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Phaeomarasmius ou apparenté

eddy112358 · 2018-12-18T07:35:37+00:00

Bonjour le forum, Je profite de mon premier message ici pour me présenter brièvement : Eddy, la trentaine, biologiste moléculaire côté boulot, fana d'ascomycètes à mes heures perdues et... quelquefois par certains basidiomycètes qui apparaissent sous mon objectif macro. J'ai récolté hier un minuscule (2-3 mm) champignon blanc crème, corticole (sur écorce de pin couvre-sol du commerce). Lames épaisses, pliciformes, très espacées (8 en tout), atteignant toutes le stipe, subdécurrentes (moins marqué que Marasmiellus omphaliformis par ex.) Stipe central, concolore, à base légèrement brune. Aspect furfuracé en macro. Basidiospores globuleuses, quasi rondes, guttulées, 12 x 10 µm (dans l'eau ou le rouge congo SDS), à apicule bien net, inamyloïdes. Basides exclusivement bisporiques, remarquables par leurs deux stérigmates jusqu'à 10 µm de haut, épais, en forme de cornes (même style que Phaeomarasmius erinaceus ici). Je n'ai malheureusement pas d'observations fiables pour les cystides, ayant lu trop tard qu'il faut différérencier cheilos et pleuros. Je peux seulement dire que je n'ai pas vu de cystides en brosses de type mycène. En revanche, beaucoup d'articles clavés assez banals. Le revêtement du chapeau comportait des hyphes fortement ramifiées. J'ai préparé une planche ci-dessous. Après quelques lectures il me semble que la bisporie, la forme particulière des stérigmates, l'absence de cystides en brosse et les spores non amyloïdes indiquent quelque chose comme Phaeomarasmius (ou apparenté). Qu'en pensez-vous ? Un grand merci pour votre aide 😎 Message édité : l'espèce est déterminée comme apparentée à Mycena juniperina. Cordialement, Eddy

Jplm

Quand je lis les clés et que je vois les difficultés d'identification micro, que je suis content que la kyrielle de juniperina que j'ai vues le mois dernier aient été sans conteste... sur genévrier ! Cela dit, je lis qu’elles peuvent se confondre avec cupressina mais que celle-ci serait peut-être la même espèce. Qu'en est-il vraiment, que dit la biomol ?

Jplm

Hervé

Les auteurs divergent. Pour Aronsen les 2 espèces sont synonymes alors que Robich reconnait les 2. Il y a des séquences des 2 espèces dans GenBank. ça semble très proche.
Ces photos de cupressina sont très proches de la récolte d'Eddy https://fungi.fr/Html/mycena_cupressina.html

Kairos

Il suffit de demander 😃

Lancé un BLAST à partir d'une séquence de 593 bases de M.cupressina trouvée sur European Nucleotide Archive et comparé à Mycena juniperina sur NCBI. Correspondance de 99%....La séquence n'est pas tout à fait complète, mais c'est la seule que j'ai trouvée d'assez longue pour avoir une comparaison significative.

Si Eddy veut bien commenter 😉

eddy112358

Bonsoir,

Merci pour les clefs !

Effectivement la récolte mentionnée par Hervé ressemble beaucoup à la mienne. Il y a aussi une certaine proximité géographique entre Cagnes-sur-Mer et le lieu de ma récolte (Le Cannet, 06).

Ma nouvelle récolte est assez abondante pour refaire les observations de façon plus détaillée avec les clefs pour affiner la détermination, mais aussi pour séquencer les régions ITS et comparer avec les données du NCBI. Je ferai ça au labo en début d'année prochaine. Ça peut être intéressant de comparer, surtout si les séquences sont si proches entre ces deux espèces...

Cordialement,
Eddy

Kairos

eddy112358 a écrit
Ça peut être intéressant de comparer, surtout si les séquences sont si proches entre ces deux espèces...

Bizarrement, il semble que la biomol ne se soit pas beaucoup intéressée au genre Mycena jusqu'à présent: dans la base NCBI, il n'y a que deux séquences incomplètes (593 et 393 bases) pour cupressina, et une seule séquence pour Mycena juniperina (774 bases).

Cela parait bien peu pour en tirer quelque conclusion que ce soit, si ce n'est que la différence entre les échantillons existants des 2 espèces est très nettement inférieure à la variabilité intraspécifique théorique et qu'on pourrait normalement en déduire qu'il s'agit d'une seule et même espèce.....

Les Mycena semblent défier la biomol, au point de remettre en cause la fiabilité du "code barre" basé sur les ITS.

