passer l'hiver 8 - Dans les prairies maigres

Messagepar ghislaine » 01 févr. 2019, 21:44

Là j'en ai pour 3jours à comprendre.
Merci pour ces explications et réponses.

NSchwab
Messages : 437
Enregistré le : 08 sept. 2017, 17:24
Localisation : Renan, BE (Suisse)

Re: [Gliophorus irrigatus] Pour passer l'hiver 8 - Dans les prairies maigres

Messagepar NSchwab » 01 févr. 2019, 21:49

ghislaine a écrit :Là j'en ai pour 3jours à comprendre.
Merci pour ces explications et réponses.

Tu peux poser des questions. :grandsourire:
Le champignon le plus meurtrier n'est pas l'amanite phalloïde, mais bel et bien le champignon nucléaire.

Avatar du membre
Lilian
Messages : 1410
Enregistré le : 03 juin 2018, 11:23
Localisation : Hérault (& Aveyron assez souvent)

Re: [Gliophorus irrigatus] Pour passer l'hiver 8 - Dans les prairies maigres

Messagepar Lilian » 01 févr. 2019, 21:53

Merci pour cet exposé magistral, NSchwab...

NSchwab
Messages : 437
Enregistré le : 08 sept. 2017, 17:24
Localisation : Renan, BE (Suisse)

Re: [Gliophorus irrigatus] Pour passer l'hiver 8 - Dans les prairies maigres

Messagepar NSchwab » 01 févr. 2019, 21:54

Lilian a écrit :Merci pour cet exposé magistral, NSchwab...

De rien ! :grandsourire:
Le champignon le plus meurtrier n'est pas l'amanite phalloïde, mais bel et bien le champignon nucléaire.

Avatar du membre
Andgelo
Messages : 4043
Enregistré le : 29 avr. 2013, 17:08
Localisation : Doubs
Contact :

Re: [Gliophorus irrigatus] Pour passer l'hiver 8 - Dans les prairies maigres

Messagepar Andgelo » 01 févr. 2019, 22:01

Impressionnant en tout cas... Nicolas, tu n'est toujours pas passé par la case ''présentation", on veut en savoir un peu plus sur toi. :sourire:

Une question, pourquoi irrigatus et non unguinosus ? Je me demande pourquoi les auteurs ont passé les deux épithètes dans le nouveau genre Gliophorus sans se demander si c'est la même espèce ou pas.

Un peu comme les Paralepista... L. inversa, flaccida et gilva ont été recombiné dans le genre nouveau mais on n'a toujours pas la preuve que ce sont des espèces différentes...
J'ai l'impression que pour certains auteurs, il est plus important de créer des nouveaux genres (ce qui peut être (et même souvent) légitime, je n'en doute point) mais que les affinités entre espèces jouent un second rôle. Une sorte de course, quoi...

Andgelo

NSchwab
Messages : 437
Enregistré le : 08 sept. 2017, 17:24
Localisation : Renan, BE (Suisse)

Re: [Gliophorus irrigatus] Pour passer l'hiver 8 - Dans les prairies maigres

Messagepar NSchwab » 01 févr. 2019, 22:02

Fouad a écrit :Bonsoir,
Il me semble que l'étude de l'ADN des êtres vivants vient en complément d'un travail préalable de systématique, et non pas le contraire.

Malheureusement, pas forcément... Ce serait l'idéal, mais parfois, il est impossible de ne pas y avoir recours. C'est le cas d'une énorme quantité de micromycètes et des groupes de macromycètes extrêmement compliqués comme les Gyroporus, les Lactocollybia et les Mollisia pour ne citer qu'eux. Bien sûr, dans ces groupes il y a des espèces qui sont bien caractérisées, mais c'est une minorité.
Le champignon le plus meurtrier n'est pas l'amanite phalloïde, mais bel et bien le champignon nucléaire.

NSchwab
Messages : 437
Enregistré le : 08 sept. 2017, 17:24
Localisation : Renan, BE (Suisse)

Re: [Gliophorus irrigatus] Pour passer l'hiver 8 - Dans les prairies maigres

Messagepar NSchwab » 01 févr. 2019, 22:56

Andgelo a écrit :Impressionnant en tout cas... Nicolas, tu n'est toujours pas passé par la case ''présentation", on veut en savoir un peu plus sur toi. :sourire:

Une question, pourquoi irrigatus et non unguinosus ? Je me demande pourquoi les auteurs ont passé les deux épithètes dans le nouveau genre Gliophorus sans se demander si c'est la même espèce ou pas.

