Je suis désolé de revenir sur le sujet, mais cette façon de clôturer en m'accusant d'être incapable de débattre est pour le moins déplaisante.
Alors je reviens au point de départ :
Jean-Michel Bellanger dit :
"J’en pense que c’est une erreur que de vouloir tirer des conclusions taxinomiques sur la base de pourcentages d’identité de séquence, surtout en comparant des séquences deux à deux. Sur un plan conceptuel, il me semble erroné de confondre phylogénie et taxinomie. Un pourcentage de support de branche ou un pourcentage d’identité de séquence sont des infos phylogénétiques. L’interprétation qu’on en fait en taxinomie est comme le nom l’indique une interprétation."
Au cas où tu ne l'aurais pas compris : JE SUIS D'ACCORD AVEC CE QUI EST DIT !
Par contre, ce que moi je ne comprends pas, c'est votre perpétuelle méfiance face au progrès apporté par les outils d'analyse des séquences ADN.
Et comme n'est pas Guillaume qui veut, je préfère citer un de ses messages d'un autre sujet avec cet éternel "débat" :
quote="Guillaume Eyssartier" post_id=199740 time=1566990358 user_id=1249
Un genre ne doit pas être polyphylétique parce que c'est sa vocation... dis-tu.
Ce n'était pas le cas avant, cela me semble évident. Donc c'est nouveau, cette "vocation". A l'arrivée de la phylogénie, pour résumer,
il a été "plus ou moins décidé" (avec de bonnes raisons, je peux le comprendre) que la vocation du genre était désormais de ne pas être polyphylétique. Je n'aurai rien contre si je n'en voyais les conséquences.
Je ne sais pas, Yves, quelle période tu désignes exactement en écrivant "ce n'était pas le cas avant" et "à l'arrivée de la phylogénie", mais je replacerais le débat historiquement en rappelant que l'idée qu'un genre doit être constitué d'espèces ayant une parenté directe commune est née... en 1859, avec l'ouvrage L'Origine des espèces, de Charles Darwin. Depuis cette date, et comme je pense déjà l'avoir dit, le cahier des charges de la classification a changé : il s'agit de rendre compte des affinités naturelles réelles des espèces, et il n'existe qu'une seule classification susceptible de répondre à ce cahier des charges. Ce n'est donc pas récent, et cette recherche de la meilleure classification possible est bien antérieure à l'arrivée de la phylogénie dite "moléculaire", qui a "simplement" permis de grandes avancées dans la localisation des ressemblances fortuites et trompeuses que sont les convergences et les réversions (souvent groupées sous le nom d'homoplasies).
En résumé, nous avons, depuis Darwin et en supposant que nous adhérons à la Théorie de l'évolution, le choix entre une classification et une nomenclature évolutionnistes, qui rendent compte des progrès de la connaissance de l'évolution des groupes d'espèces (cela ne veut pas dire qu'elle soit définitive, elle est simplement la meilleure possible à un instant "t" de la connaissance), et de nombreuses autres classifications et nomenclatures, qui se valent toutes puisqu'elles ne sont pas falsifiables, que l'on pourrait qualifier de "pragmatiques". Si l'on choisit de ne pas rendre compte de l'évolution, c'est-à-dire de choisir une nomenclature qui ne rend pas compte de la place des espèces au sein d'un arbre évolutif, laquelle choisir ? Et pourquoi choisir justement celle qui est pratique pour nous, puisque c'est celle que nous avons en mémoire ? Il y en a évidemment de beaucoup plus pratiques, sans même parler de toutes celles que l'on peut encore imaginer... Sur quels critères la définir si l'on souhaite réellement communiquer avec le pus grand nombre et faire de la pédagogie ?
Tu écris aussi :
Sur le terrain, je dis quoi aux gens : de regarder la texture de la chair des champignons qu'ils trouvent et la présence ou non de latex ou je leur dis d'envoyer leur champignon au laboratoire ? La réponse me parait claire. Mais comment allons-nous nommer les champignons, si ce n'est plus sur ce type de critère qu'on les nomme ?
Là, c'est une incompréhension fondamentale qui apparaît : jamais, depuis le début de la mycologie, les critères morphologiques de distinction des genres (et des espèces !) n'ont été aussi clairs et pertinents qu'aujourd'hui, et ce depuis l'avènement de la phylogénie moléculaire. (...)
[/quote]