Avec 46 échantillons de 11 espèces de la section Calodontes, toutes "descendantes" de Mycena pura ça a donné des résultats du genre:

Diversité intraspécifique : 0 à 3,5%
Diversité interspécifique : 0,4 à 8,8%

Voir l'étude sur NCBI

Pat ouillard

C'est en effet bien peu, surtout si l'on ignore jusqu'à quel point la détermination des specimens est fiable..

Kairos

Pat-ouillard a écrit
C'est en effet bien peu, surtout si l'on ignore jusqu'à quel point la détermination des specimens est fiable..

Je trouve une seule et même source (et la même date de soumission) pour les 3 échantillons:

Submitter: Garbelotto M.M., Baker L.J., Smith A., Robich G., Osmundson T., Mizzan L.
Submission: date 02-MAY-2011
Submitting centre : Environmental Science, Policy and Management, University of California, Berkeley, 130 Mulford Hall, Berkeley, CA 94720, USA

Lilian

Bienvenue, eddy112358.

Ouh la la, un premier sujet qui nous projette direct dans le gratin de la mycologie. 🙂

Si tu reviens parfois sur le forum, tu comprendras vite quels abîmes séparent nos planètes champignon...

Chapeau pour ce sujet !

🙂

eddy112358

Bonjour le forum,

Merci Lilian pour ton message de bienvenue.

Je joins ci-dessous un récapitulatif des structures observées avec les deux récoltes (désolé, il manque des barres d'échelle).

Je propose de renommer le sujet Mycena cf. juniperina (ou Mycena sect. Supinae par prudence si vous préférez).

Je reviendrai vers vous courant janvier avec des séquences ITS.

Merci encore pour votre accueil et bonnes fêtes à tous 🙂

Cordialement,
Eddy

Jplm

eddy112358 a écrit
Je propose de renommer le sujet Mycena cf. juniperina (ou Mycena sect. Supinae par prudence si vous préférez).

Bonjour,

Sauf si quelqu'un voit dans tes dernières images quelque chose qui contredirait cette détermination, Mycena cf. juniperina me parait excellent. C'est sûr que ce serait intéressant de tirer au clair si juniperina et cupressina sont véritablement deux espèces distinctes. En tous cas, du simple point de vue de la fréquence des arbres, si tant est qu'ils soient leurs hôtes exclusifs, il est beaucoup plus probable que les écorces où tu as trouvé ces champignons contiennent du genévrier plutôt que du cyprès.

Jplm

PS : c'est l'histoire de la fréquence des arbres qui me fait penser à ça, Eddy peux-tu à l'occasion indiquer ta localisation dans ton profil ? Merci.

Nommo

Bonjour Philippe,
C’est ça une bonne micro, mais je ne t’apprends rien. 😉
Un sujet qui mériterait d’être distingué ainsi que son auteur.

Jplm

Oui, c'est une excellente micro, peu de participants au forum et peu de mycologues en général ont l'équipement et le savoir-faire pour atteindre ce niveau de qualité. Faut-il pour autant décerner des bons points ? Eddy peut devenir notre référence en micro, et peut-être en biomol, c'est son métier, mais il a en revanche beaucoup à apprendre des mycologues de terrain, je l'invite d'ailleurs à participer aux autres sujets que le sien. Tout le monde a une expérience à partager, c'est ce qui fait la richesse d'un forum comme celui-ci.

Jplm

eddy112358

Bonjour le forum,

Merci pour vos messages. J'ai apporté les modifications discutées précédemment.

Je ne peux hélas pas garantir d'être un contributeur régulier (le temps me fait souvent défaut, pas l'envie) mais en tout cas je suis avec grand intérêt les fils de discussion du forum qui regorgent d'informations précieuses.

Au reste, je voudrais simplement rappeler que je suis arrivé ici avec une hypothèse hasardeuse (Phaeomarasmius sp.) sans rapport avec la détermination finale et de plus sans la moindre idée de ce à quoi ressemble la microscopie des mycènes en général et des Supinae en particulier. En d'autres termes, mes compétences en matière de systématique sont limitées.

Le reste, à savoir me familiariser avec un langage technique, suivre une clef dichotomique, faire des préparations micro, agencer des images sous forme de figure, etc. sont quelques-uns des aspects de mon boulot et il n'y a selon moi aucune raison particulière de les "distinguer" d'une façon ou d'une autre. Je me joins donc Jplm pour mettre en avant la vocation d'échange du forum avant tout. Je serai heureux de partager mes compétences quand c'est possible, tout comme je suis heureux d'avoir bénéficié dès à présent de votre accueil et de votre expertise !

Cordialement,
Eddy

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