Un peu comme les Paralepista... L. inversa, flaccida et gilva ont été recombiné dans le genre nouveau mais on n'a toujours pas la preuve que ce sont des espèces différentes...
J'ai l'impression que pour certains auteurs, il est plus important de créer des nouveaux genres (ce qui peut être (et même souvent) légitime, je n'en doute point) mais que les affinités entre espèces jouent un second rôle. Une sorte de course, quoi...

Andgelo

Ah, oui ! Ma présentation ! Je la ferai après t'avoir répondu. :lol:
Gliophorus unguinosus a été transféré dans le genre Gliophorus dès 1958, donc logiquement il devrait avoir la priorité d’antériorité. Mais non. Voici l'explication :
La raison est que A.M. Ainsw. & P.M. Kirk ont recombiné l'espèce Hygrophorus irrigatus décrite par Elias Fries en 1838, qui n'avait pas encore été recombiné dans le genre Gliophorus. Mais ont ensuite fait tomber le Gliophorus unguinosus de Herink en synonymie avec leur Gliophorus irrigatus. Ce tour de passe-passe leur permet ainsi de devenir les autorités pour ce nom et qu'ainsi on conserve le leur. Qui est bien évidemment suivi par leurs initiales et noms de famille.

Tu vois juste. Certains auteurs s'intéresse plus aux genres qu'aux espèces, car ainsi, ils ont parfois la chance de recombiner massivement des genres. Comme vu précédemment, ces noms sont suivi par leurs abréviations d'autorité. Cela tourne un peu dans l'égocentrisme, mais cela crée une sorte de concurrence chez eux et provient aussi de la peur naturelle chez l'homme de tomber dans l'oubli.
stat.png
Graphique montrant les noms conservés jusqu'à l'heure actuelle de 6844 espèces de basidiomycètes, travail non publié.


Analyse :
On voit un premier petit pic en 1801 dû aux noms publiés par Persoon dans son Synopsis Methodica Fungorum.
Le deuxième en 1821 est dû aux noms publiés par E.M. Fries dans son Systema Mycologicum.
Le troisième en 1838 est dû aux noms publiés par E.M. Fries dans son Epicrisis Systematis Mycologici.
Le quatrième en 1871 est dû aux noms publiés par P. Kummer dans son Der Führer in die Pilzkunde.

S'en suit de nombreux ouvrages restés dans les mémoires, mais trois pics se démarquent du reste.

Celui de 1984 est dû à la publication de plusieurs ouvrages contenant de nombreuses nouvelles combinaisons et espèces, notamment par M. Noordeloos, P.D. Orton, M.M. Moser, etc.
Celui de 2001 est très intéressant, il est essentiellement dû à la recombinaison des espèces de Coprinus dans les genres Parasola, Coprinopsis et Coprinellus.
Celui de 2016 est dû au même phénomènes mais dans plein de plus petits genres.
La chute à la fin est due aux fait que tous les noms ont été enregistrés pour l'instant dans la plupart des bases de données.
Le champignon le plus meurtrier n'est pas l'amanite phalloïde, mais bel et bien le champignon nucléaire.

Avatar du membre
castor74
Messages : 10893
Enregistré le : 23 sept. 2011, 17:11
Localisation : La Yaute - Haute-Savoie (la «vraie» Savoie) ;-)
Contact :

Re: [Gliophorus irrigatus] Pour passer l'hiver 8 - Dans les prairies maigres

Messagepar castor74 » 02 févr. 2019, 07:47

Partout, et toujours, la vanité humaine. C’est ça qui a fini par me fatiguer... :mad:
http://www.francini-mycologie.fr/index.htmlMyco-botaniste passionné!Nikon D90 - F-S DX 18-200 mm f:3,5/5,6 G ED VRII - AF-S Nikkor 105 mm macro f:2.8 G ED - Micro Nikkor 60 mm f:2.8


Retourner vers « Jeu du Qui suis-je ? »

Qui est en ligne

Utilisateurs parcourant ce forum : Aucun utilisateur enregistré et 3 invités