Bonjour Guillaume, merci pour ta réponse. J'essaie – apparemment vainement – de me faire une idée de tout ça en lisant (beaucoup) et en écoutant ceux qui en savent plus que moi. Je dois reconnaître que les avis sont, et c'est le moins que l'on puisse dire, extrêmement partagés... J'ai lu récemment ceci: https://controversciences.org/reference ... -barcoding
À ma connaissance, les avis ne sont guère partagés... à partir du moment où l'on parle de la même chose. Nous sommes tous d'accord (ou presque) sur le barcoding : mais le barcoding n'est qu'un moyen rapide de placer une espèce à côté d'une autre, parfois de l'identifier quand on a un peu l'habitude des procédure. Ce n'est en aucun cas une technique utilisée pour faire de la phylogénie moléculaire, dont les concepts et les méthodes sont radicalement différents. As-tu téléchargé notre article ?
Pour te donner un exemple, nous avons sous presse un article sur un nouveau Chromosera, que Patrice Tanchaud a déniché : en macro et en micro les différences étaient tellement subtiles avec les espèces déjà décrites que l'on ne savait pas quelles conclusions en tirer (chapeau un peu plus strié, spores très légèrement différentes, etc.). S'agissait-il d'une nouvelle espèce ou d'une simple variation ? La séquence ITS (donc du barcoding) ne nous a pour ainsi dire rien apporté : les différences étaient faiblardes avec les autres espèces... Alors on est passé à de la phylogénie, et ajouté des récoltes de "notre" espèce, ainsi que d'autres séquences que les ITS. Et là, tout est devenu clair :
Tu vois comme les trois récoltes se groupent et se distinguent nettement des autres espèces, alors que le simple barcoding était inefficace ?
Nous nous sommes aussi aperçu que les récoltes de Chromosera cyanophylla se séparaient en deux groupes distincts... l'un pour les récoltes européennes, l'autre pour les récoltes américaines : il y a sans aucun doute deux espèces jusqu'à aujourd’hui confondues 😉 .
Guillaume.
