L'étymologie n'aide pas, il n'y a effectivement aucune nécessité de mettre deux r, toutefois l'auteur (Basch) aurait pu se le permettre, l'adjectif étant bâti de toutes pièces... mais en l'occurrence il a écrit Agaricus microrhizus.
Donc, sauf décision d'une autorité supérieure, l'orthographe est bien microrhiza. Tant mieux, c'est celle que donne notre base GBIF.
Jplm