Ce site est optimisé pour être consulté depuis un navigateur moderne dans lequel JavaScript est activé.

Hémisphères élancés

Lilian · 2018-12-16T15:27:32+00:00

Bonjour, Dans la famille pinède mixte, voici les élégants. 🙂 Je n'ai pas récolté ces champignons, pas trouvé d'odeur et pas goûté. Je voulais les laisser en place... Parce que je les ai trouvé beaux ? Je crois bien les avoir vus passer récemment sur le forum, mais sans avoir le temps de m'y attarder, et je ne les retrouve pas... Ceux-là mesuraient bien une douzaine de centimètres de haut (chapeau Ø3,5 cm). Les couleurs ressemblent assez à ce qui était visible malgré le flash. (les arêtes étaient naturellement plus claires que les lames, dans un contraste accentué par le flash, lui) Ils poussaient sur un amas de déchets en décomposition dont je n'ai pu déterminer s'ils étaient seulement végétaux ou contenaient des déjections décomposées (au bord d'un chemin carrossable, ancien dépôt sauvage extérieur possible). Matière très riche, semblait-il en tout cas. C'était la première fois que je voyais des champignons de cette allure si grands. Merci de vos avis, même si ce sujet est peu renseigné...

Lilian

Fifi a écrit
En croisant les données du GEPR dernière édition,, Indexfungorum et Mycobank
P. papilionaceus est synonyme de P. sphinctrinus, P. campanulatus et de P. retirugis...

Tiens, encore un truc là, incompréhensible sans bagage... Ces noms sont donnés comme synonymes dans le GEPR, leur référant commun devrait être une même espèce donc.
Mais il y a un encadré qui prend la peine de donner des caractéristiques différentes correspondant à chacun de ces noms... Sont-ils donc synonyme ou non?
Mystère pour moi. S'ils le sont, ils devraient renvoyer à la même espèce. Et s'ils ne renvoient pas à la même espèce, comment dire qu'ils sont synonymes?
Au sein d'une même espèce, des taxons différents peuvent renvoyer à des caractéristiques différentes, qui ne sont ni des formes ni des variantes, mais quand même définies par des taxons distincts.
C'est à y perdre son latin quand on n'a pas les bases...

Kairos

Lilian a écrit
. Et s'ils ne renvoient pas à la même espèce, comment dire qu'ils sont synonymes?
Au sein d'une même espèce, des taxons différents peuvent renvoyer à des caractéristiques différentes, qui ne sont ni des formes ni des variantes, mais quand même définies par des taxons distincts.
C'est à y perdre son latin quand on n'a pas les bases...

Mais que dit exactement l'encadré ?

Le Panéole à bord denté a un chapeau de teinte variable ce qui lui a valu différents noms, etc...

Le "ce qui lui a valu" veut bien dire que c'est la même espèce qui a pu prendre des noms différents en fonction de la couleur du chapeau, mais qu'il s'agit bien en fait d'une seule et même espèce, papilionaceus.

Je note d'ailleurs une coquille dans Index fungorum: retirugus au lieu de retirugis

C'est Panaeolus retirugis qui est indiqué dans le TAXREF, retirugus existant également mais pas pour Panaeolus.

Lilian

Kairos a écrit
Lilian a écrit
. Et s'ils ne renvoient pas à la même espèce, comment dire qu'ils sont synonymes?
Au sein d'une même espèce, des taxons différents peuvent renvoyer à des caractéristiques différentes, qui ne sont ni des formes ni des variantes, mais quand même définies par des taxons distincts.
C'est à y perdre son latin quand on n'a pas les bases...

Mais que dit exactement l'encadré ?

Le Panéole à bord denté a un chapeau de teinte variable ce qui lui a valu différents noms, etc...

Le "ce qui lui a valu" veut bien dire que c'est la même espèce qui a pu prendre des noms différents en fonction de la couleur du chapeau, mais qu'il s'agit bien en fait d'une seule et même espèce, papilionaceus.

Je note d'ailleurs une coquille dans Index fungorum: retirugus au lieu de retirugis

C'est Panaeolus retirugis qui est indiqué dans le TAXREF, retirugus existant également mais pas pour Panaeolus.

Bonsoir,
Et merci de m'éclairer, Kairos, j'en ai bien besoin. 🙂

Ce qui veut dire, concrètement, que je dois renommer ce sujet Panaeolus papilionaceus, si je comprends enfin.

