castor74 a écritAh... C’est une vraie source d’erreurs...!
La base de données va s'améliorer avec le temps, avec la multiplication des échantillons "fiables", mais c'est sûr qu'utilisé à l'aveugle, ça peut donner de grosses bourdes. Toujours important de recouper les informations avec d'autres sources (mais c'est le cas pour tous les outils non ?).
Pour faire simple, la carte d'identité d'une espèce, c'est 650 bases (ACGT) dont la séquence a été établie à partir de multiples échantillons. Pour les champignons, on s'appuie sur l'ARN ribosomique, et plus précisément sur l'ITS (la partie non-codante de l'ARN, un peu comme les STOP des télégrammes). Sur un brin d'ARN, il peut y avoir plusieurs ITS, et pas tous de la même longueur. C'est en mettant bout à bout tous ces ITS qu'on établit cette carte d'identité.
Par la suite, quand on veut tester un échantillon, on va séquencer les ITS d'un brin d'ARN et on va les comparer (BLAST) avec la carte d'identité de l'espèce. La séquence donnée par un ITS peut faire 150 bases, 200 bases ou parfois beaucoup moins. Si on trouve une correspondance d'au moins 97% de cette séquence dans la carte d'identité, on considère qu'il y a de grandes chances que l'échantillon testé appartienne à cette espèce. Mais comme on teste en général qu'une séquence limitée, on peut retrouver une séquence identique AGTCCGCCAT etc... dans plusieurs espèces (comme on peut retrouver une phrase du genre "il était une fois" dans plusieurs contes). C'est pour ça qu'il est important de connaître les limites de l'outil.