Bonjour Jean-Pierre,
Verarl a déjà donné de bonnes indications.
D'abord une réflexion d'ordre général : que ce soit en nomenclature des organismes vivants ou dans le vocabulaire que nous utilisons tous les jours, on ne rappellera jamais assez que c'est une erreur de déduire le sens des mots de leur étymologie. Un mot est une "valise" (signifiant) auquel s'attache une définition (signifié), celle-ci étant indépendante de la forme et de la composition de ce mot : la relation entre le mot et sa définition (entre le signifiant et le signifié) est donc arbitraire, fixé par l'usage et l'évolution des connaissances. Ainsi, de la même façon que tu n'as sans doute que rarement du pain dans ton panier, et que je doute que tu aies de la bure dans ton bureau, il n'est pas illogique que Gyromitra esculenta soit comestible (ce qu'il est, d'ailleurs, sous certaines conditions : il est encore bien souvent consommé). De la même façon, je n'ai jamais vu de Russule charbonnière "bleue et jaune" alors que c'est bien ce que signifie son nom latin (Russula cyanoxantha). Si certains mots sont dits par les linguistes "motivés" (comme vacher, par exemple, qui est bien un gardien de vaches), ils sont majortairement "immotivés" pour différentes raisons qui ont trait à l'évolution de notre langue (je peux citer sans chercher citer hystérie, bureau, arriver, morceau, cadeau, paillasson, oxygène, marmelade, morceau, ou encore... tabagie, qui ne vient pas du tout de "tabac" comme on le croit habituellement, mais d'un mot algonquin signifiant "festin, agape", et qui a pris la définition qu'on lui connaît par un phénomène linguistique nommé attraction paronymique).
En conclusion, même si l'on peut regretter, pour des raisons pédagogiques, que certains noms scientifiques soient sans rapport les caractères des taxons qu'ils définissent, il ne faut pas s'en étonner.
Pour prendre les exemples que tu donnes :
- Mitrophora semilibera : en réalité, le premier nom de ce champignon (1805) est bien Morchella semilibera ; il n'a pris le nom de Mitrophora que 40 ans plus tard, lorsqu'un mycologue a estimé qu'il était suffisamment différent des morilles pour porter un autre nom de genre : il semble aujourd'hui que ce mycologue s'est trompé, et que les caractères différentiels mis en évidence ne sont pas pertinents ;
- Leccinum aurantiacum : il me semble que nous avons déjà discuté de ce changement de nom ici même, mais je ne retrouve pas le fil de messages (?) ; dans ce cas, il s'agit d'une erreur d'interprétation évidente : L. aurantiacum a été originellement décrit avec des mèches rousses sur le pied même chez les jeunes exemplaires, caractère durant des décennies attribué à L. quercinum.
Donc, on peut dire que les noms changent pour deux raisons principales :
- pour des raisons nomenclaturales ("légales") : le nom traditionnellement utilisé n'est, en fonction de recherches bibliographiques récentes, pas le bon ; ces changements sont liés à l'interprétation du Code de nomenclature botanique ;
- pour des raisons scientifiques : l'évolution des connaissances modifie notre vision de la classification, et les changements de noms retracent ces progrès.
Je reste à ta disposition si tu as besoin de compléments !
Bien amicalement, Guillaume.