(Vous faites bien de vous relayer pour me guider, je dois user les nerfs des meilleures volontés assez rapidement.) 😆

Kairos

Lilian a écrit
Ce qui veut dire, concrètement, que je dois renommer ce sujet Panaeolus papilionaceus, si je comprends enfin.

On dirait bien que tu as (enfin) compris. 😆

Pour GEPR, Index Fungorum et Mycobank, elles sont synonymes.....donc tu peux renommer [Panaeolus papilionaceus]

La synonymie de ces espèces est débattue depuis longtemps : en 1963, Roger Heim écrivait déjà:

Contrairement à ce qu'en disent bien des auteurs, ce champignon (P.sphrinctrinus) est nettement distinct du Panaeolus campanulatus, plus grand, au chapeau d'un brun mêlé de rose ou de briqueté, et aux spores un peu plus grosses : 14-18 x 9-13 x 8-9 µ (contre 12,5-18 x 8,5-10,5 x 7-9 µ)

Dans des analyses de microbiologie récentes (euh...1998, c'est récent ça ?) , on trouve aussi quelques différences au niveau enzymatique entre Panaeolus papilionaceus et Panaeolus sphinctrinus, les deux produisant des laccases, mais seul P.sphrinctrinus semble produire de la manganèse péroxydase.

Pour NCBI qui fait le séquençage ARN, les deux espèces co-existent dans la base de données....mais les séquences semblent identiques.

Jplm

Bonsoir,

Autant j'ai participé à guider Lilian vers les Panaeolus, autant je n'aurais pas su dire lequel. Qu'est-ce qui indique papilionaceus (= sphinctrinus = campanulatus) ? La forme éliminait semiovatus, l'habitat en éliminait peut-être un ou deux autres mais sinon ? la marge frangée ?

Jplm

Lilian

Wouaou... Merci pour ces précisions. Elles sont passionnantes.
Finalement, si j'en crois ce que tu donnes à lire de M. Heim, n'y comprendre rien ou ne pas être d'accord peut, ici aussi, n'être une question de point de vue. 😎
Mais, au moins,ce sujet aura trouvé un titre valide. 😜

(désuète, la micro, la semaine prochaine, je me mets au séquençage...) 😯

Lilian

Jplm a écrit
Bonsoir,

Autant j'ai participé à guider Lilian vers les Panaeolus, autant je n'aurais pas su dire lequel. Qu'est-ce qui indique papilionaceus (= sphinctrinus = campanulatus) ? La forme éliminait semiovatus, l'habitat en éliminait peut-être un ou deux autres mais sinon ? la marge frangée ?

Jplm

T'inquiète, Jean-Pierre, c'est des synonymes, je t'expliquerai... 😆 😆 😆

(dans le doute, je glisse un cf. de prudence, faute de séquençage) 🙂

Jplm

Non, non, pas besoin de cf. si plusieurs sont d'accord sur papilionaceus, le fait qu'il ait des synonymes ne change rien à la détermination. Ma question était pourquoi cette espèce plutôt qu'une autre.

Jplm

Lilian

J'avoue que pour ne pas épuiser ma comprenette poussive saturée d'informations mycologiques, je vais essayer de retenir le genre, qui n'est pas pléthorique. Ensuite, si j'y parviens par miracle, les manuels suppléeront facilement mon manque de mémoire (et je demeurai sans doute incapable de définir l'espèce avec certitude).

Jplm

Bonjour,

Je re-pose ma question : Richmond, Fifi, Nommo etc., vous avez vu ici P. papilionaceus (quel que soit son nom), qu'est-ce qui vous a fait opter pour cette espèce plutôt qu'un autre Panaeolus ?

Merci,

Jplm

Lilian

Bonjour,
Ce n'est pas à moi que tu poses la question, mais je cherche pour comprendre...
J'avais donné la hauteur, qui en exclut quelques-uns... (> 12cm)
Le chapeau non visqueux en élimine d'autres.
Il me semble rester acuminatus, dont le chapeau ne devrait pas déborder des lames.
Et antillarum qui est décrit avec chapeau blanc.
Bon, ce sont de pures remarques théoriques puisées seulement dans le GEPR et basées sur aucune connaissances de terrain...

