Y.Courtieu a écritBonjour,
Un grand merci à Nschwab, dont l'intervention, je me permets de le faire remarquer, tâche de se mettre à la portée des ignorants en biologie dont je fais partie sans leur donner de "leçon" et sans souligner cette ignorance. En outre il reconnaît qu'une partie des problèmes que pose la prolifération des nouveaux noms de genre vient tout autant d'une tendance plus ou moins humaine à rechercher la postérité que de véritables exigences scientifiques.
Le ton employé dans cette intervention est à mon sens suffisamment rare pour que je dise à Nicolas : Merci ! 😉
Cela dit, toute cette "technicité" me laisse un peu rêveur.
Tout d'abord, ce sont des statistiques qui jouent, comme je le savais, le plus grand rôle.
J'ai déjà eu l'occasion de dire que pour un mathématicien, les statistiques n'ont jamais valeur de preuve scientifique. Je suis très dubitatif quand on me dit : "une étude scientifique a démontré que..." et que j'apprends qu'il s'agit en réalité d'une étude statistique et non de ce que j'appelle pour ma part une étude scientifique.
La très célèbre Hypothèse de Riemann (en rapport avec les nombres premiers, très utilisés actuellement dans les questions de cryptage, en informatique) est "vérifiée" statistiquement plusieurs milliards de milliards de fois, voire plus.
Elle n'est donc pas prouvée... désolé...
En second lieu, vous me ferez très difficilement croire que l'homme maîtrise parfaitement bien la différence entre avoir un ancêtre commun d'un côté et de l'autre le fait d'avoir suivi des évolutions similaires, dues à l'adaptation à leur milieu, comme les animaux ailés, ou encore comme les poissons et les mammifères marins.
Sur ces domaines, je pense que l'étude morphologique doit conserver toute son importance. Tant mieux si celle-ci est confirmée par l'étude de l'ADN. Mais, il me semble, intuitivement, que gommer l'étude morphologique au seul profit de l'étude de l'ADN serait une erreur. Cette étude morphologique n'a pas attendu l'arrivée de l'ADN pour distinguer un oiseau d'une chauve-souris ou un requin d'un cétacé.
Pour en revenir à l'ADN, si je tente de comprendre ce qui est dit, on nous parle de "marqueurs", de "gênes exprimés", etc... Mais qui choisit ces marqueurs et pourquoi, que signifie qu'un gêne soit dit "exprimé" plutôt que "non exprimé" ?
Qu'est-ce qui prouve qu'on n'oublie pas des éléments importants dans l'ADN ?
Toutes ces questions font certainement l'objet de recherches, je l'imagine, mais peu de vulgarisation simple à comprendre. Trop complexe ? "Ce qui se conçoit bien s'énonce clairement" disait Boileau...
Bref je n'ai pas vraiment compris comment on décide sur la seule base de l'ADN, que des espèces auraient ou non un "ancêtre commun".
Tant que je ne l'aurai pas compris, un doute restera dans ma tête sur le degré véritable de validité de ces méthodes.
C'est vrai que pour un mathématicien la statistique ne fournissent pas de preuves. Mais justement, c'est la définition même du mathématicien ! Il cherche l'exactitude, la précision la plus extrême. Les mathématiciens, physiciens et ingénieurs se charrient souvent entre eux sur ces notions d'exactitude, mais ce n'est pas réellement un problème. Un physicien doit expliquer le comportement de ce qui nous entoure et un ingénieur est mandaté pour faire... un truc qui marche. S'il utilise les 3 premières décimales de π, plutôt que les 130 premières et que ça marche, qu'importe ! La biologie moléculaire n'est pas une science exacte et c'est pour cela qu'il faut faire attention à ne pas trop lui en demander. A partir du moment où des mesures sur le monde réelle interviennent, une inexactitude est créée. Cette science ne permet que d'affiner le résultat des études morphologiques et ne nécessite pas plus de précision que pour réaliser ce travail, peu importe les moyens employés.
Pour ce qui est du choix des marqueurs, les scientifiques y sont allé à tâtons. En cherchant lequel allait le mieux et quelle longueur est la plus adéquate, ils ont trouvé une certaine longueur qui peut différer selon les groupes de champignons et que le meilleur marqueur pour les champignons était la région ITS, mais ce n'est pas la seule utilisée.
Je tiens à préciser tout de même que le séquençage coûte encore très cher et c'est pour cela qu'il se fait toujours en amont d'un travail morphologique, à l'exception de champignons phytopathogènes et des champignons isolés à partir d'échantillonnages, mais qui sont souvent cultivés au préalable. C'est comme ça qu'on arrive à des Neopyrenochaeta telephoni, qui fut isolé à partir d'un frottis sur l'écran d'un téléphone (source). 😆
Un gêne exprimé pour faire simple est un gêne qui est actif. Si le gêne ne l'est pas, on peut s'imaginer qu'il est en pause, en standby. Mais ce n'est pas pour autant qu'il ne va pas se transmettre. Un exemple connu est celui de la couleur de cheveux rousse. Cette couleur de cheveux est dû au fait que l'individu possède deux allèles (version variable d'un gène) sur un chromosome. Mais comme ce gène est récessif ("faible"), il a besoin d'en avoir deux, pour ne pas se faire dominer par l'autre. S'il a ces deux gènes, il va faire muter le gène qui détermine la couleur de peau, la couleur des cheveux et de poils, car il donne la quantité de pigments dans ceux-ci. Du moins, c'est ce que l'on pensait jusqu'à l'année dernière. La science évolue et on a découvert que ce seul gène n'est pas responsable entièrement ces caractères ! En se penchant un peu sur le sujet, c'est assez logique. Dans ce cas, comment expliquer que les roux ont plus fréquemment des couleurs d'yeux bleus, vert ou gris ? Cette science n'en est encore qu'à ses balbutiements et on ne peut pas répondre pour l'instant à ces questions. Parfois, il faut savoir que l'on ne sait pas.
Pour comprendre la notion d'ancêtre commun, c'est assez complexe. Mais on peut le résumer en disant qu'il s'agit d'un pourcentage de similitudes entre les gènes.
Ce qui explique la complexité de cette science, c'est qu'elle est trop jeune. La vulgarisation dans ce domaine n'est pas encore très bien établie et elle évolue trop vite pour créer des supports immuables. Elle est enseignée dans les universités et les lycées, mais tout n'y est pas expliqué. Pour cela, il faut faire partie du corps de recherche.