Castor74

Perso, j'aurais dit moi aussi sphinctrinus (et ses synonymes)... Taille, couleur, aspect me paraissent coller, sous réserve que la micro ne vienne pas tout foutre en l'air.

Lilian

castor74 a écrit
Perso, j'aurais dit moi aussi sphinctrinus (et ses synonymes)... Taille, couleur, aspect me paraissent coller, sous réserve que la micro ne vienne pas tout foutre en l'air.

Alléluia, il n'y aura pas de micro sur celui-là... 😜

Kairos

castor74 a écrit
Perso, j'aurais dit moi aussi sphinctrinus (et ses synonymes)... Taille, couleur, aspect me paraissent coller, sous réserve que la micro ne vienne pas tout foutre en l'air.

Pareil. Taille, couleur, ainsi que le biotope de prairie "fumée". Le mamelon avec cette couleur bien particulière qui contraste avec le reste du chapeau, « le voile partiel qui demeure à la marge, selon une frange débordante, crénelée, membraneuse, blanche et fugace (R.Heim) ». Cela conduisait tout droit à papilionaceus (aka sphrinctrinus) tel qu'il est presenté dans le GEPR.

Nommo

Comme Kairos, l’aspect du mamelon m’a conduit vers campanulatus.

Kairos

Kairos a écrit
Pour NCBI qui fait le séquençage ARN, les deux espèces co-existent dans la base de données....mais les séquences semblent identiques.

Juste histoire d'embrouiller un peu plus le débat sur la synonymie de papilionaceus et de sphrinctrinus 😆

Je viens de lancer un BLAST sur la base de donnée NCBI à en faisant un copié/collé de la séquence 5.8S de P. sphrinctrinus trouvée sur la base de données de RNA Central (base de données européenne). Résultat: 100% de concordance avec Panaeolus papilionaceus.

J'ai ensuite lancé un autre BLAST sur la même base de données, mais cette fois-ci pour la séquence 18S (Panaeolus sphinctrinus partial 18S ribosomal RNA).
Résultat: 58% de concordance avec Panaeolus papilionaceus. (sachant qu'il faut au minimum 97% de concordance pour qu'on considère qu'il s'agit de la même espèce)

Je pense que certains auteurs sont allé peut-être un peu vite en besogne en synonymisant ces deux espèces....ou certains autres sont allé encore plus vite en pensant que la génétique allait mettre de l'ordre dans la taxonomie: on estime à 25% le pourcentage d'erreurs dans la base de données NCBI (la plus complète au monde).

Castor74

Et on nous présente la biomol comme le nouveau graal... 😲

Kairos

castor74 a écrit
Et on nous présente la biomol comme le nouveau graal... 😲

Question fiabilité, il y a encore un peu de travail: la plupart des erreurs dans le base de données sont une mauvaises identifications des échantillons au départ, du genre "tiens, Bob, fais moi un séquençage de cette Macrolepiota procera" parce que c'est ce qui était indiqué sur le bordereau d'expédition, alors qu'en réalité, c'était peut-être un Chlorophyllum cf brunneum 😉

C'est pas l'outil lui-même qui est en cause, les problèmes existent en amont. Mais ça reste quand même un formidable outil d'identification.

La première séquence que j'ai testée (Panaeolus sphinctrinus 5.8S ribosomal RNA) donne comme résultats possibles: Cortinarius prasinus, Panaeolus sphrinctrinus, Panaeolus papilionaceus et Granulobasidium vellereum.

La deuxième séquence, elle, trouve des correspondances (100%) chez Boeremia exigua, Pseudephebe pubescens (un lichen) et Panaeolus sphrinctrinus.

C'est dire que la connaissance des caractères macro et microscopiques est encore bien utile 😉

Castor74

Euh, s’il y a une erreur d’échantillon au départ, ça devrait se voir tout de suite au séquençage, non? Je ne comprends pas tout, là... Je vais conserver mon microscope précieusement... 😃

Kairos

castor74 a écrit
Euh, s’il y a une erreur d’échantillon au départ, ça devrait se voir tout de suite au séquençage, non? Je ne comprends pas tout, là... Je vais conserver mon microscope précieusement... 😃

Comment ? L'identification se fait par comparaison (BLAST) avec ce qui existe déjà dans la base de données. Au départ, quand il s'agit d'une espèce qui n'existe pas déjà dans la base, tu n'as aucun point de comparaison.

« Page précédente Page suivante »